| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2537754 = | 219 (1.080) | 24 (0.140) | 10/138 | NT | 12.3% | intergenic (+108/+46) | USA300TCH1516_02423/gpmA_2 | hypothetical protein/2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2537797 = | 154 (0.880) | intergenic (+151/+3) | USA300TCH1516_02423/gpmA_2 | hypothetical protein/2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase | |||||
GCTTGTTTATGAATTAACGGATGATTTAGAAGTTATAGATAAATACTACTTATAAAAAAAGAGCTGCATGTACACAAGGAGTGAGTGTATATGCAGCTCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2537854‑2537754‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgcagctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAATTTCATAATTAATGAT > USA300TCH1516_ALE/2537797‑2537886 GCTTGTTTATGAATTAACGGATGATTTAGAAGTTATAGATAAATACTAGTTATAAAAAAAGAGCTGCATGTACACAAGGAGTGAGTGTATA < 2:1751990/91‑1GCTTGTTTATGAATTAACGGATGATTTAGAAGTTATAGATAAATACTACTTATAAAAAAAGAGCTGCATGTACACAAGGAGTGAGTGTATA > 2:412889/1‑91GCTTGTTTATGAATTAACGGATGATTTAGAAGTTATAGATAAATACTACTTATAAAAAAAGAGCTGCATGTACACAAGGAGTGAGTGTATA > 1:2853809/1‑91 CTTGTTTATGAATTAACGGATGATTTAGAAGTTATAGATAAATACTACTTATAAAAAAAGAGCTGCATGTACACAAGGAGTGAGTGTATAT > 2:265373/1‑91 CTTGTTTATGAATTAACGGATGATTTAGAAGTTATAGATAAATACTACTTATAAAAAAAGAGCTGCATGTACACAAGGAGTGAGTGTATAT > 2:266180/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |