New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2537754 = | 219 (1.080) | 24 (0.140) | 10/138 | NT | 12.3% | intergenic (+108/+46) | USA300TCH1516_02423/gpmA_2 | hypothetical protein/2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase |
? | USA300TCH1516_ALE | 2537797 = | 154 (0.880) | intergenic (+151/+3) | USA300TCH1516_02423/gpmA_2 | hypothetical protein/2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase |
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
ATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAATTTCATAATTAATGATA > USA300TCH1516_ALE/2537707‑2537887 | atatAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCttt > 1:2347949/1‑91 (MQ=255) tataAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCtttt < 1:2141179/91‑1 (MQ=255) ataAACTCTATACTTAACTATCTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCttttt > 1:1504521/1‑91 (MQ=255) taAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCtttttt > 1:2899283/1‑91 (MQ=255) aaaCTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCttttttt < 1:59442/91‑1 (MQ=255) aaCTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTta > 1:319759/1‑91 (MQ=255) aaCTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTta > 1:20758/1‑91 (MQ=255) aCTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTtat > 1:1830248/1‑91 (MQ=255) tctATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATaa < 1:2289102/91‑1 (MQ=255) tctATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATaa < 1:1923555/91‑1 (MQ=255) ctATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTAAAGAGCTGAATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAag > 1:3149333/1‑91 (MQ=255) tataCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagt < 1:2957444/91‑1 (MQ=255) taCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagtag > 1:2674497/1‑91 (MQ=255) taCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagtag < 2:3240991/91‑1 (MQ=255) aCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagtagt > 2:3961369/1‑91 (MQ=255) tAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTAtt < 2:1319947/91‑1 (MQ=255) aaCTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTAttt < 2:1750820/91‑1 (MQ=255) aaCTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTAttt > 1:899760/1‑91 (MQ=255) aCTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTa > 2:2824723/1‑91 (MQ=255) tATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATc < 1:2835562/91‑1 (MQ=255) aTTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCt > 1:480892/1‑91 (MQ=255) ttCCTTACATTACTTCTCATATTTATGAGCTGCATATTCACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCtat < 2:1116764/91‑1 (MQ=255) ttCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCtat < 2:934291/91‑1 (MQ=255) ttCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCtat < 2:2269682/91‑1 (MQ=255) ttCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCGGCATATACACGCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCtat < 2:1608658/91‑1 (MQ=255) tCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCtata > 1:3358527/1‑91 (MQ=255) agataaatactacttataaaaaaagagctgcatgtacacaaggagtgagtgtatatgcagctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATaa > 1:3060322‑M2/66‑91 (MQ=255) ttACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCCTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTCATAAGTAGTATTTATCTATAACt < 1:3131781/91‑1 (MQ=255) aCATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTc < 2:1939598/91‑1 (MQ=255) aCATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTc < 2:2571568/91‑1 (MQ=255) aCATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTc > 2:3321965/1‑91 (MQ=255) aCATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTc < 2:881115/91‑1 (MQ=255) aCAATACTTCACATATTTAACAGCTTCATATACACTCACTACTTGTGTACATACAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCAGTAACTTc > 2:3505929/1‑91 (MQ=255) tACTTCACATATTTACGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTaaa < 1:3566155/91‑1 (MQ=255) aCTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAat < 2:3175939/91‑1 (MQ=255) cTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAatc > 1:864740/1‑91 (MQ=255) ttCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAatca > 1:1423038/1‑91 (MQ=255) tCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGCATTTATCTATAACTTCTAAatcat > 2:3672361/1‑91 (MQ=255) caTATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCg > 1:3636028/1‑91 (MQ=255) atatTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGt > 1:3073236/1‑91 (MQ=255) tatTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGtt > 1:2310411/1‑91 (MQ=255) ttAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTCAt > 2:3063032/1‑91 (MQ=255) tAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAAtt < 2:272764/91‑1 (MQ=255) AAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTc < 2:325908‑M1/91‑1 (MQ=255) AGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCa < 2:651059‑M1/91‑1 (MQ=255) AGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCa < 2:570566‑M1/91‑1 (MQ=255) AGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCa > 2:1718127‑M1/1‑91 (MQ=255) ctgcatgtacacaaggagtgagtgtatatgcagctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATaaa > 1:796607‑M2/39‑91 (MQ=255) CTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATaaa < 2:3547767‑M1/91‑1 (MQ=255) CTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATaaa > 2:848242‑M1/1‑91 (MQ=255) tgcatgtacacaaggagtgagtgtatatgcagctcttTTTTTATAAGCAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCATTAATTCATAAAc > 1:3955047‑M2/38‑91 (MQ=255) tgcatgtacacaaggagtgagtgtatatgcagcccttTTTTTATAAGTAGTATTTACCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAAc > 2:248799‑M2/38‑91 (MQ=255) CATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACaa > 1:1590389‑M1/1‑91 (MQ=255) ATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAg > 2:265373‑M1/1‑91 (MQ=255) tgtacacaaggagtgagtgtatatgcagctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGc > 2:2991117‑M2/34‑91 (MQ=255) tacacaaggagtgagtgtatatgcagctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCgg > 1:154246‑M2/32‑91 (MQ=255) acacTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGt < 2:2347973/91‑1 (MQ=255) cactcactCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTg > 2:1050305/1‑91 (MQ=255) cactcactCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTg > 1:1586384/1‑91 (MQ=255) cacaaggagtgagtgtatatgcagctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTg > 2:2851908‑M2/30‑91 (MQ=255) cacaaggagtgagtgtatatgcagctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTg > 2:3631431‑M2/30‑91 (MQ=255) cacaaggagtgagtgtatatgcagctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTg > 1:1244427‑M2/30‑91 (MQ=255) cacaaggagtgagtgtatatgcagctcttTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTg > 1:1178792‑M2/30‑91 (MQ=255) ctcactcCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCa > 1:976962/1‑91 (MQ=255) cactcCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCAcc < 1:2041068/91‑1 (MQ=255) cactcCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCAcc < 2:2106184/91‑1 (MQ=255) ctcCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTg < 1:3895036/91‑1 (MQ=255) ctcCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTg > 1:2409888/1‑91 (MQ=255) ctcCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTg > 1:697042/1‑91 (MQ=255) ctcCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTg < 1:2545838/91‑1 (MQ=255) tcCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATTTTTATTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGt > 2:2501775/1‑91 (MQ=255) tcCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAACCACGCGGTGCACCTGt > 2:3591055/1‑91 (MQ=255) tcCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGt > 1:3285872/1‑91 (MQ=255) ccTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGtt > 1:1349640/1‑91 (MQ=255) ccTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGtt > 2:1550767/1‑91 (MQ=255) cTTGTGTACGTGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGttt < 1:3789570/91‑1 (MQ=255) ttGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGtttt > 2:2050630/1‑91 (MQ=255) tgtgTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTa < 1:2854383/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |