| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2588442 | 167 (0.820) | 9 (0.050) | 6/142 | NT | 5.9% | intergenic (+25/+143) | yehR/gltB_2 | putative lipoprotein YehR/Glutamate synthase [NADPH] large chain |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2588473 | 137 (0.760) | intergenic (+56/+112) | yehR/gltB_2 | putative lipoprotein YehR/Glutamate synthase [NADPH] large chain | |||||
TTAGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2588344‑2588442‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gccctcagaATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTTCTTTTAAA < USA300TCH1516_ALE/2588473‑2588384 TTAGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATG > 2:667410/1‑91TTAGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATG > 2:525342/1‑91TTAGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATG > 2:3076393/1‑91TTAGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATG > 2:306364/1‑91TTAGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATG > 2:305801/1‑91TTAGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATG < 1:3563695/91‑1TTAGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATG < 1:3563684/91‑1 TAGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGC > 2:1807212/1‑91 AGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCC < 2:1255183/91‑1 AGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCC < 1:482831/91‑1 AGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCC < 1:3480872/91‑1 GTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGATGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCC > 1:3169619/1‑91 GTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCC < 1:1307939/91‑1 GTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCC > 2:1865486/1‑91 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AAAAAGATAAAATTGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGC < 2:426696/91‑1 AAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGC < 1:2718259/91‑1 GCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTT < 1:2708313/91‑1 GCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTT < 1:2704696/91‑1 GCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTT > 2:21148/1‑91 CCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTTCT > 1:2615057/1‑91 CCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTTCT < 2:2018965/91‑1 CTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTTCTT < 2:2624306/91‑1 CTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTTCTT < 2:3230385/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |