| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2473265 = | 218 (1.070) | 31 (0.190) | 13/126 | NT | 17.8% | intergenic (+99/+131) | USA300HOU_RS12730/bcr_1 | hypothetical protein/Bicyclomycin resistance protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2473309 = | 116 (0.730) | intergenic (+143/+87) | USA300HOU_RS12730/bcr_1 | hypothetical protein/Bicyclomycin resistance protein | |||||
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
TTTCATTCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTT > USA300TCH1516_ALE/2473175‑2473355 | tgataaacatagtttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaa < 2:1165559‑M1/1‑1 (MQ=255)tgataaacatagcttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaa < 1:3029827‑M1/1‑1 (MQ=255) ttCATTCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAatat < 2:744243/91‑1 (MQ=255) gataaacatagtttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaat < 2:2221251‑M1/2‑1 (MQ=255) ataaacatagtttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaata < 1:919450‑M1/3‑1 (MQ=255) ataaacatagtgtcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaata > 1:3588299‑M1/89‑91 (MQ=255) cATTCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATaa > 1:2363827/1‑91 (MQ=255) aaacatagtttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaataaa > 1:2086670‑M1/87‑91 (MQ=255) aTTCTAATAAAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATaaa < 1:2999099/91‑1 (MQ=255) aacatagcttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaatgaaa > 2:3499610‑M1/86‑91 (MQ=255) acatagtttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaataaaaa > 2:2933961‑M1/85‑91 (MQ=255) tttataaAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAAt < 2:1611834/88‑1 (MQ=255) taataaAGAAATGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATg < 1:795612/91‑1 (MQ=255) atagtttcttctattatattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATg < 1:76306‑M1/9‑1 (MQ=255) 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aaTGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGAttt < 1:2784662/91‑1 (MQ=255) aaTGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGAttt > 2:787971/1‑91 (MQ=255) aaTGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGAttt > 2:245684/1‑91 (MQ=255) tGCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTcc > 1:3324203/1‑91 (MQ=255) gCTATAAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCca > 1:713685/1‑91 (MQ=255) tataAAACAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCcaca > 1:1283373/1‑91 (MQ=255) tattgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCGAGATTTCCACata > 1:1542659‑M1/67‑91 (MQ=255) attgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCGAGATTTCCACataa > 2:2418134‑M1/66‑91 (MQ=255) attgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCGAGATTTCCACataa > 2:612433‑M1/66‑91 (MQ=255) attgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCGAGATTTCCACataa > 1:3714517‑M1/66‑91 (MQ=255) aaaCAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAGATGCCGAGATTTCCACataat < 1:3649849/91‑1 (MQ=255) aaaCAACTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACataat < 1:1864844/91‑1 (MQ=255) aaaCAACTAGAAAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTAGCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACataat < 2:2186374/91‑1 (MQ=255) tgaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCGAGATTTCCACataata > 1:744227‑M1/64‑91 (MQ=255) gaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCGAGATTTCCACAtaataa > 1:383137‑M1/63‑91 (MQ=255) gaattgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCGAGATTTCCACAtaataa > 1:1188421‑M1/63‑91 (MQ=255) caacTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATaataat < 2:417852/91‑1 (MQ=255) aacTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAAtc > 2:2008022/1‑91 (MQ=255) aacTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAAtc > 2:1059476/1‑91 (MQ=255) ttgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAAtct > 1:3778867‑M1/60‑91 (MQ=255) acTAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAAtct > 1:900314/1‑91 (MQ=255) tgaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAAtctc > 2:2319028‑M1/59‑91 (MQ=255) tAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCg > 1:2206025/1‑91 (MQ=255) tAGATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCg > 2:2590574/1‑91 (MQ=255) gaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCg > 1:100093‑M1/58‑91 (MQ=255) gaaaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCg > 1:2732663‑M1/58‑91 (MQ=255) gATAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGc > 2:1485148/1‑91 (MQ=255) aaaattaaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGc > 1:996261‑M1/56‑91 (MQ=255) aaattaaaaaacaagacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCa > 2:151914‑M1/55‑91 (MQ=255) aTAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCa > 2:1189788/1‑91 (MQ=255) aTAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCa > 2:2948684/1‑91 (MQ=255) aTAAAGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCa > 1:3176424/1‑91 (MQ=255) aaaGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGAAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatt < 2:2331258/91‑1 (MQ=255) aaaGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGGACATATGAAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatt < 2:3442148/91‑1 (MQ=255) aaGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCattt > 1:3860060/1‑91 (MQ=255) aaGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCattt < 1:3400132/91‑1 (MQ=255) aGTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttt > 2:3298763/1‑91 (MQ=255) gTTAAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCattttt < 2:271271/91‑1 (MQ=255) aaaaaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCattttt > 2:485522‑M1/50‑91 (MQ=255) tAAGCCAAATGGAGAGAGAATAGTACATGTGTGACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATCTCCACGTAATACTCTCGGCatttttat < 2:852775/91‑1 (MQ=255) aaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttttatt > 1:2854289‑M1/47‑91 (MQ=255) aaaCCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttttatt > 2:3054189/1‑91 (MQ=255) aaaCCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttttatt < 1:1880437/91‑1 (MQ=255) aaCCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttttattt > 1:3620286/1‑91 (MQ=255) aCCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttttatttt > 1:3773044/1‑91 (MQ=255) ccAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttttattttt < 2:3752341/91‑1 (MQ=255) cAAATGGATAGATAATAGTACATACGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTg < 2:1093451/91‑1 (MQ=255) aaTGGATAGATAATAGTACATATGTAACTGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGAt < 2:1739872/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |