| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2492466 = | 142 (0.700) | 25 (0.140) | 13/138 | NT | 18.6% | intergenic (+9/+37) | yhfP/rimI_4 | Putative quinone oxidoreductase YhfP/Ribosomal‑protein‑alanine acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2492499 = | 96 (0.550) | intergenic (+42/+4) | yhfP/rimI_4 | Putative quinone oxidoreductase YhfP/Ribosomal‑protein‑alanine acetyltransferase | |||||
ATATACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATAACGGGATGTCTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2492566‑2492466‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatgtctttttTAATTTAGTATTTGATATACATACCGCCTGAATCTGGTTCGGTAGGTATAAATCCAAATTTTGTATATAATTTATCCGCTGGGTAGTCTG > USA300TCH1516_ALE/2492499‑2492588 ATATACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATAACGGG > 2:1912204/1‑91ATATACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATAACGGG > 2:1912321/1‑91 TATACAAAATTTGGATTTATACCTATCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATAACGGGA < 1:3682016/91‑1 TATACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATAACGGGA < 1:708480/91‑1 ATACAGAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATAACGGGAT > 1:2830533/1‑91 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TCTCGCATAACGGGATGTCTTTTTTAATTTAGTATTTGATATACATACCGCCTGAATCTGGTTCGGTAGGTATAAATCCAAATTTTGTATA > 1:1286434/1‑91 TCTCGCATAACGGGATGTCTTTTTTAATTTAGTATTTGATATACATACCGCCTGAATCTGGTTCGGTAGGTATAAATCCAAATTTTGTATA > 2:3096408/1‑91 CTCGCATAACGGGATGTCTTTTTTAATTTAGTATTTGATATACATACCGCCTGAATCTGGTTCGGTAGGTATAAATCCAACTTTTGTATAT > 2:2831391/1‑91 CTCGCATAACGGGATGTCTTTTTTAATTTAGTATTTGATATACATACCGCCTGAATCTGGTTCGGTAGGTATAAATCCAAATTTTGTATAT > 2:2784415/1‑91 CTCGCATAACGGGATGTCTTTTTTAATTTAGTATTTGATATACATACCGCCTGAATCTGGTTCGGTAGGTATAAATCCAAATTTTGTATAT > 1:1614122/1‑91 CTCGCATAACGGGATGTCTTTTTTAATTTAGTATTTGATATACATACCGCCTGAATCTGGTTCGGTAGGTATAAATCCAAATTTTGTATAT > 2:1120367/1‑91 TCGCATAACGGGATGTCTTTTTTAATTTAGTATTTGATATACATACCGCCTGAATCTGGTTCGGTCGGTCTAAATCCAAATTTTGTACATA > 2:3599094/1‑91 TCGCATAACGGGATGTCTTTTTTAATTTAGTATTTGATATACATACCGCCTGAATCTGGTTCGGTAGGTATAAATCCAAATTTTGTATATA > 1:658807/1‑91 CGCATAACGGGATGTCTTTTTTAATTTAGTATTTGATATACATACCGCCTGAATCTGGTTCGGTAGGTATAAATCCAAATTTTGTATATAA > 2:3847568/1‑91 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TTTTTTAATTTAGTATTTGATATACATACCGCCTGAATCTGGTTCGGTAGGTATAAATCCAAATTTTGTATATAATTTATCCGCTGGGTAG < 1:3168421/91‑1 TTTTTTAATTTAGTATTTGATATACATACCGCCTGAATCTGGTTCGGTAGGTATAAATCCAAATTTTGTATATAATTTATCCGCTGGGTAG > 1:2645371/1‑91 TTTTTTAATTTAGTATTTGATATACATACCGCCTGAATCTGGTTCGGTAGGTATAAATCCAAATTTTGTATATAATTTATCCGCTGGGTAG < 2:2218300/91‑1 TTTTTTAATTTAGTATTTGATATACATACCGCCTGAATCTGGTTCGGTAGGTATAAATCCAAATTTTGTATATAATTTATCCGCTGGGTAG < 2:226656/91‑1 TTTTTAATTTAGTATTTGATATACATACCGCCTGAATCTGGTTCGGTAGGTATAAATCCAAATTTTGTATATAATTTATCCGCTGGGTAGT > 1:1060079/1‑91 TTTTTAATTTAGTATTTGATATACATACCGCCTGAATCTGGTTCGGTAGGTATAAATCCAAATTTTGTATATAATTTATCCGCTGGGTAGT < 1:2360594/91‑1 TTTTTAATTTAGTATTTGATATACATACCGCCTGAATCTGGTTCGGTAGGTATAAATCCAAATTTTGTATATAATTTATCCGCTGGGTAGT < 1:3546696/91‑1 TTTTTAATTTAGTATTTGATATACATACCGCCTGAATCTGGTTCGGTAGGTATAAATCCAAATTTTGTATATAATTTATCCGCTGGGTAGT < 2:2410546/91‑1 TTTTAATTTAGTATTTGATATACATACCGCCTGAATCTGGTTCGGTAGGTATAAATCCAAATTTTGTATATAATTTATCCGCTGGGTAGTt > 2:2373558/1‑90 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ATATACAAAATTTGGATTTATACCTACCGAACCAGATTCAGGCGGTATGTATATCAAATACTAAATTAAAAAAGACATCTCGCATAACGGGATGTCTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2492566‑2492466‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatgtctttttTAATTTAGTATTTGATATACATACCGCCTGAATCTGGTTCGGTAGGTATAAATCCAAATTTTGTATATAATTTATCCGCTGGGTAGTCTG > USA300TCH1516_ALE/2492499‑2492588 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |