| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2588442 | 167 (0.820) | 9 (0.050) | 6/142 | NT | 5.9% | intergenic (+25/+143) | yehR/gltB_2 | putative lipoprotein YehR/Glutamate synthase [NADPH] large chain |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2588473 | 137 (0.760) | intergenic (+56/+112) | yehR/gltB_2 | putative lipoprotein YehR/Glutamate synthase [NADPH] large chain | |||||
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
GAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAAT > USA300TCH1516_ALE/2588352‑2588532 | aaaaaCTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAt < 1:138487/91‑1 (MQ=255) aaaaaCTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAt < 1:3439095/91‑1 (MQ=255) aaaaCTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATa < 1:640568/91‑1 (MQ=255) aaaaCTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATa < 1:2024731/91‑1 (MQ=255) aaaaCTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATa < 2:3705090/91‑1 (MQ=255) aCTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGa < 1:3114174/91‑1 (MQ=255) 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aaaGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAAcc < 1:3502658/91‑1 (MQ=255) aaaGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAAcc > 1:1324631/1‑91 (MQ=255) aaGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCt < 1:2229893/91‑1 (MQ=255) aaGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCt < 1:1775226/91‑1 (MQ=255) aGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCtt > 1:188344/1‑91 (MQ=255) acaGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAAt < 2:1688040/91‑1 (MQ=255) acaGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAAt > 2:1290242/1‑91 (MQ=255) caGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAAtt < 1:2496692/91‑1 (MQ=255) caGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAAtt < 1:243811/91‑1 (MQ=255) agagGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTc < 2:2731446/91‑1 (MQ=255) agGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCat < 1:335574/91‑1 (MQ=255) ggTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAatatgaattaaggtttgtaaccttagtctt < 2:1726138‑M1/91‑31 (MQ=255) ggTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAatatgaattaaggtttgtaaccttagtctt < 1:1152614‑M1/91‑31 (MQ=255) ggTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCata > 2:1487599/1‑91 (MQ=255) aattttatattagtagtggatgctggtcacacaagaacttcaaatattaaaGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCatat > 1:3860738‑M1/52‑91 (MQ=255) tttAAAAGAAAGAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATt > 1:3579112‑M2/1‑90 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |