| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2525589 | 163 (0.800) | 8 (0.050) | 6/130 | NT | 5.4% | intergenic (‑161/+69) | sirB/ytmI | Sirohydrochlorin ferrochelatase/putative N‑acetyltransferase YtmI |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2525624 | 148 (0.900) | intergenic (‑196/+34) | sirB/ytmI | Sirohydrochlorin ferrochelatase/putative N‑acetyltransferase YtmI | |||||
AATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2525485‑2525589‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagcgaccgatatatTAATGCTTGCTCAAATAAATGTTGAGTAGGGATTCATATATCGGTCGCTTTTTTTGATTTAAC‑AAAAAGGGAAAATGTATAAGGAATATG < USA300TCH1516_ALE/2525624‑2525535 AATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAA > 2:344643/1‑91 ATCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAA > 1:578279/1‑91 TCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAc > 2:1211352/1‑90 TCACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAG > 2:2694032/1‑91 CACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGC > 1:1128117/1‑91 CACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGC < 1:3002241/91‑1 CACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGC < 1:2184513/91‑1 CACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGC < 1:1809677/91‑1 CACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGC < 1:113852/91‑1 CACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGC > 1:1128262/1‑91 ACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCG > 2:2657772/1‑91 ACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCG > 1:1534520/1‑91 ACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCG > 1:851171/1‑91 ACATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCAAATTCCTTATACATTTTCCCTTTTAATAAAAAAAAAAAAAGCG < 2:3768087/91‑1 CATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTATTTCAAAAAAAGCGA > 2:827591/1‑91 CATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGA < 2:385700/91‑1 CATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGA < 2:2080786/91‑1 CATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGA > 2:1880271/1‑91 CATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGA < 1:333702/91‑1 CATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGA < 1:333284/91‑1 ATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGAC < 2:847456/91‑1 ATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGAC < 2:1285286/91‑1 ATTATAATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGAC < 1:2436584/91‑1 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AATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATA > 2:3149126/1‑91 AATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATA < 1:1027923/91‑1 ATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATAT < 2:2171389/91‑1 ATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATAT > 1:2363733/1‑91 ATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATAT < 2:1206122/91‑1 ATGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATAT < 2:2297793/91‑1 TGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTTTTATTTTTAAATAAGCGTCCGATATt > 2:3740944/1‑90 TGTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATA < 1:3096908/91‑1 GTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTTTACATTTTCCCTCTCTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATAT > 1:3161697/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |