| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2434877 | 172 (0.840) | 14 (0.080) | 8/140 | NT | 8.2% | intergenic (+145/+242) | ybbH_3/yifK | putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/putative transport protein YifK |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2434908 | 162 (0.910) | intergenic (+176/+211) | ybbH_3/yifK | putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/putative transport protein YifK | |||||
Only 100 of 330 total aligned reads displayed.
AAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACG > USA300TCH1516_ALE/2434787‑2434967 | tagtgtgaaaaacttataagtggcaatattatcgttagtttttactgtgggctttaaaataaaaaatagcattattaaaatAACAAACGCa < 1:3741954‑M1/10‑1 (MQ=255)tagtgtgaaaaacttataagtggcaatattatcgttagtttttactgtgggctttaaaataaaaaatagcattattaaaatAACAAACGCa > 1:2076371‑M1/82‑91 (MQ=255)aaaGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCA > 2:2357353‑M1/1‑91 (MQ=255)aaaGCTTACATGTCTTTTATCTCGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCA > 1:294172‑M1/1‑91 (MQ=255) aaGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAg < 2:1585489/91‑1 (MQ=255) aaGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAg > 2:1023836/1‑91 (MQ=255) aaGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAg > 2:3735476/1‑91 (MQ=255) aaGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAg < 1:577497/91‑1 (MQ=255) aacTTACATTTCTTTTATCTTATATAACATACTCATATAACCAATAATTTGATAATGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGt < 2:364819/89‑1 (MQ=255) aGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGt < 2:3469689/91‑1 (MQ=255) gCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGtt > 1:742857/1‑91 (MQ=255) gCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGtt > 1:927861/1‑91 (MQ=255) gCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGtt > 1:482026/1‑91 (MQ=255) gCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGtt < 2:381491/91‑1 (MQ=255) ttACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGa < 2:1539183/91‑1 (MQ=255) tccATGTCTTGTATCTTGTATAACAGACGCATATGAGCAATGGTTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACATTCGCAGTTGAt < 2:161359/89‑1 (MQ=255) tACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGAt < 1:2541396/91‑1 (MQ=255) aCATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGAtt > 2:3796963/1‑91 (MQ=255) aCATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGAtt > 2:3225815/1‑91 (MQ=255) aCATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGAtt > 2:2974409/1‑91 (MQ=255) aCATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGAtt < 2:2839537/91‑1 (MQ=255) aCATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGAtt > 2:2111542/1‑91 (MQ=255) aTGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTaa > 2:1675914/1‑91 (MQ=255) tGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAAc < 1:1449299/91‑1 (MQ=255) tCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACgg < 1:80022/91‑1 (MQ=255) tCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACgg > 1:3241324/1‑91 (MQ=255) tttATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGatt < 2:637495/91‑1 (MQ=255) cTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGattcattc < 2:657276/91‑1 (MQ=255) gTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCat > 2:1219038/1‑91 (MQ=255) gTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCat > 2:536365/1‑91 (MQ=255) tataACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCata < 2:3174325/91‑1 (MQ=255) ataACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCatat < 2:1048081/91‑1 (MQ=255) ataACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCatat < 2:897474/91‑1 (MQ=255) ataACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCatat > 2:1896238/1‑91 (MQ=255) ataACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCatat < 1:2104460/91‑1 (MQ=255) attatcgttagtttttactgtgggctttaaaataaaaaatagcattattaaaatAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCatatat > 2:2068309‑M1/55‑91 (MQ=255) aaCATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCatatat > 1:813701/1‑91 (MQ=255) aaCATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCatatat < 1:1902430/91‑1 (MQ=255) aCATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATc < 2:586261/91‑1 (MQ=255) atcgttagtttttactgtgggctttaaaataaaaaatagcattattaaaatAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCaa > 1:649739‑M1/52‑91 (MQ=255) aTACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATAGCaa > 1:3565023/1‑91 (MQ=255) gCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgc < 2:1385688‑M1/91‑35 (MQ=255) gCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgc > 2:1390911‑M2/1‑88 (MQ=255) gCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgc < 1:982570‑M2/91‑4 (MQ=255) cATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcg < 1:1055024‑M1/91‑36 (MQ=255) atatGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgt < 2:3752216‑M2/91‑6 (MQ=255) atatGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgt < 1:2727629‑M2/91‑6 (MQ=255) atatGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgt > 2:1135064‑M2/1‑86 (MQ=255) tttactgtgggctttaaaataaaaaatagcattattaaaatAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGt > 1:2038962‑M1/42‑91 (MQ=255) gACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttgt < 2:219729‑M2/91‑10 (MQ=255) aCCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttgtt > 2:128795‑M2/1‑81 (MQ=255) cAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGCTTAACGGATCCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAt > 1:172211/1‑91 (MQ=255) cAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAt < 2:3067041/91‑1 (MQ=255) aataTTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAttt > 1:150150/4‑91 (MQ=255) tGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAtttt > 1:1826014/1‑91 (MQ=255) ttGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaata > 1:1839710/1‑91 (MQ=255) ttGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaata > 1:2826521/1‑91 (MQ=255) ttGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaata > 1:860299/1‑91 (MQ=255) aTAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATg > 2:3416847/1‑91 (MQ=255) aaGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCt < 1:3323193/91‑1 (MQ=255) aGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTa < 2:1165781/91‑1 (MQ=255) ccATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAttt > 2:182516/1‑91 (MQ=255) ccATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAttt < 1:2441276/91‑1 (MQ=255) ccATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAttt > 1:2791398/1‑91 (MQ=255) aTTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAttttt < 1:3638906/91‑1 (MQ=255) aTTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAttttt > 1:2766916/1‑91 (MQ=255) ttCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAtttttt > 1:2338624/1‑91 (MQ=255) aaaatagcattattaaaatAACAAACGCAGTTGATTAACTGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAtttttt > 2:24878‑M1/20‑91 (MQ=255) tCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTtttta < 2:2740950/91‑1 (MQ=255) cAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttat > 2:1961396/1‑91 (MQ=255) cAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCAATTttttat > 1:3791799/1‑91 (MQ=255) aaTTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatt < 1:2992134/91‑1 (MQ=255) aTTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttattt > 2:2519475/1‑91 (MQ=255) ttCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatttta > 1:1001096/1‑91 (MQ=255) ttATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAg > 1:3429760/1‑91 (MQ=255) tataTTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGc > 1:3695749/1‑91 (MQ=255) atatTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGcc < 1:3605985/91‑1 (MQ=255) tatTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttgttattttaatataagaaattgaatggccttatcaa < 1:316804‑M2/91‑44 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |