New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2552502 | 185 (0.910) | 11 (0.060) | 8/140 | NT | 6.0% | coding (740/1734 nt) | USA300HOU_RS13150 | putative ABC transporter ATP‑binding protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2552516 | 183 (1.030) | coding (726/1734 nt) | USA300HOU_RS13150 | putative ABC transporter ATP‑binding protein |
ATAATAAGGGTAGGTAAATCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2552403‑2552502 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatgcaataTATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATGAATCATAG < USA300TCH1516_ALE/2552516‑2552427 ATAATAAGGGTAGGTAAATCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTA > 2:1206875/1‑91 ATAATAAGGGTAGGTAAATCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTA < 2:2951416/91‑1 AATAAGGGTAGGTAAATCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAA > 2:2956181/1‑91 AATAAGGGTAGGTAAATCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAA > 2:2492201/1‑91 ATAAGGGTAGGTAAATCAATACTCTGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAAT > 2:1324152/1‑91 ATAAGGGTAGGTAAATCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAAT < 1:272592/91‑1 ATAAGGGTAGGTAAATCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAAT > 2:1324141/1‑91 TAAGGGTAGGTAAATCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATG < 1:638487/91‑1 TAAGGGTAGGTAAATCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATG < 1:975622/91‑1 TAAGGGTAGGTAAATCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAAGCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATG < 2:246989/91‑1 AAGGGTAGGTAAATCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGC < 2:662946/91‑1 AGGGTAGGTAAATCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCA > 1:1009834/1‑91 AGGGTAGGTAAATCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCA > 1:2659338/1‑91 GGGTAGGTAAATCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAA < 1:3237722/91‑1 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ATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATATATCCCATTCAATTTAT < 2:1373070/91‑1 TGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATATATCCCATTCAATTTATT < 2:187930/91‑1 TGATTCATACATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATATATCCCATTCAATTTATT < 2:401860/91‑1 GATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATATATCCCATTCAATTTATTG < 1:3853533/91‑1 ATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATATATCCCATTCAATTTATTGC < 1:688618/91‑1 TTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCA < 1:2552573/91‑1 TCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCAT < 2:2410229/91‑1 TAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTA < 2:1038752/91‑1 TAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTA < 1:2262489/91‑1 TAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTA < 1:2262474/91‑1 AAATGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATAT > 2:1290129/1‑91 AATGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATG > 2:1796825/1‑91 AATGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATG < 1:1256302/91‑1 AATGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATG > 2:1349146/1‑91 AATGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATG > 2:1349132/1‑91 AATGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATG < 2:499422/91‑1 AATGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATG > 1:1751360/1‑91 AATGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATG > 1:921173/1‑91 AATGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATG > 1:217385/1‑91 AATGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATG < 1:2360877/91‑1 AATGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATG > 1:2532997/1‑91 AATGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATG < 1:336663/91‑1 ATGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATGA > 2:798587/1‑91 ATGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATGA > 1:1393036/1‑91 ATGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATGA > 1:457412/1‑91 TGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATGAA > 1:81474/1‑91 TGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATGAA < 2:2742089/91‑1 TGCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATGAA < 1:963934/91‑1 TGCAATATATCCCATTAAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATGAA < 1:750567/91‑1 GCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATGAAT > 2:3638931/1‑91 GCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATGAAT > 2:56533/1‑91 GCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATGAAT > 2:1052638/1‑91 GCAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATGAAT > 2:1052662/1‑91 CAATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATGAATC < 1:920986/91‑1 AATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATGAATCA < 1:3135359/91‑1 AATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATGAATCA > 1:2208636/1‑91 ATATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATGAATCAT < 1:2099479/91‑1 TATATCCCAATCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAATGATGTTTCAATAATGATTTTATTAGTTGCAGGCTTATTATATATGAATCATA < 1:1692081/91‑1 ATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATGAATCATAG > 1:442392/1‑91 ATATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATGAATCATAG < 2:661665/91‑1 ATAATAAGGGTAGGTAAATCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2552403‑2552502 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatgcaataTATCCCATTCAATTTATTGCATTTACTTAGTTTAAAAGTTGTTTCAATAATGATTGTATTAGTTGCATGCTTATTATATATGAATCATAG < USA300TCH1516_ALE/2552516‑2552427 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |