| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2569653 = | 207 (1.020) | 9 (0.050) | 6/142 | NT | 5.3% | intergenic (+5/+87) | pbpX_2/USA300HOU_RS13235 | Putative penicillin‑binding protein PbpX/UDP‑glucose 4‑epimerase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2569712 = | 137 (0.760) | intergenic (+64/+28) | pbpX_2/USA300HOU_RS13235 | Putative penicillin‑binding protein PbpX/UDP‑glucose 4‑epimerase | |||||
CAATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAGTCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2569750‑2569653‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caagtctttATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTCCAAGTTTGATAAATCAGAGTACCACCTTGCGCTT > USA300TCH1516_ALE/2569712‑2569801 CAATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACA > 2:2470068/1‑91CAATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACA < 1:3720349/91‑1CAATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACA > 1:1919119/1‑91CAATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACA > 1:1919246/1‑91CAATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACA > 1:2209719/1‑91CAATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACA < 2:2125786/91‑1 AATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAA > 1:1233716/1‑91 ATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATCTTATCAAACGCACGGCTCGAACAAc > 2:2829555/1‑90 ATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAG > 2:1608778/1‑91 ATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAG < 1:2545691/91‑1 ATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAG > 2:124008/1‑91 ATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAG > 1:2249944/1‑91 ATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAG > 1:780486/1‑91 TAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAGTC < 2:1551349/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |