| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2552502 | 185 (0.910) | 11 (0.060) | 8/140 | NT | 6.0% | coding (740/1734 nt) | USA300HOU_RS13150 | putative ABC transporter ATP‑binding protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2552516 | 183 (1.030) | coding (726/1734 nt) | USA300HOU_RS13150 | putative ABC transporter ATP‑binding protein | |||||
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
GTAGGTAAATCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTT > USA300TCH1516_ALE/2552412‑2552592 | gtaggtaAATCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATA > 1:816561‑M1/1‑91 (MQ=255) taggtaAATCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCCACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATaa > 2:3666064/1‑91 (MQ=255) aggtaAATCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATaaa < 2:95395/91‑1 (MQ=255) aggtaAATCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATaaa < 2:3941959/91‑1 (MQ=255) aggtaAATCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATaaa > 1:186821/1‑91 (MQ=255) aggtaAATCAATACTATGACTCATATATAATAAGCAGGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATaaa < 2:3116869/91‑1 (MQ=255) gtaAATCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAAtt > 1:1965163/1‑91 (MQ=255) aaaTCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGa > 1:67223/1‑91 (MQ=255) aaaTCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGa > 1:2271437/1‑91 (MQ=255) aTCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAAt < 2:470145/91‑1 (MQ=255) aTCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAAt < 2:685163/91‑1 (MQ=255) tCAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATg > 1:2253350/1‑91 (MQ=255) cAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATgg < 1:1184226/91‑1 (MQ=255) cAATACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATgg < 2:2604607/91‑1 (MQ=255) aTACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAtatcccattcaa < 2:1486532‑M1/91‑13 (MQ=255) aTACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGa < 2:1548258/91‑1 (MQ=255) aTACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATAGAATGGGa < 2:1949747/91‑1 (MQ=255) tACTATGATTCATATATANTAAGNATGNAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGat > 1:3137224/1‑91 (MQ=255) tACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGat < 1:2481090/91‑1 (MQ=255) cTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAt > 1:442392‑M2/1‑90 (MQ=255) tGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAtatcccattcaatttatt < 2:187930‑M1/91‑19 (MQ=255) gATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAtatcccattcaatttattg < 1:3853533‑M1/91‑20 (MQ=255) gATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattg < 1:920986‑M2/91‑6 (MQ=255) aTTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattgc > 2:56533‑M2/1‑85 (MQ=255) ttCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattgca < 2:2742089‑M2/91‑8 (MQ=255) tCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattgcat > 1:457412‑M2/1‑83 (MQ=255) tCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattgcat > 1:1393036‑M2/1‑83 (MQ=255) tCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattgcat > 2:798587‑M2/1‑83 (MQ=255) cATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattgcatt > 1:2532997‑M2/1‑82 (MQ=255) cATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattgcatt < 2:499422‑M2/91‑10 (MQ=255) cATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattgcatt > 1:217385‑M2/1‑82 (MQ=255) cATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattgcatt < 1:1256302‑M2/91‑10 (MQ=255) cATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattgcatt < 1:336663‑M2/91‑10 (MQ=255) atatatAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattgcattt > 2:1290129‑M2/1‑81 (MQ=255) tatataATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTc < 2:3098457/91‑1 (MQ=255) tatataATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTc < 1:2758178/91‑1 (MQ=255) taataaGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAtatcccattcaatttattgcatttactta < 2:1038752‑M1/91‑30 (MQ=255) taaGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTAttttt < 1:2600553/91‑1 (MQ=255) aaGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTg > 2:1714830/1‑91 (MQ=255) gCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTa > 2:2128204/1‑91 (MQ=255) gCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTta > 1:2125958/1‑91 (MQ=255) aaCTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTtata < 1:3284416/91‑1 (MQ=255) aCTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATAc > 1:3893692/1‑91 (MQ=255) aCTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATAc < 2:2145220/91‑1 (MQ=255) cTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACg < 2:2489843/91‑1 (MQ=255) aTACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATGAATTGAATAGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGttt < 1:3151429/91‑1 (MQ=255) aTACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGttt < 2:2208845/91‑1 (MQ=255) aTACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGttt < 2:1654824/91‑1 (MQ=255) aTACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGttt < 1:1282759/91‑1 (MQ=255) aTACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGttt < 2:34954/91‑1 (MQ=255) aCAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTAc < 1:1548795/91‑1 (MQ=255) aaTCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAACTGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTCTACGTTTACtt > 2:237244/1‑91 (MQ=255) aaTCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACtt > 1:2835474/1‑91 (MQ=255) cATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCa < 1:1790934/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |