| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2489730 = | 230 (1.130) | 24 (0.140) | 14/136 | NT | 11.6% | intergenic (+79/+74) | tarF_2/USA300HOU_RS12815 | Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase/putative lipoprotein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2489772 = | 172 (1.000) | intergenic (+121/+32) | tarF_2/USA300HOU_RS12815 | Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase/putative lipoprotein | |||||
GGTTACTGATCCAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTTTACCGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2489831‑2489730‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtttaccgttttATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACCATTGCTTGTCCAGTATAATCAACCGTTACA > USA300TCH1516_ALE/2489772‑2489861 GGTTACTGATCCAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGG < 1:2580196/91‑1GGTTACTGATCCAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGG < 1:183822/91‑1GGTTACTGATCCAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGG < 1:183678/91‑1GGTTACTGATCCAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGG < 2:1644211/91‑1 GTTACTGATCCAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGT > 1:2553894/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |