| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2569653 = | 207 (1.020) | 9 (0.050) | 6/142 | NT | 5.3% | intergenic (+5/+87) | pbpX_2/USA300HOU_RS13235 | Putative penicillin‑binding protein PbpX/UDP‑glucose 4‑epimerase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2569712 = | 137 (0.760) | intergenic (+64/+28) | pbpX_2/USA300HOU_RS13235 | Putative penicillin‑binding protein PbpX/UDP‑glucose 4‑epimerase | |||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
CTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTCCAAGTTTGATAAATCAGAGTACCACCTTGCGCTTT > USA300TCH1516_ALE/2569622‑2569802 | cTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTa < 2:186551/91‑1 (MQ=255) ttCATACCAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTAt > 2:3153667/1‑91 (MQ=255) ttCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTAt < 2:3089071/91‑1 (MQ=255) ttCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTAt > 1:92259/1‑91 (MQ=255) tCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTAtt > 2:3803674/1‑91 (MQ=255) tCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTAtt > 1:866903/1‑91 (MQ=255) cATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATTATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTc < 2:3940269/91‑1 (MQ=255) cAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTg < 1:3397158/91‑1 (MQ=255) cAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCAGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTg > 2:3298467/1‑91 (MQ=255) aaaGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGt < 2:3767179/91‑1 (MQ=255) aaaGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGt < 2:3189477/91‑1 (MQ=255) aGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGtat > 1:3566743/1‑91 (MQ=255) aTAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTatat < 2:2354420/91‑1 (MQ=255) aTAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTatat < 2:1577202/91‑1 (MQ=255) tAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATAtt > 2:952848/1‑91 (MQ=255) tAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATAtt < 1:2153915/91‑1 (MQ=255) aaCGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTa > 1:2975205/1‑91 (MQ=255) aCGAAGACATAATAAAAAATACTTGTTCGAGCCGTGCTTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTaa < 2:1475373/91‑1 (MQ=255) aCGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTaa < 2:2368024/91‑1 (MQ=255) cGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTatataata < 1:270128/91‑5 (MQ=255) cGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTaaa < 1:2476503/91‑1 (MQ=255) cGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTaaa > 2:663178/1‑91 (MQ=255) 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TTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAAtt > 1:1233716‑M1/1‑91 (MQ=255) tggtcgaatcgtggatgatatattatcaaacgcacggctcgaacaagtctttATTCTTTGTATATGAAACGGATAAATTATTATTTAATTg > 1:3667746‑M2/53‑91 (MQ=255) TGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTg > 1:1919246‑M1/1‑91 (MQ=255) TGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTg < 1:3720349‑M1/91‑1 (MQ=255) TGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTg > 2:2470068‑M1/1‑91 (MQ=255) tCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGAt > 2:3512454/1‑91 (MQ=255) gaatcgtggatgatatattatcaaacgcacggctcgaacaagtctttATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTc > 2:2220725‑M2/48‑91 (MQ=255) gCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCAt < 2:3367370/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |