New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2489730 = | 230 (1.130) | 24 (0.140) | 14/136 | NT | 11.6% | intergenic (+79/+74) | tarF_2/USA300HOU_RS12815 | Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase/putative lipoprotein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2489772 = | 172 (1.000) | intergenic (+121/+32) | tarF_2/USA300HOU_RS12815 | Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase/putative lipoprotein |
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
GTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACCATTGCTTGTCCAGTATAATCAACCGTTACA > USA300TCH1516_ALE/2489682‑2489861 | gTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTCACCGTTTTa > 2:3320941/1‑91 (MQ=255) aactaccaacaataatgttaatataactatgatacaagttaaaaaatAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTAt > 1:593511‑M1/48‑91 (MQ=255) ttAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAACAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGATTACCGTTTTAtt > 1:3962188/1‑91 (MQ=255) ttAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTAtt < 2:2785501/91‑1 (MQ=255) ttAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTAtt > 1:3535472/1‑91 (MQ=255) ttAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGATTACCGTTTTAtt > 2:1605172/1‑91 (MQ=255) actaccaacaataatgttaatataactatgatgcaagttaaaaaatAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTAtt > 2:134615‑M1/47‑91 (MQ=255) tAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTAttt > 1:2871173/1‑91 (MQ=255) tAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTATACCGTTTTAttt > 2:2904205/1‑91 (MQ=255) tAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTATACCGTTTTAttt > 1:500907/1‑91 (MQ=255) aGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTa > 1:85247/1‑91 (MQ=255) caataatgttaatataactatgatgcaagttaaaaaataaaacggtaaactctataatatgaattagggtttaccgttttttttttttttt > 2:3936473‑M2/81‑87 (MQ=255) aaaataAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACt < 1:3512043/88‑1 (MQ=255) aCTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATCGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACt > 1:3686556/1‑91 (MQ=255) 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aCGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTCTAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGcatcat > 1:2784507/1‑91 (MQ=255) aCGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGcatcat > 2:2378533/1‑91 (MQ=255) aCGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGcatcat > 2:2046336/1‑91 (MQ=255) cGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATa > 1:3712562/1‑91 (MQ=255) tAAACTTTGATACCTAAAAATACAAAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGt < 2:1859829/91‑1 (MQ=255) aaCTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTta > 2:1594476/1‑91 (MQ=255) cTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTtata < 1:2001133/91‑1 (MQ=255) ttGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATAtt > 2:3231764/1‑91 (MQ=255) gATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTaa < 1:2085958/91‑1 (MQ=255) aTACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAAc < 1:3724737/91‑1 (MQ=255) aTACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAAc > 1:2364752/1‑91 (MQ=255) tACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACa > 1:1052569/1‑91 (MQ=255) aCTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACat > 1:982731/1‑91 (MQ=255) aCTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACat > 1:3272479/1‑91 (MQ=255) tttAAAAAACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACatta < 2:773096/91‑1 (MQ=255) aaaaTACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTAttg < 1:51421/91‑1 (MQ=255) aaaaTACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTAttg < 2:3466148/91‑1 (MQ=255) aaaTACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTAttgt > 2:1016448/1‑91 (MQ=255) aaTACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTGCCGTTTTATTTTTTAACGTGCAGCATAGTTATATTAACATTAttgtt < 1:2957380/91‑1 (MQ=255) aaTACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTAttgtt < 1:2203530/91‑1 (MQ=255) aTACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTAttgttg < 2:3014045/91‑1 (MQ=255) aTACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTAttgttg < 2:1819577/91‑1 (MQ=255) cGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGtt > 1:1841744/1‑90 (MQ=255) cGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTa > 1:1222304/1‑91 (MQ=255) cGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTa < 1:3123434/91‑1 (MQ=255) cGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTa > 1:2465870/1‑91 (MQ=255) cGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTa > 2:3339949/1‑91 (MQ=255) cGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATCTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTa > 2:65246/1‑91 (MQ=255) gCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAg < 1:1370539/91‑1 (MQ=255) gCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAg > 1:1572055/1‑91 (MQ=255) cAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGt < 2:2094061/91‑1 (MQ=255) AAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTg > 2:2651385‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTg > 1:3760877‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTg > 1:2921557‑M1/1‑91 (MQ=255) AACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGa < 1:192690‑M1/91‑1 (MQ=255) acggtaaactctataatatgaattagggtttaccgttttATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGAt > 2:2141518‑M2/40‑91 (MQ=255) ggtaaactctataatatgaattagggtttaccgttttATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCa > 1:1405991‑M2/38‑91 (MQ=255) GGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCa < 2:2234454‑M1/91‑1 (MQ=255) gTAAATCCTAATTCAGATTATAGAGTGTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCAGCATAGTTATATTACCATTATTGTTGGTAGGTTGGATCAg < 2:3644873/91‑1 (MQ=255) taaactctataatatgaattagggtttaccgttttATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGt > 1:732757‑M2/36‑91 (MQ=255) TAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGt < 2:3910270‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGt > 2:1791207‑M1/1‑91 (MQ=255) TAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGt < 1:2392911‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGt < 2:378678‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAACCCTAATTCATAATATAGAGTTTACCGTTTTATTCTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTCTTGTTGGTAGTTTGGATCAGt < 2:1807316‑M1/91‑1 (MQ=255) AACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTaa > 2:3168675‑M1/1‑91 (MQ=255) AACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTaa > 2:1497762‑M1/1‑91 (MQ=255) actctataatatgaattagggtttaccgttttATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAAc > 1:769394‑M2/33‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |