| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2622923 = | 176 (0.860) | 14 (0.080) | 8/142 | NT | 8.7% | intergenic (‑253/+131) | USA300HOU_RS13520/USA300TCH1516_02501 | hypothetical protein/Putative surface protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2622970 = | 137 (0.760) | intergenic (‑300/+84) | USA300HOU_RS13520/USA300TCH1516_02501 | hypothetical protein/Putative surface protein | |||||
CATTCACTATATTTAGTTTGTTAAAAACAACCTAGAATATGATGAGAATGATATACACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2623021‑2622923‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggggtgtatATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTATTTTAATT > USA300TCH1516_ALE/2622970‑2623059 CATTCACTATATTTAGTTTGTTAAAAACAACCTAGAATATGATGAGAATGATATACACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAG > 2:2185983/1‑91CATTCACTATAGTGAGTTTGTTAAAAACAACCTAGAATATGAGGAGAATGATATACACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAG < 2:1130840/91‑1 ATTCACTATATTTAGTTTGTTAAAAACAACCTAGAATATGATGAGAATGATATACACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGG < 1:1008470/91‑1 TTCGCTATATTTAGTTTGTTAAAAACAACCTAGAATATGATGAGAATGATATACACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTTAGGG < 1:3114882/91‑1 TTCACTATATTTAGTTTGTTAAAAACAACCTAGAATATGATGAGAATGATGTACACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGG < 2:3249247/91‑1 TTCACTATATTTAGTTTGTTAAAAACAACCTAGAATATGATGAGAATGATATACACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGG < 1:3190458/91‑1 TTCACTATATTTAGTTTGTTAAAAACAACCTAGAATATGATGAGAATGATATACACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGG < 1:2452185/91‑1 TTCACTATATTTAGTTTGTTAAAAACAACCTAGAATATGATGAGAATGATATACACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGG < 2:2973905/91‑1 TCACTATATTTAGTTTGTTAAAAACAACCTAGAATATGATGAGAATGATATACACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGG < 2:2049382/91‑1 TCACTATATTTAGTTTGTTAAAAACAACCTAGAATATGATGAGAATGATATACACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGG < 1:3445197/91‑1 TCACTATATTTAGTTTGTTAAAAACAACCTAGAATATGATGAGAATGATATACACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGG < 1:2368439/91‑1 TCACTATATTTAGTTTGTTAAAAACAACCTAGAATATGATGAGAATGATATACACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGG < 1:2368409/91‑1 CACTATATTTAGTTTGTTAAAAACAACCTAGAATATGATGAGAATGATATACACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGT > 1:3002490/1‑91 CACTATATTTAGTTTGTTAAAAACAACCTAGAATATGATGAGAATGATATACACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGT > 2:1000315/1‑91 CACTATATTTAGTTTGTTAAAAACAACCTAGAATATGATGAGAATGATATACACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGT > 1:791770/1‑91 ACTATATTTAGTTTGTTAAAAACAACCTAGAATATGATGAGAATGATATACACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTG > 1:3446350/1‑91 ACTATATTTAGTTTGTTAAAAACAACCTAGAATATGATGAGAATGATATACACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTG < 2:2329507/91‑1 TATATTTAGTTTGTTAAAAACAACCTAGAATATGATGAGAATGATATACACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTA < 2:3384933/91‑1 AGAATATGATGAGAATGATATACACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTG > 1:3819726/1‑91 CACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGT > 2:2123438/1‑91 CACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGT > 2:2123202/1‑91 CACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGT > 2:3820583/1‑91 CCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGA > 2:30001/1‑91 CAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATG > 1:2780042/1‑91 AAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAGATATAGTGAATGC > 2:256411/1‑91 AAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAA > 1:615383/1‑91 AGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAA > 1:3466303/1‑91 AGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAA > 1:3466438/1‑91 AGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAA > 1:956302/1‑91 TGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCA > 2:1746213/1‑91 TGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCA > 1:2394867/1‑91 TGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCA > 2:1322105/1‑91 GGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAATTATTTTTATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTAT > 2:1347589/1‑91 GGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTAT > 1:864123/1‑91 GGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTATT > 2:2221033/1‑91 GGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTATT > 2:551953/1‑91 GGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTATT > 2:2035877/1‑91 GGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTATT < 1:2673693/91‑1 GGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTATT > 1:363997/1‑91 GTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTATTT < 1:3857530/91‑1 GTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTATTT < 1:3058594/91‑1 TGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTATTTT < 1:1022500/91‑1 TGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTATTTT < 1:2329851/91‑1 TGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTATTTT < 2:3260905/91‑1 TGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTATTTT < 2:3260895/91‑1 TGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTATTTT < 1:801501/91‑1 TGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTATTTT > 2:2081856/1‑91 GTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTATTTTA < 2:2415801/91‑1 GTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTATTTTA > 1:907703/1‑91 TATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTATTTTAA > 1:385923/1‑91 TATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTATTTTAA < 1:2585443/91‑1 TATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTATTTTAA < 1:613760/91‑1 TATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTATTTTAA < 2:506019/91‑1 TATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTATTTTAATT < 1:1449679/91‑1 CATTCACTATATTTAGTTTGTTAAAAACAACCTAGAATATGATGAGAATGATATACACCCCAAAAGTTGGATTGAAAGACCTAACTTTAAGGGGTGTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2623021‑2622923‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggggtgtatATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATATAGTGAATGCAAATCAACTATTATTTAAATTATGAATTATTTTAATT > USA300TCH1516_ALE/2622970‑2623059 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |