| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2622923 = | 176 (0.860) | 14 (0.080) | 8/142 | NT | 8.7% | intergenic (‑253/+131) | USA300HOU_RS13520/USA300TCH1516_02501 | hypothetical protein/Putative surface protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2622970 = | 137 (0.760) | intergenic (‑300/+84) | USA300HOU_RS13520/USA300TCH1516_02501 | hypothetical protein/Putative surface protein | |||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
CCAAAATGACTACTCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATAT > USA300TCH1516_ALE/2622834‑2623013 | ccAAAATGACTACTCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAAT > 1:3648673‑M1/1‑91 (MQ=255) cAAAATGACTACTCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATA > 2:242849‑M1/1‑91 (MQ=255) ttaaaataattcataatttaaataatagttgatttgcattcactatatttagtttgttaaaaacaacctagaatatgatgagaatgatata < 1:613760‑M1/3‑1 (MQ=255) ttaaaataattcataatttaaataatagttgatttgcattcactatatttagtttgttaaaaacaacctagaatatgatgagaatgatata < 2:506019‑M1/3‑1 (MQ=255) aaaaTGACTACTCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATAC > 2:1122723‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaaTGACTACTCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATAC > 2:3402399‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaTGACTACTCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACA < 1:3805073‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaTGACTACTCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACA < 1:3211216‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaTGACTACTCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACA < 2:3877230‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaataattcataatttaaataatagttgatttgcattcactatatttagtttgttaaaaacaacctagaatatgatgagaatgatATaca < 1:2329851‑M1/5‑1 (MQ=255) aaaataattcataatttaaataatagttgatttgcattcactatatttagtttgttaaaaacaacctagaatatgatgagaatgatATaca < 2:3260905‑M1/5‑1 (MQ=255) aaaataattcataatttaaataatagttgatttgcattcactatatttagtttgttaaaaacaacctagaatatgatgagaatgatATaca < 1:801501‑M1/5‑1 (MQ=255) tGACTACTCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCC < 1:722976‑M1/91‑1 (MQ=255) gACTACTCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCC > 2:1939538‑M1/1‑91 (MQ=255) ataattcataatttaaataatagttgatttgcattcactatataaaaataattaaaaacaacctagaatatgatgagaatgatATACAccc > 2:1347589‑M1/84‑91 (MQ=255) actactCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCt < 1:309/91‑1 (MQ=255) actactCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCt < 2:2521180/91‑1 (MQ=255) actactCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCt < 1:1884880/91‑1 (MQ=255) actactCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCt < 2:3933626/91‑1 (MQ=255) ctactCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCtt > 2:965189/1‑91 (MQ=255) ctactCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCtt > 1:1916390/1‑91 (MQ=255) ctactCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCtt < 1:441194/91‑1 (MQ=255) tacgCAGAGATTATATTCTACTAATTATGATTATATTGAAGATGAGAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAAGAAAAATACACCCCtga < 2:1306081/91‑3 (MQ=255) actCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGCAAATATTATC‑‑AAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTaaa > 2:3046539/1‑91 (MQ=255) tCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAg < 2:1403852/91‑1 (MQ=255) tCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAg < 2:1697389/91‑1 (MQ=255) cAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGt < 1:1247658/91‑1 (MQ=255) cAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGt < 1:3570167/91‑1 (MQ=255) agagGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATCAAAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGt < 1:1968947/91‑1 (MQ=255) gagGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTa < 1:3441539/91‑1 (MQ=255) agGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAg < 2:1196224/91‑1 (MQ=255) ggTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGACAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAgg > 1:3149278/1‑91 (MQ=255) gTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGt > 1:2514175/1‑91 (MQ=255) gTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGt < 2:3290774/91‑1 (MQ=255) tataTTCTACTAATTATGATTATCTTAAATATGACAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCt > 2:817093/1‑91 (MQ=255) atatTCTACTATTTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCGGATTTATAACAAGAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCtt < 2:211824/91‑1 (MQ=255) atatTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCtt > 2:2336707/1‑91 (MQ=255) atatTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCtt < 1:224751/91‑1 (MQ=255) tatTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCttt > 1:3863000/1‑91 (MQ=255) atTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTc > 1:2566026/1‑91 (MQ=255) atTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTc > 2:3079868/1‑91 (MQ=255) ttCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCa > 1:3029037/1‑91 (MQ=255) tCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCaa < 2:1566394/91‑1 (MQ=255) tCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCaa > 2:623949/1‑91 (MQ=255) tactaATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATc < 2:3897967/91‑1 (MQ=255) actaATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATcc < 1:1020667/91‑1 (MQ=255) ctaATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAATTCAAATTTATAACAAAAATACACCCCttaaagttggattgaaagaccta < 2:3479042‑M1/91‑24 (MQ=255) ctaATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCa < 2:1806299/91‑1 (MQ=255) ataattataattaTATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATcct < 2:3141847/90‑2 (MQ=255) taATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCttaaagttggattgaaagacctaa < 1:2417514‑M1/91‑25 (MQ=255) taATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCaa > 1:245729/1‑91 (MQ=255) aTTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACt > 2:755750/1‑91 (MQ=255) tttgcattcactatatttagtttgttaaaaacaacctagaatatgatgagaatgatATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACt > 1:956302‑M1/57‑91 (MQ=255) ttATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACtt > 1:276510/1‑91 (MQ=255) ttATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACtt > 2:2908156/1‑91 (MQ=255) ttATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACtt < 1:3532239/91‑1 (MQ=255) aTGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGAAAGGTCTTTCAATCCAACtttt > 1:2741634/1‑91 (MQ=255) aTTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTggg < 2:2265368‑M2/91‑4 (MQ=255) ttATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTgggg < 2:3630981‑M2/91‑5 (MQ=255) ttATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTgggg > 1:2308406‑M2/1‑87 (MQ=255) tataTTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCaaaagttggattgaaagacctaactttaaggggt < 2:2415074‑M1/91‑35 (MQ=255) atatTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTggggtg > 1:2075775‑M2/1‑85 (MQ=255) atatTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTggggtg < 1:2989989‑M2/91‑7 (MQ=255) tatTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTggggtgt > 1:1518761‑M2/1‑84 (MQ=255) actatatttagtttgttaaaaacaacctagaatatgatgagaatgatATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGgtg > 2:3820583‑M1/48‑91 (MQ=255) actatatttagtttgttaaaaacaacctagaatatgatgagaatgatATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGgtg > 2:2123438‑M1/48‑91 (MQ=255) atTAAATATGAAAATATTATC‑ACAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTggggtgta > 2:3192472‑M2/1‑83 (MQ=255) aaTATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATc < 1:1758110/91‑1 (MQ=255) atatGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCa > 2:2674553/1‑91 (MQ=255) gAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATtct > 1:2363493/1‑91 (MQ=255) gAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGCGGTGTATATCATtct > 2:2760922/1‑91 (MQ=255) aaaaTATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATtctc > 1:2794785/1‑91 (MQ=255) aaaTATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCtca > 2:1088848/1‑91 (MQ=255) aaaTATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCtca > 1:3822745/1‑91 (MQ=255) aaaTATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCtca > 2:1823322/1‑91 (MQ=255) aaTATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCtcat > 2:3340619/1‑91 (MQ=255) tatC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCatat > 2:734736/1‑91 (MQ=255) tatC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCatat > 2:414152/1‑91 (MQ=255) c‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCt < 1:3636127/91‑1 (MQ=255) aaaaaaaTCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGCCTGTATATCACTCTCATCATATTCTa > 2:3422980/1‑91 (MQ=255) aaaaTCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGgt < 1:1335173/91‑1 (MQ=255) aaaaTCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGgt < 1:650897/91‑1 (MQ=255) tCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGgttgtt < 2:2616477/91‑1 (MQ=255) tCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGgttgtt > 2:3568480/1‑91 (MQ=255) tCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGgttgtt < 1:3887164/91‑1 (MQ=255) cAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGttt < 1:1274494/91‑1 (MQ=255) aaTTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTggggtgtatttttgttataaatttgatttttttgataat < 1:1722999‑M2/91‑40 (MQ=255) aaTTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGttttt > 2:3955094/1‑91 (MQ=255) aTTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTa > 1:2631776/1‑91 (MQ=255) aTTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTa > 1:3753702/1‑91 (MQ=255) tataACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACa < 2:2854416/91‑1 (MQ=255) taACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACaaa > 1:1173526/1‑91 (MQ=255) aCAAAAATACACCCCTTGAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACt < 1:691838/91‑1 (MQ=255) aCAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACt > 1:2609206/1‑91 (MQ=255) cAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTa > 2:3652756/1‑91 (MQ=255) aaaaaTACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTaa < 1:1808783/91‑1 (MQ=255) aaaaaTACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTaa > 1:1643984/1‑91 (MQ=255) aaaaaTACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTaa > 1:3792567/1‑91 (MQ=255) aaTACACCCGTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAata < 1:3785316/91‑1 (MQ=255) aTACTCCCCaaaggttggattgaaagacctgactttaaggggtgtatttttgttataaatttgatttttttgataatattttcatatttaa < 2:437023‑M1/91‑83 (MQ=255) | CCAAAATGACTACTCAGAGGTTATATTCTACTAATTATGATTATATTAAATATGAAAATATTATC‑AAAAAAATCAAATTTATAACAAAAATACACCCCTTAAAGTTAGGTCTTTCAATCCAACTTTTGGGGTGTATATCATTCTCATCATATTCTAGGTTGTTTTTAACAAACTAAATAT > USA300TCH1516_ALE/2622834‑2623013 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |