| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2569653 = | 207 (1.020) | 9 (0.050) | 6/142 | NT | 5.3% | intergenic (+5/+87) | pbpX_2/USA300HOU_RS13235 | Putative penicillin‑binding protein PbpX/UDP‑glucose 4‑epimerase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2569712 = | 137 (0.760) | intergenic (+64/+28) | pbpX_2/USA300HOU_RS13235 | Putative penicillin‑binding protein PbpX/UDP‑glucose 4‑epimerase | |||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
TAGCACTAATCACAACATTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTA > USA300TCH1516_ALE/2569563‑2569742 | taGCACTAATCACAACATTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATaaaa > 1:1806888/1‑91 (MQ=255)taGCACTAATCACAACATTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATaaaa > 1:711117/1‑91 (MQ=255)aagcgcaaggtggtactctgatttatcaaacttggaaagatggcatgaatccaattaaataataatttatccgtttaatatacaaagaata > 2:3141932‑M1/91‑91 (MQ=255) agcgcaaggtggtactctgatttatcaaacttggaaagatggcatgaatccaattaaataataatttatccgtttaatatacaaagaataa > 2:2922894‑M1/90‑91 (MQ=255) agcgcaaggtggtactctgatttatcaaacttggaaagatggcatgaatccaattaaataataatttatccgtttaatatacaaagaataa < 2:1208798‑M1/2‑1 (MQ=255) aGCACTAATCACAACATTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATaaaaa > 1:1421301/1‑91 (MQ=255) aGCACTAATCACAACATTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATaaaaa < 1:3435402/91‑1 (MQ=255) gCACTAATCACAACATTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATaaaaaa < 2:2204352/91‑1 (MQ=255) aCTAATCACAACATTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGa > 1:1004613/1‑91 (MQ=255) caaggtggtactctgatttatcaaacttggaaagatggcatgaatccaattaaataataatttatccgtttaatatacaaagaatAAAGAc > 2:2442544‑M1/86‑91 (MQ=255) caaggtggtactctgatttatcaaacttggaaagatggcatgaatccaattaaataataatttatccgtttaatatacaaagaatAAAGAc > 1:237975‑M1/86‑91 (MQ=255) tAATCACAACATTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGaat > 2:93292/1‑89 (MQ=255) aaggtggtactctgatttatcatacttggaaagatggcatgaatccaatgaaataataagttatccgtttaatatacaaagaatAAAGACt > 2:3006233‑M1/85‑91 (MQ=255) aaggtggtactctgatttatcaaacttggaaagatggcatgaatccaattaaataataatttatccgtttaatatacaaagaatAAAGACt < 2:1158978‑M1/7‑1 (MQ=255) aaggtggtactctgatttatcaaacttggaaagatggcatgaatccaattaaataataatttatccgtttaatatacaaagaatAAAGACt < 2:2615481‑M1/7‑1 (MQ=255) aaggtggtactctgatttatcaaacttggaaagatggcatgaatccaattaaataataatttatccgtttaatatacaaagaatAAAGACt < 2:2078392‑M1/7‑1 (MQ=255) aggtggtactctgatttatcaaacttggaaagatggcatgaatccaattaaataataatttatccgtttaatatacaaagaatAAAGACtt < 1:375513‑M1/8‑1 (MQ=255) aaTCACAACATTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACtt > 2:3811886/1‑91 (MQ=255) aaTCACAACATTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACtt < 2:2547804/91‑1 (MQ=255) aaTCACAACATTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACtt > 2:1960267/1‑91 (MQ=255) aaTCACAACATTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACtt < 1:3268184/91‑1 (MQ=255) ggtggtactctgatttatcaaacttggaaagatggcatgaatccaattaaataataatttatccgtttaatatacaaagaatAAAGACTTg < 1:1217066‑M1/9‑1 (MQ=255) ggtggtactctgatttatcaaacttggaaagatggcatgaatccaattaaataataatttatccgtttaatatacaaagaatAAAGACTTg < 1:1709925‑M1/9‑1 (MQ=255) cacaACATTTATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGtt < 2:2290290/91‑1 (MQ=255) cacaACATTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGtt < 2:1859419/91‑1 (MQ=255) cacaACATTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGtt > 2:3429732/1‑91 (MQ=255) caaaacaTTAAAAGAAATATTCAGTACATTCATTGTAACTCTGATATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGAAAAAAAAAAAAAGACTTGtt < 2:1120983/88‑1 (MQ=255) acaacaTTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTc < 1:150326/91‑1 (MQ=255) acaacaTTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTc > 2:3115839/1‑91 (MQ=255) acaacaTTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTc > 2:831396/1‑91 (MQ=255) caacaTTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCg < 2:2000201/91‑1 (MQ=255) aacaTTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGa > 1:333168/1‑91 (MQ=255) aacaTTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGa > 1:2415254/1‑91 (MQ=255) aacaTTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGa < 1:1770846/91‑1 (MQ=255) acaTTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAg < 2:1606272/91‑1 (MQ=255) caTTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGc < 1:2723372/91‑1 (MQ=255) ttAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCg > 2:3235732/1‑91 (MQ=255) aTTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCAGACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGc < 2:1923797/91‑1 (MQ=255) 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tACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGCTTGATAatatat < 1:3047825/91‑1 (MQ=255) aCATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATatc < 1:934150/91‑1 (MQ=255) aTTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATatcat > 2:3308727/1‑91 (MQ=255) aaTTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCa > 2:547698/1‑91 (MQ=255) aTTGTAATTCTGTTATTCCTTCTTACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCAc > 2:1233494/1‑91 (MQ=255) ttGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACg > 2:1036028/1‑91 (MQ=255) tGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGa < 1:350307/91‑1 (MQ=255) tGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGAAAAAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGa < 2:224794/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |