New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2552502 | 185 (0.910) | 11 (0.060) | 8/140 | NT | 6.0% | coding (740/1734 nt) | USA300HOU_RS13150 | putative ABC transporter ATP‑binding protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2552516 | 183 (1.030) | coding (726/1734 nt) | USA300HOU_RS13150 | putative ABC transporter ATP‑binding protein |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
ACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGAT > USA300TCH1516_ALE/2552426‑2552606 | tATGATTCATATATAATAAGCCTGCAACTAATAAAATCATTATTGAAACATCATTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGATTGGGATAta < 1:1692081‑M2/91‑3 (MQ=255) tGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtatt > 1:2208636‑M2/1‑87 (MQ=255) aTTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattgc > 2:1052638‑M2/1‑85 (MQ=255) ttCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTTAATGGGATAtattgca < 1:750567‑M2/91‑8 (MQ=255) ttCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattgca < 2:2742089‑M2/91‑8 (MQ=255) ttCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattgca < 1:963934‑M2/91‑8 (MQ=255) tCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattgcat > 2:798587‑M2/1‑83 (MQ=255) tCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattgcat > 1:457412‑M2/1‑83 (MQ=255) tCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattgcat > 1:1393036‑M2/1‑83 (MQ=255) cATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattgcatt > 2:1349132‑M2/1‑82 (MQ=255) cATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattgcatt > 1:1751360‑M2/1‑82 (MQ=255) cATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattgcatt < 1:336663‑M2/91‑10 (MQ=255) cATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattgcatt > 1:2532997‑M2/1‑82 (MQ=255) tatataATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTc < 1:1627942/91‑1 (MQ=255) tatataATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTc < 2:3098457/91‑1 (MQ=255) tatataATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTc < 1:2758178/91‑1 (MQ=255) ataataAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTAt < 2:413824/91‑1 (MQ=255) aaGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTg > 1:912834/1‑91 (MQ=255) aaGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTg > 2:1714830/1‑91 (MQ=255) aGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGt > 2:869608/1‑91 (MQ=255) gCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTa > 2:1514847/1‑91 (MQ=255) gCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTa > 2:2128204/1‑91 (MQ=255) cATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTAt < 1:1799116/91‑1 (MQ=255) aTGCAACTAATACAAGCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTAtt < 2:2022714/91‑1 (MQ=255) tGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTAttt < 2:1185856/91‑1 (MQ=255) gCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTta > 2:1741494/1‑91 (MQ=255) gCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTta > 2:3207075/1‑91 (MQ=255) aaCTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTtata < 1:3284416/91‑1 (MQ=255) aaCTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTtata < 1:2954576/91‑1 (MQ=255) aCTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATAc < 2:2145220/91‑1 (MQ=255) aCTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATAc > 1:3893692/1‑91 (MQ=255) tAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGt < 2:2487869/91‑1 (MQ=255) tAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGt > 1:2970172/1‑91 (MQ=255) aTACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTATGTAAATGCAATAAATTGAATGGGTTATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGttt < 1:2874614/91‑1 (MQ=255) aTACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATGAATTGAATAGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGttt < 1:3151429/91‑1 (MQ=255) aTACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGttt < 2:34954/91‑1 (MQ=255) aTACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGttt < 2:2208845/91‑1 (MQ=255) aCAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTAc < 1:1548795/91‑1 (MQ=255) aaTCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAACTGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTCTACGTTTACtt > 2:237244/1‑91 (MQ=255) aaTCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAATTTGAATGGGATATATTGCCTTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACtt > 2:105657/1‑91 (MQ=255) tCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTc > 1:1084476/1‑91 (MQ=255) cATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCa > 1:3485244/1‑91 (MQ=255) attattGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCAt < 2:14699/91‑1 (MQ=255) tattGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTTATTg < 1:3125878/91‑1 (MQ=255) attGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGa > 1:3826440/1‑91 (MQ=255) ttGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTTTTTTTTTTTGTTTACTTTCATTGAc > 2:3593047/1‑91 (MQ=255) ttGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGAc < 1:2095031/91‑1 (MQ=255) tGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACt > 1:1455535/1‑91 (MQ=255) gAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTg < 1:92746/91‑1 (MQ=255) gAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTg > 1:2350152/1‑91 (MQ=255) aaaaCAACTTTTAAACTAAGTAAATTCAATAAATTAAATCTGATATATTTCATTTCTATTTTTTTATTTATACGTTTACTTTCATTAACTg < 2:367160/90‑1 (MQ=255) aaaCAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGc > 1:1450913/1‑91 (MQ=255) aaaCAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACATTTACTTTCATTGACTGc < 2:3229117/91‑1 (MQ=255) aacaacTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCt < 2:2832493/91‑1 (MQ=255) aacTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTgg < 1:1724078/91‑1 (MQ=255) aacTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTgg < 2:1095427/91‑1 (MQ=255) ccTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTGTCCTTGACTGCTTCGt < 2:498318/90‑1 (MQ=255) acTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGt > 2:1975468/1‑91 (MQ=255) acTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGt > 1:2164014/1‑91 (MQ=255) acTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGt < 1:3599037/91‑1 (MQ=255) cTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGtt > 2:2942060/1‑91 (MQ=255) ttttAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTa < 2:2928077/91‑1 (MQ=255) tttAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTaa > 2:816660/1‑91 (MQ=255) ttAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTaaa > 1:1927758/1‑91 (MQ=255) ttAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTaaa > 1:1249329/1‑91 (MQ=255) aaaCTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAAc > 2:3683495/1‑91 (MQ=255) aCTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACtt < 2:3344903/91‑1 (MQ=255) aCTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACtt < 2:1633965/91‑1 (MQ=255) cTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACttt < 2:756077/91‑1 (MQ=255) cTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACttt < 2:756328/91‑1 (MQ=255) cTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACttt > 1:1034589/1‑91 (MQ=255) tAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATAtattgcatttacttagtttaaaagttgtttcaataatgattgtattagttgcatgcttatta < 1:2262474‑M2/91‑63 (MQ=255) tAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACtttt < 1:1916566/91‑1 (MQ=255) aGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTaa > 1:2582515/1‑91 (MQ=255) gTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAg < 1:1298415/91‑1 (MQ=255) gTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAg > 1:129064/1‑91 (MQ=255) aaTGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACt > 1:1370101/1‑91 (MQ=255) aaTGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACt > 1:2832264/1‑91 (MQ=255) aaTGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACt > 1:586315/1‑91 (MQ=255) tGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGATTGGTTAAAACTTTTAAGACTCg < 1:3789828/91‑1 (MQ=255) cAATAAATTGAATGGGATAtattgcatttacttagtttaaaagttgtttcaataatgattgtattagttgcatgcttattatatatgaatc < 1:3853533‑M2/91‑73 (MQ=255) cAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTa < 2:3840506/91‑1 (MQ=255) aaTAAATTGAATGGGATAtattgcatttacttagtttaaaagttgtttcaataatgattgtattagttgcatgcttattatatatgaatca < 2:187930‑M2/91‑74 (MQ=255) aTAAATTGAATGGGATAtattgcatttacttagtttaaaagttgtttcaataatgattgtattagttgcatgcttattatatatgaatcat < 2:1373070‑M2/91‑75 (MQ=255) aTAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTAtt < 1:1272939/91‑1 (MQ=255) aaaTTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATATGTTTACTTTCATTGACTGCTTTGTTAAAACTTTTAAGACTCGTAtttt > 2:2576440/1‑91 (MQ=255) aaaTTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTAtttt < 1:2666455/91‑1 (MQ=255) aaTTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATtttc < 1:2137720/91‑1 (MQ=255) aTTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTCACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATtttct > 2:3120053/1‑91 (MQ=255) gAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATtttctttc > 2:3889527/1‑91 (MQ=255) gAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATtttctttc > 1:3374769/1‑91 (MQ=255) aaTGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTcg < 1:2365007/91‑1 (MQ=255) aTGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTcgc < 2:608250/91‑1 (MQ=255) tGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTcgcg < 2:589775/91‑1 (MQ=255) tGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTcgcg > 1:187334/1‑91 (MQ=255) gggATATATTGCTGTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAGCTTTTAAGTCTCGTATTTTGTTTCGCGa < 2:455856/91‑1 (MQ=255) ggATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGaa < 2:2877988/91‑1 (MQ=255) ggATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGaa > 2:2675815/1‑91 (MQ=255) atatacTGCATTTCTATTTTTGTATGTATACGTTTACTTCCATTGACTGCTTGCTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATg < 1:3671814/91‑1 (MQ=255) atatTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGAt > 1:377644/1‑91 (MQ=255) | ACTATGATTCATATATAATAAGCATGCAACTAATACAATCATTATTGAAACAACTTTTAAACTAAGTAAATGCAATAAATTGAATGGGATATATTGCATTTCTATTTTTGTATTTATACGTTTACTTTCATTGACTGCTTGGTTAAAACTTTTAAGACTCGTATTTTCTTTCGCGAATGAT > USA300TCH1516_ALE/2552426‑2552606 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |