| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2473265 = | 218 (1.070) | 31 (0.190) | 13/126 | NT | 17.8% | intergenic (+99/+131) | USA300HOU_RS12730/bcr_1 | hypothetical protein/Bicyclomycin resistance protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2473309 = | 116 (0.730) | intergenic (+143/+87) | USA300HOU_RS12730/bcr_1 | hypothetical protein/Bicyclomycin resistance protein | |||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
AAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAATTTTTCAATTCAATATAATAGAAGAAACTATGTTTATCAT > USA300TCH1516_ALE/2473219‑2473399 | aaacaaaacttgagctattcatagacctatgaatttagcatcaaaaATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttttatt > 1:2854289‑M1/47‑91 (MQ=255)aaaCCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttttatt > 2:3054189/1‑91 (MQ=255)aaaCCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttttatt > 1:1813057/1‑91 (MQ=255) aaCCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttttattt > 1:3620286/1‑91 (MQ=255) aaCCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttttattt > 1:2602248/1‑91 (MQ=255) aaCCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttttattt > 2:402512/1‑91 (MQ=255) aCCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCatttttatttt > 1:1684945/1‑91 (MQ=255) aCCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTACCAATATAAAAAAGCCGAGATTTCCACATACTAATCTCGGCatttttattct > 2:2348262/1‑89 (MQ=255) cAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTg < 2:1093104/91‑1 (MQ=255) cAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTg < 2:3105268/91‑1 (MQ=255) aaTGGATAGATAATAGTACATATGTAACTGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGAt < 2:1739872/91‑1 (MQ=255) aaTGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGAt > 1:1038712/1‑91 (MQ=255) aTGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATg > 2:3491792/1‑91 (MQ=255) aTGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATg < 2:3706061/91‑1 (MQ=255) tGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGc < 2:2385553/91‑1 (MQ=255) ggATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCt > 2:193711/1‑91 (MQ=255) gatagataATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTa > 2:1911066/1‑91 (MQ=255) atagataATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTaa > 2:3616649/1‑91 (MQ=255) tagataATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTaaa > 2:1575450/1‑91 (MQ=255) tagataATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTaaa < 2:1096284/91‑1 (MQ=255) ataataGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTc > 1:1627398/1‑91 (MQ=255) taataGTTCCAATGTAACGGTGCTATCAATGTTATAGTGCCGAGATTTCCACATATCAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCa < 2:428505/91‑1 (MQ=255) taataGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCa < 1:917577/91‑1 (MQ=255) ataGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATa > 2:3851264/1‑91 (MQ=255) aGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAgg < 2:710501/91‑1 (MQ=255) tACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTc < 1:3732478/91‑1 (MQ=255) aCATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAgacct < 1:1922729/91‑5 (MQ=255) aCATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAgacct < 2:81587/91‑5 (MQ=255) aCATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCt > 1:484523/1‑91 (MQ=255) tatGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATg > 1:765508/1‑91 (MQ=255) atGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGATATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGa < 1:3363082/91‑1 (MQ=255) tAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATa > 2:644576/1‑91 (MQ=255) tAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATa > 2:2341846/1‑91 (MQ=255) aaCGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAg > 1:82513/1‑91 (MQ=255) acagTGCTATCAATATAAATATGCCGTGATTTCCACATAATAATCTCGGGATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGc < 2:920064/88‑1 (MQ=255) aCGGTGCTATGAATATAAAAATGCCGAGGTTTCCACATAAGAATCTCGGCATGTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGc < 2:273525/91‑1 (MQ=255) ggTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTc > 1:1745845/1‑91 (MQ=255) gTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCa < 2:1585343/91‑1 (MQ=255) 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tatTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTGTAATTTTTCAATTCAATATAATAGAAGAAACTATGTTTAt < 2:3664261‑M2/88‑1 (MQ=255) atTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAATTTTTCAATTCAATATAATAGAAGAAACTATGTTTATc < 2:2221251‑M2/89‑1 (MQ=255) tTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAATTTTTCAATTCAATATAATAGAAGAAACTATGTTTATCa < 1:303395‑M2/90‑1 (MQ=255) tTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAATTTTTCAATTCAATATAATAGAAGAAACTATGTTTATCa < 2:1489602‑M2/90‑1 (MQ=255) tTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAATTTTTCAATTCAATATAATAGAAGAAACTATGTTTATCa < 2:1165559‑M2/90‑1 (MQ=255) ttttGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAATTTTTCAATTCAATATAATAGAAGAAACTATGTTTatcat < 1:3492406/91‑1 (MQ=255) | AAACCAAATGGATAGATAATAGTACATATGTAACGGTGCTATCAATATAAAAATGCCGAGATTTCCACATAATAATCTCGGCATTTTTATTTTTGATGCTAAATTCATAGGTCTATGAATAGCTCAAGTTTTGTTTTTTAATTTTTCAATTCAATATAATAGAAGAAACTATGTTTATCAT > USA300TCH1516_ALE/2473219‑2473399 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |