| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2537754 = | 219 (1.080) | 24 (0.140) | 10/138 | NT | 12.3% | intergenic (+108/+46) | USA300TCH1516_02423/gpmA_2 | hypothetical protein/2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2537797 = | 154 (0.880) | intergenic (+151/+3) | USA300TCH1516_02423/gpmA_2 | hypothetical protein/2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase | |||||
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
TATTGTATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTC > USA300TCH1516_ALE/2537664‑2537844 | tatTGTATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTa > 2:3557838/1‑91 (MQ=255)tatTGTATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTa < 2:2133536/91‑1 (MQ=255)tatTGTATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTa < 1:3606086/91‑1 (MQ=255)tatTGTATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTa < 1:196857/91‑1 (MQ=255) ttGTATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAag > 1:453658/1‑91 (MQ=255) tGTATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAaga < 1:1721236/91‑1 (MQ=255) tGTATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTGAATATAAACTCTATACTTAACTGTTTGCTTACATTACTTCACATATTTAaga < 2:1681421/91‑1 (MQ=255) attaattatgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagcagttatagataaatactacttataaaaaAaga < 2:3640257‑M1/4‑1 (MQ=255) attaattatgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAaga < 2:3102079‑M1/4‑1 (MQ=255) gTATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAagag > 1:898173/1‑91 (MQ=255) gTATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAagag > 1:2329684/1‑91 (MQ=255) taattatgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGc > 2:42415‑M1/86‑91 (MQ=255) taattatgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGc > 2:1554360‑M1/86‑91 (MQ=255) taattatgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGc > 1:1577504‑M1/86‑91 (MQ=255) tATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGc < 1:2320698/91‑1 (MQ=255) tATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGc > 1:2347973/1‑91 (MQ=255) tATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGc < 2:1901059/91‑1 (MQ=255) aattatgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCt < 2:2318917‑M1/7‑1 (MQ=255) aTGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCt > 1:646749/1‑91 (MQ=255) ttatgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGc > 1:3253716‑M1/83‑91 (MQ=255) ttatgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGc < 1:3805024‑M1/9‑1 (MQ=255) gTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGc < 1:2391923/91‑1 (MQ=255) cTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCat < 1:718909/91‑1 (MQ=255) atgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCat < 2:3139353‑M1/11‑1 (MQ=255) atgaaattaaaacaggtgcaccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCat > 2:3399876‑M1/81‑91 (MQ=255) aggaaattaaaacaggtgcagcgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCat > 2:551169‑M1/81‑91 (MQ=255) aaCTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACGCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCatat < 2:3836309/91‑1 (MQ=255) cTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATac > 2:475188/1‑91 (MQ=255) tataTTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATaca < 2:2991998/91‑1 (MQ=255) atatTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATacac < 2:2841905/91‑1 (MQ=255) atTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATAcactc > 2:1455220/1‑91 (MQ=255) atTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATAcactc < 2:3767374/91‑1 (MQ=255) atTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATAcactc < 2:1359932/91‑1 (MQ=255) ttttCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATAcactca < 2:1006136/91‑1 (MQ=255) ttCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATAcactcact < 2:2048006/91‑1 (MQ=255) tCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACactcactc > 1:1324476/1‑91 (MQ=255) cGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTcc < 2:2007753/91‑1 (MQ=255) gAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCt > 2:2403710/1‑91 (MQ=255) aGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCtt > 1:2758237/1‑91 (MQ=255) aGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCtt < 2:3152814/91‑1 (MQ=255) gTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTtg < 2:1136521/91‑1 (MQ=255) gTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTtg > 1:649674/1‑91 (MQ=255) caccgcttgtttatgaattaacggatgatttataagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTtgtg > 1:3360911‑M1/63‑91 (MQ=255) caccgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTtgtg > 1:3917116‑M1/63‑91 (MQ=255) aTCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTtgtg < 1:1252970/91‑1 (MQ=255) aTCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTGCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTtgtg < 2:3542096/91‑1 (MQ=255) tCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTgtgt > 2:817937/1‑91 (MQ=255) tCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTgtgt > 2:266591/1‑91 (MQ=255) accgcttgtttatgaattaacggatgattgagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTgtgt > 1:3175938‑M1/62‑91 (MQ=255) cgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTAc > 1:145338‑M1/60‑91 (MQ=255) cgcttgtttatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTAc > 2:2098507‑M1/60‑91 (MQ=255) cTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACa < 2:718661/91‑1 (MQ=255) aGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATg < 1:2634618/91‑1 (MQ=255) gCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGc < 1:1011242/91‑1 (MQ=255) gCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGc < 2:2630208/91‑1 (MQ=255) gtttatgaattaacggatgatttagaagttataggtaaatactacttataaaaaAAGGGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCa > 2:248799‑M1/55‑91 (MQ=255) tCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAg < 1:870467/91‑1 (MQ=255) cGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGc < 1:3535545/91‑1 (MQ=255) tatgaattaacggatgatttagaagttatagataaatactacttataaaaaAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGct < 2:1840387‑M1/40‑1 (MQ=255) ttAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGctc > 1:2534829/1‑91 (MQ=255) aaaCTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCttttttt < 1:59442/91‑1 (MQ=255) aaCTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTta > 1:1293941/1‑91 (MQ=255) aCTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTtat > 1:1830248/1‑91 (MQ=255) tctATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATaa < 1:2289102/91‑1 (MQ=255) ctATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAag < 2:2836594/91‑1 (MQ=255) tataCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagt < 1:812985/91‑1 (MQ=255) taCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagtag > 1:2674497/1‑91 (MQ=255) taCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagtag > 1:668141/1‑91 (MQ=255) taCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagtag < 2:3240991/91‑1 (MQ=255) aCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATCCACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagtact > 2:19764/1‑89 (MQ=255) 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atTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTa > 1:1217684/1‑91 (MQ=255) tttAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTaa < 1:2954684/91‑1 (MQ=255) ttAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTCAt > 2:3063032/1‑91 (MQ=255) ttAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAAt < 1:2107483/91‑1 (MQ=255) AAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTc > 2:1315421‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTCTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTc < 1:3135018‑M1/91‑1 (MQ=255) | TATTGTATGTCTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTC > USA300TCH1516_ALE/2537664‑2537844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |