| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2483085 = | 206 (1.010) | 29 (0.170) | 16/136 | NT | 15.4% | intergenic (+5/‑158) | hssS/USA300HOU_RS12790 | Heme sensor protein HssS/putative HTH‑type transcriptional regulator |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2483126 = | 143 (0.830) | intergenic (+46/‑117) | hssS/USA300HOU_RS12790 | Heme sensor protein HssS/putative HTH‑type transcriptional regulator | |||||
TTTGTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTTCAGGAGGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2483185‑2483085‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttcaggaggtaTCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGGTCATTTATGGTT > USA300TCH1516_ALE/2483126‑2483215 TTTGTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTT < 1:704186/91‑1TTTGTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTT < 1:704888/91‑1TTTGTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTT < 1:1343759/91‑1 TTGTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTT > 2:2863977/1‑91 TTGTTGAATGGTAGAAATTAAATGTTAAGTGGCTAGAAAGCGCTAATCAATATAAAAGATACCTCCTGAAATAAAAACAGAAATGTTTTTT > 2:1152071/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |