| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2588434 = | 177 (0.870) | 8 (0.040) | 7/142 | NT | 5.2% | intergenic (+17/+151) | yehR/gltB_2 | putative lipoprotein YehR/Glutamate synthase [NADPH] large chain |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2588483 = | 137 (0.760) | intergenic (+66/+102) | yehR/gltB_2 | putative lipoprotein YehR/Glutamate synthase [NADPH] large chain | |||||
ATTTTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2588532‑2588434‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tctgagggcTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTCCC > USA300TCH1516_ALE/2588483‑2588572 ATTTTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTAT > 1:1654917/1‑91ATTTTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTAT > 2:516289/1‑91 TTTTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATC > 1:2428507/1‑91 TTTTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATC < 2:290822/91‑1 TTTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCT < 2:395808/91‑1 TTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTGTCTG < 1:3124703/91‑1 TTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTG > 2:834365/1‑91 TTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTG > 2:3138245/1‑91 TTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTG > 2:1853959/1‑91 TTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTG > 2:1671717/1‑91 TATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGA < 2:906010/91‑1 ATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAG < 1:824579/91‑1 TATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGG > 2:2174127/1‑91 ATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAATGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGG < 1:2514043/91‑1 TTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGC < 1:986278/91‑1 TTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGC < 1:986305/91‑1 TTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAAGATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGC < 2:1210022/91‑1 CCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAAT > 2:565966/1‑91 AGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCAGAGGGATTTAATATATGAAGTTCTTATATGACCAGCATACACAACTTACATAAA > 2:458530/1‑91 GAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAA > 2:402632/1‑91 GAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCGTATCTGAGGGCTTTAATCTTTGAAGTTCTTGTGCGACCAGCATCGACTACTACTATcaca > 2:2611177/1‑87 ATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATT > 1:3860738/1‑91 TATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTA > 1:3215609/1‑91 ATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTAT > 2:1619937/1‑91 TAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAG > 2:122190/1‑91 TCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTC < 2:1877768/91‑1 TCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTC < 2:292305/91‑1 CTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAACATCCGCTGATTTCA > 2:3198583/1‑91 CTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCA > 2:1803030/1‑91 CTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCA > 2:3041695/1‑91 TGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAA > 2:3579133/1‑91 TGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAA < 1:2666832/91‑1 GAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAAT > 1:3202512/1‑91 GAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAAT < 1:3935267/91‑1 AGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATT < 1:1060584/91‑1 AGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATT < 1:1663619/91‑1 AGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATT < 2:1442722/91‑1 AGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATT < 1:43851/91‑1 GGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTC > 2:1881905/1‑91 GGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTC < 2:1787208/91‑1 GGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTC < 1:961174/91‑1 GGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTC < 1:960993/91‑1 GGCTTTAATATTTGAAGTGCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTC < 2:1787207/91‑1 CTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTCCC < 2:2017520/91‑1 CTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTCCC < 1:2335551/91‑1 CTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTCCC < 1:2335475/91‑1 CTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTCCC < 1:1191557/91‑1 CTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTCCC < 2:872705/91‑1 CTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTCCC < 2:873185/91‑1 ATTTTATATTAGTAGTGGATGCTGGTCACACAAGAACTTCAAATATTAAAGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2588532‑2588434‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tctgagggcTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTCCC > USA300TCH1516_ALE/2588483‑2588572 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |