| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2525589 | 163 (0.800) | 8 (0.050) | 6/130 | NT | 5.4% | intergenic (‑161/+69) | sirB/ytmI | Sirohydrochlorin ferrochelatase/putative N‑acetyltransferase YtmI |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2525624 | 148 (0.900) | intergenic (‑196/+34) | sirB/ytmI | Sirohydrochlorin ferrochelatase/putative N‑acetyltransferase YtmI | |||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
GTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAAT > USA300TCH1516_ALE/2525499‑2525679 | ggcaTCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGa > 1:121100/4‑91 (MQ=255) ggcaTCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGa > 1:1426779/4‑91 (MQ=255) aaaaTCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGa > 2:778358/1‑91 (MQ=255) aaaTCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGaa < 1:3582979/91‑1 (MQ=255) tCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATcc < 1:676712/91‑1 (MQ=255) tCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATcc < 2:2086921/91‑1 (MQ=255) gggAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTa > 2:3584563/1‑91 (MQ=255) ggAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTAc > 2:1017375/1‑91 (MQ=255) ggAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTAc > 1:2269590/1‑91 (MQ=255) ggAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTAc > 2:1109024/1‑91 (MQ=255) ggAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTAc < 1:3294910/91‑1 (MQ=255) gAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACt > 2:484623/1‑91 (MQ=255) gAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACt < 1:893059/91‑1 (MQ=255) aaTTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTc > 2:2141119/1‑91 (MQ=255) aaTTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTc > 2:1333397/1‑91 (MQ=255) aaTTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTc > 1:3185242/1‑91 (MQ=255) aaTTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTCTTTGTTAAATCACCCAAAGCGACCGATATATGCATCCCTACTc > 2:1671655/1‑91 (MQ=255) aTTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATGTGAATCCCTACTCa < 1:2587739/91‑1 (MQ=255) aTTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCa > 1:1264390/1‑91 (MQ=255) ttCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTcca > 2:2218549/1‑89 (MQ=255) ttCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCaa > 2:1852790/1‑91 (MQ=255) ttCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCaa > 1:1991118/1‑91 (MQ=255) ttCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCaa > 1:3496045/1‑91 (MQ=255) tCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAAc > 1:3545616/1‑91 (MQ=255) tCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAAc < 1:1759626/91‑1 (MQ=255) cccTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATATTCCCTTATAGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACa < 2:1973279/91‑1 (MQ=255) ccTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACat > 1:1814719/1‑91 (MQ=255) tGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACatttatt > 1:3768256/1‑91 (MQ=255) ccTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTg < 1:2711711/91‑1 (MQ=255) ccTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTg < 1:1581146/91‑1 (MQ=255) tAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGagca < 1:1122782/91‑1 (MQ=255) gTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGagcaag > 1:3397039/1‑91 (MQ=255) gTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGagcaag < 1:3437831/91‑1 (MQ=255) cATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGagcaagca > 2:2420702/1‑91 (MQ=255) cATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGagcaagca < 1:2478044/91‑1 (MQ=255) cATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGagcaagca < 2:2631808/91‑1 (MQ=255) aTGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATAAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCAt < 2:2777819/91‑1 (MQ=255) tGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCAtt > 2:2008528/1‑91 (MQ=255) gCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAATTCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTa > 2:3154549/1‑91 (MQ=255) atatTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTGTTTGAGCAAGCATTAat < 1:3384972‑M2/91‑3 (MQ=255) atatTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTAAAAAAAAAAAAAGCGACCGATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattcat < 2:2273908‑M1/91‑38 (MQ=255) tatTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAata < 2:1305655‑M2/91‑4 (MQ=255) atTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatat < 1:1520697‑M2/91‑5 (MQ=255) tCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGAGCGATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattcatatat < 2:3489932‑M1/91‑42 (MQ=255) tCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatat > 2:2314226‑M2/1‑85 (MQ=255) ttATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcgg > 1:3528100‑M2/1‑82 (MQ=255) tataCATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattcatatatcggt < 1:1312193‑M1/91‑46 (MQ=255) tataCATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggt < 2:3171794‑M2/91‑11 (MQ=255) tataCATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggt < 2:2513307‑M2/91‑11 (MQ=255) ataCATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATtaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattcatatatcggtc < 1:1492631‑M1/91‑47 (MQ=255) ataCATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtc > 2:3634602‑M2/1‑80 (MQ=255) aTTTTCCCTTTTTGTTAATTCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCTTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAttatatcggttgctt < 2:342569‑M2/91‑16 (MQ=255) tttCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGt < 1:1349008/91‑1 (MQ=255) cccTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAgt > 2:1438903/1‑91 (MQ=255) cccTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAgt < 1:1939802/91‑1 (MQ=255) cccTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGCAgt > 2:404705/1‑91 (MQ=255) ccTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAgtg < 1:928566/91‑1 (MQ=255) tttttGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGta < 1:2131925/91‑1 (MQ=255) tttttGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTAGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGta < 2:2279664/91‑1 (MQ=255) tttGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGtata > 2:3345226/1‑91 (MQ=255) ttGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTatat < 1:3018493/91‑1 (MQ=255) ttGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTatat < 1:103147/91‑1 (MQ=255) 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atatGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCt < 1:3640695/91‑1 (MQ=255) tattaatgcttgctcaaataaatgttgagtagggattcatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtataaggaata > 1:2866536‑M1/1‑3 (MQ=255) tatGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTa < 2:220444/91‑1 (MQ=255) atGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtataaggaatat < 2:2274023‑M2/91‑55 (MQ=255) atGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTaa < 2:149249/91‑1 (MQ=255) ttaatgcatgctcaaataaatgttgagtagggattcatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtataaggaagatg < 2:3505269‑M1/91‑91 (MQ=255) | GTAAAATCAGGGAATTCCCTGATGCCTGTAGTCATGCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAAT > USA300TCH1516_ALE/2525499‑2525679 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |