New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2588434 = | 177 (0.870) | 8 (0.040) | 7/142 | NT | 5.2% | intergenic (+17/+151) | yehR/gltB_2 | putative lipoprotein YehR/Glutamate synthase [NADPH] large chain |
? | USA300TCH1516_ALE | 2588483 = | 137 (0.760) | intergenic (+66/+102) | yehR/gltB_2 | putative lipoprotein YehR/Glutamate synthase [NADPH] large chain |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
AAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTCCC > USA300TCH1516_ALE/2588393‑2588572 | caaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTATAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCt < 2:3910028/90‑1 (MQ=255) aaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCt > 1:1605993/1‑91 (MQ=255) aaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCt < 1:2593714/91‑1 (MQ=255) aaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCt < 1:2005363/91‑1 (MQ=255) aaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCt < 2:2564436/91‑1 (MQ=255) aaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCtt < 2:3239966/91‑1 (MQ=255) aaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCtt > 1:2550037/1‑91 (MQ=255) agaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTa < 1:521047/91‑1 (MQ=255) gaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTaa < 2:863929/91‑1 (MQ=255) tAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACGAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAata < 2:1431009/91‑1 (MQ=255) gaaaaTGGACGACAAATCCTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAata < 2:1073984/90‑1 (MQ=255) aaaaTGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAatat < 1:263195/91‑1 (MQ=255) aaaaTGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAatat > 1:980941/1‑91 (MQ=255) aaaTGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCCGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATAtt > 2:3190191/1‑91 (MQ=255) aaaTGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATAtt > 1:1471475/1‑91 (MQ=255) aaTGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATAttt < 1:2801045/91‑1 (MQ=255) acgacAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGt > 1:3380289/1‑91 (MQ=255) cgacAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGtt > 2:3171277/1‑91 (MQ=255) gacAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTc > 1:2732958/1‑91 (MQ=255) acAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCt < 1:1890962/91‑1 (MQ=255) cAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCtt < 1:2991086/91‑1 (MQ=255) cAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCtt > 2:2211190/1‑91 (MQ=255) cAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCtt > 1:2825823/1‑91 (MQ=255) cAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCtt < 2:1737322/91‑1 (MQ=255) cAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGGTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCtt > 2:3094428/1‑91 (MQ=255) aaaTAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTtg < 1:1008759/91‑1 (MQ=255) aaaTAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTtg < 1:1085385/91‑1 (MQ=255) aaaTAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGCTCTtg > 2:2939964/1‑91 (MQ=255) aaTAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTtgt < 2:1357034/91‑1 (MQ=255) aTAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACGAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTtgtg < 1:3284858/91‑1 (MQ=255) aGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTTATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTtgtgtg < 1:3426460/91‑1 (MQ=255) aGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTtgtgtg < 1:2098266/91‑1 (MQ=255) gTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATACTTGAAGTTCTTGTGTGa > 2:1451932/1‑91 (MQ=255) tttATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGAc > 2:931916/1‑91 (MQ=255) tttATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGAc > 1:3232960/1‑91 (MQ=255) ttATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGAcc < 1:729977/91‑1 (MQ=255) ttATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGAcc < 1:308098/91‑1 (MQ=255) taACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGc < 2:53624/91‑1 (MQ=255) aaCTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCa > 2:1198424/1‑91 (MQ=255) aaCTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACCAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGTGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCa > 1:3514943/1‑91 (MQ=255) aCTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCAt < 1:2201284/91‑1 (MQ=255) cTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATc < 2:3489278/91‑1 (MQ=255) tAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCa > 2:3353467/1‑91 (MQ=255) aTGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCactact < 2:2237684/91‑1 (MQ=255) GCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATCTTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTaa < 2:1210022‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTaa < 1:986305‑M1/91‑1 (MQ=255) CCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAata > 2:2174127‑M1/1‑91 (MQ=255) CAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATaa > 2:1853959‑M1/1‑91 (MQ=255) CAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATaa > 2:834365‑M1/1‑91 (MQ=255) CAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATaa > 2:1671717‑M1/1‑91 (MQ=255) agaatatgaattaaggtttgtaaccttagtcttatcagagggaTTTAATATATGAAGTTCTTATATGACCAGCATACACAACTTACATaaa > 2:458530‑M2/44‑91 (MQ=255) AGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATaaa < 2:395808‑M1/91‑1 (MQ=255) gaatatgaattaaggtttgtaaccttagtcgtatctgagggcTTTAATCTTTGAAGTTCTTGTGCGACCAGCATCGACTactactatcaca > 2:2611177‑M2/43‑87 (MQ=255) GATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATaaaa < 2:290822‑M1/91‑1 (MQ=255) GATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATaaaa > 1:2428507‑M1/1‑91 (MQ=255) atatgaattaaggtttgtaaccttagtcttatctgagggcTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAatt > 1:3860738‑M2/41‑91 (MQ=255) aaGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAatta > 2:573914/1‑91 (MQ=255) atgaattaaggtttgtaaccttagtcttatctgagggcTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAattat > 2:1619937‑M2/39‑91 (MQ=255) aGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAattct > 2:2850497/1‑89 (MQ=255) aGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAattat > 1:1360021/1‑91 (MQ=255) gcTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTAttt > 2:1259104/2‑91 (MQ=255) aCTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTAttt > 2:2055843/1‑91 (MQ=255) cTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTg < 1:858888/91‑1 (MQ=255) aaGGTTACAAACCTTGATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGAACAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCa > 1:3369706/1‑91 (MQ=255) aaGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCa > 1:1782955/1‑91 (MQ=255) aGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAg < 1:2406405/91‑1 (MQ=255) aGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAg > 1:227587/1‑91 (MQ=255) gTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTa > 2:1066880/1‑91 (MQ=255) gTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTa < 2:2783408/91‑1 (MQ=255) tgtaaCCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACg > 1:3463354/4‑91 (MQ=255) tgtaaCCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACg > 2:302124/4‑91 (MQ=255) aCAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACg < 1:3778665/91‑1 (MQ=255) cAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGc < 1:1219802/91‑1 (MQ=255) cAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGc < 2:3229391/91‑1 (MQ=255) aaaCCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCt < 2:731164/91‑1 (MQ=255) aaaCCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCt > 2:3025954/1‑91 (MQ=255) aaaCCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCt > 2:3027244/1‑91 (MQ=255) aaaCCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCt < 1:2479200/91‑1 (MQ=255) 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tatTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCgctgct < 2:759032/91‑1 (MQ=255) ttCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCttt < 2:1416410/91‑1 (MQ=255) ttCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCttt < 2:2439948/91‑1 (MQ=255) ctgagggcTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCa > 2:1803030‑M2/9‑91 (MQ=255) tgagggcTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCaa > 2:3579133‑M2/8‑91 (MQ=255) gagggcTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAAt < 1:3935267‑M2/85‑1 (MQ=255) agggcTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAAtt < 1:43851‑M2/86‑1 (MQ=255) ggcTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTTCAATTTc > 2:1881905‑M2/4‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |