| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2588434 = | 177 (0.870) | 8 (0.040) | 7/142 | NT | 5.2% | intergenic (+17/+151) | yehR/gltB_2 | putative lipoprotein YehR/Glutamate synthase [NADPH] large chain |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2588483 = | 137 (0.760) | intergenic (+66/+102) | yehR/gltB_2 | putative lipoprotein YehR/Glutamate synthase [NADPH] large chain | |||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
TTAGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAA > USA300TCH1516_ALE/2588344‑2588524 | ttAGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATG > 2:305801‑M1/1‑91 (MQ=255)ttAGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATG < 1:3563684‑M1/91‑1 (MQ=255)ttAGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATG > 2:525342‑M1/1‑91 (MQ=255)gggaaattgaaagcagcggattttagcgttactgcaaataattttatattagtagtggatgctggtcacacaagaacttcaaatattaaag < 2:2017520‑M1/1‑1 (MQ=255) aGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCC < 2:1255183‑M1/91‑1 (MQ=255) gTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCC < 1:1307939‑M1/91‑1 (MQ=255) ttttGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCT < 1:2846421‑M1/91‑1 (MQ=255) ttttGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCT < 1:1550357‑M1/91‑1 (MQ=255) ttatgaaAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAATTTAAAACAAAAAAATGCCCT < 2:3915303‑M1/88‑1 (MQ=255) aattgaaagcagcggattttagcgttactgcaaataattttatattagtagtggatgctggtcacacaagaacttcaaatattaaaGCCCt < 1:43851‑M1/5‑1 (MQ=255) tttGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTC > 2:897144‑M1/1‑91 (MQ=255) attgaaagcagcggattttagcgttactgcaaataattttatattagtagtggatgctggtcacacaagaacttcaaatattaaaGCCCTc > 1:3202512‑M1/86‑91 (MQ=255) tgaaagcagcggattttagcgttactgcaaataattttatattagtagtggatgctggtcacacaagaacttcaaatattaaaGCCCTCAg > 2:1803030‑M1/84‑91 (MQ=255) gaaagcagcggattttagcgttactgcaaataattttatattagtagtggatgctggtcacacaagaacttcaaatattaaaGCCCTCAGa < 2:1877768‑M1/9‑1 (MQ=255) 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cAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTAc > 1:2440068/1‑91 (MQ=255) aaaGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAAcc < 1:3502658/91‑1 (MQ=255) aaGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCt < 1:1775226/91‑1 (MQ=255) aaGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCt < 1:2229893/91‑1 (MQ=255) aaGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCt > 1:2195482/1‑91 (MQ=255) gCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTa < 1:2329420/91‑1 (MQ=255) acaGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAAt < 2:1688040/91‑1 (MQ=255) caGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAAtt < 1:870638/91‑1 (MQ=255) gagGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCa < 1:3859214/91‑1 (MQ=255) ataattttatattagtagtggatgctggtcacacaagaacttcaaatattaaaGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCat > 2:1619937‑M1/54‑91 (MQ=255) agGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCGCCCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCac > 2:3675158/1‑90 (MQ=255) agGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAatatgaattaaggtttgtaaccttagtct < 2:3796033‑M1/91‑30 (MQ=255) ggTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCata < 2:2321781/91‑1 (MQ=255) ggTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCata > 1:639762/1‑91 (MQ=255) ggTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCata < 2:2838523/91‑1 (MQ=255) gTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCatat > 2:3754954/1‑91 (MQ=255) tttAAAAGAAAGAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATt > 1:3579112‑M2/1‑90 (MQ=255) ttAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtc < 1:327872‑M2/91‑3 (MQ=255) aaaaagaaaaagatAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAatatgaattaaggtttgtaaccttagtcttatct < 2:1726520‑M1/90‑35 (MQ=255) aagaaaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtctgag > 1:2354175‑M2/1‑85 (MQ=255) aagaaaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtctgag < 2:3230385‑M2/91‑7 (MQ=255) aagaaaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtctgag < 2:2624306‑M2/91‑7 (MQ=255) agaaaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAatatgaattaaggtttgtaaccttagtcttatctgagg < 1:3293507‑M1/91‑39 (MQ=255) gaaaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAatatgaattaaggtttgtaaccttagtcttatctgaggg < 1:1363449‑M1/91‑40 (MQ=255) attagtagtggatgctggtcacacaagaacttcaaatattaaaGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAggg > 2:565966‑M1/44‑91 (MQ=255) aaaaagaTAAAATTGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAatatgaattaaggtttgtaaccttagtcttatctgagggc < 2:426696‑M1/91‑41 (MQ=255) aaaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAatatgaattaaggtttgtaaccttagtcttatctgagggc < 1:2718259‑M1/91‑41 (MQ=255) aaaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtctgagggc > 2:21148‑M2/1‑82 (MQ=255) aaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCt < 1:2005386/91‑1 (MQ=255) aaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCt < 1:2593714/91‑1 (MQ=255) aaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCt < 2:2564436/91‑1 (MQ=255) aaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCtt > 1:2550037/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |