| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2525589 | 163 (0.800) | 8 (0.050) | 6/130 | NT | 5.4% | intergenic (‑161/+69) | sirB/ytmI | Sirohydrochlorin ferrochelatase/putative N‑acetyltransferase YtmI |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2525624 | 148 (0.900) | intergenic (‑196/+34) | sirB/ytmI | Sirohydrochlorin ferrochelatase/putative N‑acetyltransferase YtmI | |||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
GCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGTCAAAGCGCTCGGGTATCAATACTTT > USA300TCH1516_ALE/2525534‑2525714 | gCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAATTCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTa > 2:3154549/1‑91 (MQ=255)gCATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTa < 2:507462/91‑1 (MQ=255) cATATTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAa > 1:2505817‑M2/1‑90 (MQ=255) atTCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatat < 2:437373‑M2/91‑5 (MQ=255) atTCCTTATACATTTTCCCGTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatat > 2:2010564‑M2/1‑87 (MQ=255) ttCCTTATACATTTTCCCTTTTTTTTTTTTCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTTAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatata < 2:2187570‑M2/91‑6 (MQ=255) ttCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatata > 1:1173148‑M2/1‑86 (MQ=255) tCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatat < 1:3711916‑M2/91‑7 (MQ=255) tCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatat > 1:3535388‑M2/1‑85 (MQ=255) tCCTTATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatat > 2:2314226‑M2/1‑85 (MQ=255) ccTTATACATTTTCCCTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatc < 2:2211963‑M2/91‑8 (MQ=255) ttATACATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcgg < 2:3124943‑M2/91‑10 (MQ=255) taCATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcg > 2:1967937‑M2/1‑79 (MQ=255) aCATTTTCCCTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcgc > 1:1454500‑M2/1‑78 (MQ=255) cccTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAgt > 2:1438903/1‑91 (MQ=255) cccTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAgt < 1:1939802/91‑1 (MQ=255) cccTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGCAgt > 2:404705/1‑91 (MQ=255) ccTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAgtg < 2:146977/91‑1 (MQ=255) ccTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAgtg < 1:928566/91‑1 (MQ=255) cTTTTTGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAgtgt > 1:3585330/1‑91 (MQ=255) tttttGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTAGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGta < 2:2279664/91‑1 (MQ=255) tttGTTAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGtata > 1:23150/1‑91 (MQ=255) ttAAATCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTAtattat < 1:2980487/91‑1 (MQ=255) tAAATTTAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTAtattatt > 2:3120405/1‑91 (MQ=255) ttaaaaaaaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCTCTTGTATTGTATATTATTATCt > 2:3694133/3‑91 (MQ=255) tCAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCt < 2:3596142/91‑1 (MQ=255) cAAAAAAAGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATAATATTATCtt < 1:1980071/91‑1 (MQ=255) aaaaaaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTaa > 1:2877876/1‑91 (MQ=255) aaagaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATAGTATTATCTTaaa < 1:3059233/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCGACCGATATATGAATGCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTaaa < 2:3184044/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTaaa < 1:1278180/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTaaa < 2:3516894/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTaaa > 2:2140847/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTaaa > 1:414024/1‑91 (MQ=255) aaaaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTaaaa < 1:1357054/91‑1 (MQ=255) aaaaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTaaaa < 2:1695143/91‑1 (MQ=255) aaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAAtg < 2:1952668/91‑1 (MQ=255) aaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAAtg < 2:2270891/91‑1 (MQ=255) aaGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAAtg < 1:3209610/91‑1 (MQ=255) aGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAAtgg < 1:2268302/91‑1 (MQ=255) aGCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATAACGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAAtgg > 2:2821197/1‑91 (MQ=255) gCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAAtggt > 1:2398873/1‑91 (MQ=255) gCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAAtggt < 2:1175970/91‑1 (MQ=255) gCGACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAAtggt > 2:1386856/1‑91 (MQ=255) gACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtat < 2:1038038‑M2/91‑46 (MQ=255) gACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAAtggtgg < 1:3645310/91‑1 (MQ=255) gACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAAtggtgg > 2:1820650/1‑91 (MQ=255) gACCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAAtggtgg > 2:1820216/1‑91 (MQ=255) aCCGATATATGAATCCCTACTCATCATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATggtggt > 2:1178800/1‑91 (MQ=255) aCCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtata < 1:1312193‑M2/91‑47 (MQ=255) aCCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATggtggt < 2:890908/91‑1 (MQ=255) aCCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATggtggt > 1:1659110/1‑91 (MQ=255) aCCGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATggtggt < 1:338598/91‑1 (MQ=255) ccGATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtataa < 1:2361863‑M2/91‑48 (MQ=255) gATATATGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTgg < 2:1585664/91‑1 (MQ=255) atatatGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcgctcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtataagga < 2:3489932‑M2/91‑51 (MQ=255) atatatGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGc < 2:1254833/91‑1 (MQ=255) tatatGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGcc < 2:120425/91‑1 (MQ=255) atatGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCt < 2:2631155/91‑1 (MQ=255) atGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCGAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTaa < 1:932728/91‑1 (MQ=255) atGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAatatatcggtcgctttttttgatttaacaaaaagggaaaatgtataaggaatat < 2:2274023‑M2/91‑55 (MQ=255) atGAATCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTaa > 2:2003097/1‑91 (MQ=255) 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tCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTg > 2:451436/1‑91 (MQ=255) tCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTg > 2:451627/1‑91 (MQ=255) tCCCTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTg > 2:87202/1‑91 (MQ=255) ccTACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGtt > 2:772390/1‑91 (MQ=255) tACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTc > 1:1791494/1‑91 (MQ=255) tACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTc > 2:2773900/1‑91 (MQ=255) tACTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTc > 2:1885357/1‑91 (MQ=255) cTCAACATTTATTTGAGCAAGCATTAATATATCGGTCGCTTGTAGTGTATATTATTATCTTAAAATGGTGGTTGGCCTAATATTGTTTCGt > 2:3170505/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |