| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2473265 = | 218 (1.070) | 31 (0.190) | 13/126 | NT | 17.8% | intergenic (+99/+131) | USA300HOU_RS12730/bcr_1 | hypothetical protein/Bicyclomycin resistance protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2473309 = | 116 (0.730) | intergenic (+143/+87) | USA300HOU_RS12730/bcr_1 | hypothetical protein/Bicyclomycin resistance protein | |||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TGAATTGAAAAATTAAAAAACAAAACTTGAGCTATTCATAGACCTATGAATTTAGCATCAAAAATAAAAATGCCGAGATTATTATGTGGAAATCTCGGCATTTTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2473371‑2473265‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aatctcggcatttttatTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAATTTTTCAATTCAATATAATAGAAGAAACTATGTTTATCA > USA300TCH1516_ALE/2473309‑2473398 TGAATTGAAAAATTAAAAAACAAAACTTGAGCTATTCATAGACCTATGAATTTAGCATCAAAAATAAAAATGCCGAGATTATTATGTGGAA > 1:3151397/1‑91 AATTGAAAAATTAAAAAACAAAACTTGAGCTATTCATAGACCTATGAATTTAGCATCAAAAATAAAAATGCCGAGATTATTATGTGGAAAT < 1:1935477/91‑1 ATTGAAAAATTAAAAAACAAACCTTGAGCTATTCATAGACCTATGAATTTAGCATCAAAAATAAAAATGCCGAGATTATTATGTTGCAATC > 2:2628827/1‑91 ATTGAAAAATTAAAAAACAAAACTTGAGCTATTCATAGACCTATGAATTTAGCATCAAAAATAAAAATGCCGAGATTATTATGTGGACATC > 2:1024432/1‑91 ATTGAAAAATTAAAAAACAAAACTTGAGCTATTCATAGACCTATGAATTTAGCATCAAAAATAAAAATGCCGAGATTATTATGTGGAAATC > 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TAAAAAACAAAACTTGAGCTATTCATAGACCTATGAATTTAGCATCAAAAATAAAAATGCCGAGATTATTATGTGGAAATCTCGGCATTTT < 2:2518721/91‑1 AAAAAACAAAACTTGAGCTATTCATAGACCTATGAATTTAGCATCAAAAATAAAAATGCCGAGATTATTATGTGGAAATCTCGGCATTTTT > 1:1626495/1‑91 AAAAACAAAACTTGAGCTATTCATATACCTATGAATTTAGCATCAAAAATAAAAATGCCGAGATTATTATGTGGAAATCTCGGCATTTTTA < 2:2801992/91‑1 AAAAACAAAACTTGAGCTATTCATAGACCTATGAATTTAGCATCAAAAATAAAAATGCCGAGATTATTATGTGGAAATCTCGGCATTTTTA < 1:1270983/91‑1 AAAAACAAAACTTGAGCTATTCATAGACCTATGAATTTAGCATCAAAAATAAAAATGCCGAGATTATTATGTGGAAATCTCGGCATTTTTA < 1:828382/91‑1 AAAACAAAACTTGAGCTATTCATAGACCTATGAATTTAGCATCAAAAATAAAAATGCCGAGATTATTATGTGGAAATCTCGGCATTTTTAT > 2:1061889/1‑91 AAAACAAAACTTGAGCTATTCATAGACCTATGAATTTAGCATCAAAAATAAAAATGCCGAGATTATTATGTGGAAATCTCGGCATTTTTAT > 1:2690351/1‑91 AAAACAAAACTTGAGCTATTCATAGACCTATGAATTTAGCATCAAAAATAAAAATGCCGAGATTATTATGTGGAAATCTCGGCATTTTTAT > 1:2070875/1‑91 AAAAATGCCGAGATTATTATGTGGAAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTT > 2:485522/1‑91 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USA300TCH1516_ALE/2473309‑2473398 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |