| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2489730 = | 230 (1.130) | 24 (0.140) | 14/136 | NT | 11.6% | intergenic (+79/+74) | tarF_2/USA300HOU_RS12815 | Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase/putative lipoprotein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2489772 = | 172 (1.000) | intergenic (+121/+32) | tarF_2/USA300HOU_RS12815 | Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase/putative lipoprotein | |||||
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
TCTAATCAATAGTGTTTAAATTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTG > USA300TCH1516_ALE/2489640‑2489820 | tgtaacggttgattatactggacaagcaatggttactgatccaaactaccaacaataatgttaatataactatgatgcaagttaaaaaata > 1:2568309‑M1/91‑91 (MQ=255)tCTAATCAATAGTGTTTAAATTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCaaa > 2:3598862/1‑91 (MQ=255) cTAATCAATAGTGTTTAAATTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATAAGCaaaa < 2:1189699/91‑1 (MQ=255) aacggttgattatactggacaagcaatggttactgatccaaactaccaacaataatgttaatataactatgatgcaagttaaaaaataaaa < 1:3702504‑M1/4‑1 (MQ=255) acggttgattatactggacaagcaatggttactgatccaaagtaccaacaataatgttaatataactatgatgcaagttaaaaaatAAAAc > 2:3463881‑M1/87‑91 (MQ=255) cAATAGTGTTTAAATTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACgg < 1:2656338/91‑1 (MQ=255) ttgattatactggacaagcaatggttactgatccaaactaccaacaataatgttaatataactatgatgcaagttaaaaaatAAAACGGTa < 2:3343177‑M1/9‑1 (MQ=255) tgattatactggacaagcaatggttactgatccaaactaccaacaataatgttaatataactatgatgcaagttaaaaaatAAAACGGTaa > 1:1829802‑M1/82‑91 (MQ=255) tAGTGTTTAAATTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTaa > 1:1486397/1‑91 (MQ=255) aGTGTTTAAATTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTACAATACGCAAAAAACGGTaaa > 2:1829668/1‑91 (MQ=255) aGTGTTTAAATTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTaaa < 2:2135581/91‑1 (MQ=255) aGTGTTTAAATTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTAATATAAAACGTAAACTTTGATACTTAAAAAAAAAAAAAAAACGGTaaa < 2:3487177/91‑1 (MQ=255) gtgtTTAAATTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACACAAAAAACGGTAAAc < 2:2931415/91‑1 (MQ=255) attatactggacaagcaatggttactgatccaaactaccaacaataatgttaatataactatgatgcaagttaaaaaatAAAACGGTAAAc < 1:2481494‑M1/12‑1 (MQ=255) 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tttCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCa < 1:3591513/91‑1 (MQ=255) ttCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCat < 1:1652453/91‑1 (MQ=255) ttCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCat < 2:3058175/91‑1 (MQ=255) tctcAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCata > 1:3393482/1‑91 (MQ=255) tctcAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCata < 1:2120480/91‑1 (MQ=255) ctcAGTGGCTGTGAATGAGGTTTATAAGTACTATAAAACGTAATCTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCatat < 2:3676048/91‑1 (MQ=255) ctcAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCatat > 2:63261/1‑91 (MQ=255) gTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATtata > 1:3734167/1‑91 (MQ=255) gTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATtata < 1:674813/91‑1 (MQ=255) gTGGCTGTGAATGAGGTATAAAAGTACTATAAGACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATtata < 2:1373457/91‑1 (MQ=255) tGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATag > 1:1521229/1‑91 (MQ=255) tGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATag < 2:2465491/91‑1 (MQ=255) tggttactgatccaaactaccaacaataatgttaatataactatgatgcaagttaaaaaatAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATaga > 1:3210626‑M1/62‑91 (MQ=255) gCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATagag < 1:985515/91‑1 (MQ=255) cTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGt < 2:2255564/91‑1 (MQ=255) tactgatccaaactaccaacaataatgttaatataactatgatgcaagttaaaaaatAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGttt > 1:2765456‑M1/58‑91 (MQ=255) 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ttAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAACAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGATTACCGTTTTAtt > 1:3962188/1‑91 (MQ=255) ttAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTAtt < 2:2785501/91‑1 (MQ=255) ttAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTAtt < 2:1667131/91‑1 (MQ=255) ttAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTAtt > 1:3535256/1‑91 (MQ=255) tAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTAttt > 2:930106/1‑91 (MQ=255) tAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTAttt > 1:2871173/1‑91 (MQ=255) tAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTATACCGTTTTAttt > 1:500907/1‑91 (MQ=255) aaaaGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTAtttt < 2:1596141/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |