| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2483085 = | 206 (1.010) | 29 (0.170) | 16/136 | NT | 15.4% | intergenic (+5/‑158) | hssS/USA300HOU_RS12790 | Heme sensor protein HssS/putative HTH‑type transcriptional regulator |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2483126 = | 143 (0.830) | intergenic (+46/‑117) | hssS/USA300HOU_RS12790 | Heme sensor protein HssS/putative HTH‑type transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
AATTGCATCATGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACC > USA300TCH1516_ALE/2482995‑2483175 | aaccataaatgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagat > 1:2051957‑M1/91‑91 (MQ=255) ttGCATCATGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTAc > 2:202321/1‑91 (MQ=255) tGCATCATGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTAcc < 1:114556/91‑1 (MQ=255) tGCATCATGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTAcc < 2:555362/91‑1 (MQ=255) cataaatgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTAcc < 1:1590395‑M1/4‑1 (MQ=255) ataaatgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTAcct > 2:1390722‑M1/87‑91 (MQ=255) ataaatgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtacaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTAcct < 2:3249294‑M1/5‑1 (MQ=255) aaatgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTAcctcc > 1:1262128‑M1/85‑91 (MQ=255) aaatgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTAcctcc > 1:2575475‑M1/85‑91 (MQ=255) aatgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTAcctcct > 1:3099436‑M1/84‑91 (MQ=255) catGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTg < 1:1712141/91‑1 (MQ=255) atgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTg > 2:3340674‑M1/83‑91 (MQ=255) atgaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTg < 1:2594473‑M1/9‑1 (MQ=255) tGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGaa < 1:840202/91‑1 (MQ=255) tGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTACTGaa < 2:2217403/91‑1 (MQ=255) gaccatcgatatatttaaattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGaa < 1:2026845‑M1/11‑1 (MQ=255) tACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGaaaaa > 1:3818201/1‑91 (MQ=255) aCAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGaaaaaa > 2:3935974/1‑91 (MQ=255) aCAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGACAAATAATTCACATTAATCTCTACCTCCTGaaaaaa > 2:1505994/1‑91 (MQ=255) cAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAAc > 1:2979743/1‑91 (MQ=255) aaTCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACa > 2:1149457/1‑91 (MQ=255) aaTCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACa < 1:2277441/91‑1 (MQ=255) cAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTc < 2:3404541/91‑1 (MQ=255) aaTTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACACTTCt > 2:259601/1‑91 (MQ=255) aTTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTg > 2:1771764/1‑91 (MQ=255) aTTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTg < 1:3645233/91‑1 (MQ=255) tCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGtt > 1:1864888/1‑91 (MQ=255) tCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGtt < 1:1649977/91‑1 (MQ=255) cacacaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGttt < 1:2888255/91‑1 (MQ=255) acacaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGtttt < 1:2934413/91‑1 (MQ=255) attttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTa > 1:96770‑M1/63‑91 (MQ=255) attttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTa > 1:3723861‑M1/63‑91 (MQ=255) acaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTa < 2:2227766/91‑1 (MQ=255) ttttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAt > 1:1908611‑M1/62‑91 (MQ=255) ttttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAt > 1:2780868‑M1/62‑91 (MQ=255) caAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAt > 1:1834232/1‑91 (MQ=255) ttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAttt > 1:1280138‑M1/60‑91 (MQ=255) ttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggcaagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAttt > 2:1218111‑M1/60‑91 (MQ=255) gttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCa > 1:1213034‑M1/58‑91 (MQ=255) tAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCag > 1:1172675/1‑91 (MQ=255) aaCGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCagg > 2:2758246/1‑91 (MQ=255) aaCGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCagg > 2:336862/1‑91 (MQ=255) aaCGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCagg > 1:254802/1‑91 (MQ=255) aaCGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCagg > 1:1435414/1‑91 (MQ=255) aCGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCagga > 1:3261831/1‑91 (MQ=255) cGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCaggag > 2:2208232/1‑91 (MQ=255) cGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCaggag < 1:1942603/91‑1 (MQ=255) cGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCaggag > 1:2729579/1‑91 (MQ=255) cGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCaggag > 1:1088516/1‑91 (MQ=255) aGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGt < 2:105257/91‑1 (MQ=255) ggtagaaattaaatgttaagtggctagagagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTa > 2:1578594‑M1/51‑91 (MQ=255) gTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTa < 2:3899906/91‑1 (MQ=255) gtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTAt > 1:459888‑M1/50‑91 (MQ=255) aTGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATc < 2:2658602/91‑1 (MQ=255) tGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCt < 1:3936731/91‑1 (MQ=255) tAACCACCTTTACTATTACACTGCCGTATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCttt < 2:3420859/91‑1 (MQ=255) tAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCttt < 1:1337727/91‑1 (MQ=255) accaccTGTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTATGTTCTTATTTCATGAGATATCTCTta > 2:1319881/1‑91 (MQ=255) accaccGTTACTATTACACTGCCAAATTATTCTCTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTta < 2:1672006/91‑1 (MQ=255) ccaccTTTACTATTAGACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTtat > 1:3367887/1‑91 (MQ=255) ccaccTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGACAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTtat > 2:2523032/1‑91 (MQ=255) ccaccTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTtat < 2:2367823/91‑1 (MQ=255) ccTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCCCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATAtt > 2:3059333/1‑91 (MQ=255) cTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTg < 1:3197895/91‑1 (MQ=255) ttACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGAt > 1:2346284/1‑91 (MQ=255) ttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGAtt > 1:1409574‑M1/36‑91 (MQ=255) tACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGAtt < 2:1452847/91‑1 (MQ=255) tACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGAtt > 1:3868602/1‑91 (MQ=255) tACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGAtt > 1:1799764/1‑91 (MQ=255) tACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGAtt > 2:638180/1‑91 (MQ=255) tACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGAtt > 2:2964878/1‑91 (MQ=255) aCTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTa > 1:1530638/1‑91 (MQ=255) cTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAg < 1:2379036/91‑1 (MQ=255) tATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAgc < 2:1729894/91‑1 (MQ=255) aTTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAgcg < 1:730387/91‑1 (MQ=255) acacTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCtt < 1:2225930/91‑1 (MQ=255) cTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCt < 2:2698742/91‑1 (MQ=255) gCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAg > 2:3148881/1‑91 (MQ=255) 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ttCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAAc < 2:90590/91‑1 (MQ=255) tCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACa > 1:624477/1‑91 (MQ=255) tAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAAt < 2:1604167/91‑1 (MQ=255) aaTCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAAtt < 2:3444825/91‑1 (MQ=255) aaTCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTACCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAAtt < 2:321544/91‑1 (MQ=255) aaTCTCTACCACCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAAtt < 2:240936/91‑1 (MQ=255) aTCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAAttt > 1:494854/1‑91 (MQ=255) tctcTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTc > 1:55986/1‑91 (MQ=255) ctctACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCt < 2:3750/91‑1 (MQ=255) ctctACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCt > 1:2416849/1‑91 (MQ=255) tctACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTa < 2:3609966/91‑1 (MQ=255) ctACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTAc > 2:288019/1‑91 (MQ=255) TACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTAcc < 1:3523029‑M1/91‑1 (MQ=255) TACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTAcc < 2:792125‑M1/91‑1 (MQ=255) | AATTGCATCATGGTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACC > USA300TCH1516_ALE/2482995‑2483175 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |