| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2434877 | 172 (0.840) | 14 (0.080) | 8/140 | NT | 8.2% | intergenic (+145/+242) | ybbH_3/yifK | putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/putative transport protein YifK |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2434908 | 162 (0.910) | intergenic (+176/+211) | ybbH_3/yifK | putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/putative transport protein YifK | |||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
TACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCACACT > USA300TCH1516_ALE/2434818‑2434998 | gCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgc > 2:1390911‑M2/1‑88 (MQ=255) atatGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgt < 1:2727629‑M2/91‑6 (MQ=255) tGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttg > 2:2803531‑M2/1‑83 (MQ=255) tGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttg < 1:903805‑M2/91‑9 (MQ=255) tttactgtgggctttaaaataaaaaatagcattattaaaatAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGt > 1:2038857‑M1/42‑91 (MQ=255) gACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTTATTAACGGGTTCATTCCATATTTCAATtgcgtttgt > 2:1043130‑M2/1‑82 (MQ=255) gACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttgt > 1:381921‑M2/1‑82 (MQ=255) aCCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttgtt > 2:128795‑M2/1‑81 (MQ=255) aCCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttgtt < 1:3211095‑M2/91‑11 (MQ=255) tactgtgggctttaaaataaaaaatagcattattaaaatAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTa > 1:465776‑M1/40‑91 (MQ=255) cAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGCTTAACGGATCCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAt > 1:172211/1‑91 (MQ=255) cAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAt > 2:3735803/1‑91 (MQ=255) actgtgggctttaaaataaaaaatagcattattaaaatAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAt > 1:2394106‑M1/39‑91 (MQ=255) tGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAtttt > 1:1826120/1‑91 (MQ=255) aTTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaa < 2:3941044/91‑1 (MQ=255) tttGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaat < 2:3413900/91‑1 (MQ=255) ttGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaata > 1:2826521/1‑91 (MQ=255) tGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaataa > 2:868386/1‑91 (MQ=255) gATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTaataat > 1:55202/1‑91 (MQ=255) aTAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACGAACGCAGTTAATTAACGGATTCATTCCATATATCATCTGCGTTTGTTGTTTTAATAATg > 2:3007873/1‑91 (MQ=255) aTAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATg > 1:1520743/1‑91 (MQ=255) tAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGc > 2:1131136/1‑91 (MQ=255) aaGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCt < 1:3323261/91‑1 (MQ=255) aGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTa > 2:2474212/1‑91 (MQ=255) aGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTa < 2:1165781/91‑1 (MQ=255) gCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAtt < 2:3759545/91‑1 (MQ=255) ccATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAttt > 2:182516/1‑91 (MQ=255) aTTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAttttt > 1:2766916/1‑91 (MQ=255) aTTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAttttt < 1:3638906/91‑1 (MQ=255) aTTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAttttt > 1:2498320/1‑91 (MQ=255) ttCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAtttttt > 1:2338624/1‑91 (MQ=255) cAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttat < 1:97459/91‑1 (MQ=255) cAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttat > 2:1961253/1‑91 (MQ=255) cAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttat < 2:2598061/91‑1 (MQ=255) cAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttat > 1:3765241/1‑91 (MQ=255) aaTTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatt < 1:2992134/91‑1 (MQ=255) aTTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttattt > 2:2519475/1‑91 (MQ=255) aTTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttattt > 1:819282/1‑91 (MQ=255) aTTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttattt < 1:71053/91‑1 (MQ=255) tttCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatttt > 1:360302/1‑91 (MQ=255) tttCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatttt > 1:360684/1‑91 (MQ=255) cTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTaaa > 1:1004620/1‑91 (MQ=255) cTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTaaa < 2:342585/91‑1 (MQ=255) tataTTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGc > 1:3695749/1‑91 (MQ=255) tataTTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGc > 1:990044/1‑91 (MQ=255) atatTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGcc > 1:2923758/1‑91 (MQ=255) atTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCca > 2:3662194/1‑91 (MQ=255) ttAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCcac > 2:65978/1‑91 (MQ=255) ttAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCcac > 2:2409910/1‑91 (MQ=255) aaaaaCAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAg > 1:1846098/1‑91 (MQ=255) aaaaCAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGt < 1:1088921/91‑1 (MQ=255) aacaaacGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggt < 2:643496‑M2/91‑51 (MQ=255) AACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTaa < 2:3081074‑M1/91‑1 (MQ=255) acaaacGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttgttattttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattgg < 2:1665135‑M2/91‑52 (MQ=255) ACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATTAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTaaa > 2:3906320‑M1/1‑91 (MQ=255) AAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTaaaaa > 2:332325‑M1/1‑91 (MQ=255) AAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTaaaaa > 2:1444243‑M1/1‑91 (MQ=255) aacGCAGTTGATCAACGGATTCATTCCATATAACAATtgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtcata < 2:3811190‑M2/91‑55 (MQ=255) AACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAAc < 1:3878643‑M1/91‑1 (MQ=255) AACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAAc < 2:2264320‑M1/91‑1 (MQ=255) AACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAAc < 2:2081177‑M1/91‑1 (MQ=255) AACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAAc < 1:1151281‑M1/91‑1 (MQ=255) ACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACt > 2:1734853‑M1/1‑91 (MQ=255) cGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtcatatg < 1:1055024‑M2/91‑57 (MQ=255) CGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTa < 1:1484037‑M1/91‑1 (MQ=255) gCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtcatatgc < 2:1761483‑M2/91‑58 (MQ=255) CAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAAc < 2:3141242‑M1/91‑1 (MQ=255) CAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAAc > 1:1269894‑M1/1‑91 (MQ=255) CAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAAc > 1:3824812‑M1/1‑91 (MQ=255) AGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACg > 1:78573‑M1/1‑91 (MQ=255) 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ttcCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTtata < 2:1023246/91‑1 (MQ=255) tcCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATaa < 1:2978792/91‑1 (MQ=255) tcCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATaa > 2:1567520/1‑91 (MQ=255) ccATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAg > 2:26180/1‑91 (MQ=255) cATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAGCTAACGATAATATTGCCACTTATAAGt < 1:1748816/91‑1 (MQ=255) cATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGt > 1:2552085/1‑91 (MQ=255) atatatCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGtt > 1:1000219/1‑91 (MQ=255) atCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTc < 2:1117905/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |