| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2626762 | 305 (1.500) | 16 (0.090) | 11/144 | NT | 5.4% | coding (301/357 nt) | sarT | HTH‑type transcriptional regulator SarT |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2626767 | 289 (1.580) | coding (296/357 nt) | sarT | HTH‑type transcriptional regulator SarT | |||||
ACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2626665‑2626762‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgttgtttCTGTA‑AAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAATATCTTGG < USA300TCH1516_ALE/2626767‑2626678 ACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGT < 2:878923/91‑1ACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGT < 1:3908056/91‑1ACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGT < 2:1082544/91‑1ACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGT < 1:2175642/91‑1ACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGT > 2:3213823/1‑91ACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGT < 2:765039/91‑1ACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGT < 2:765163/91‑1ACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGT < 1:1354818/91‑1 CATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTG < 1:1405464/91‑1 CATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTG < 2:3136923/91‑1 CATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTG < 2:2572590/91‑1 CATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTG < 2:2185440/91‑1 CATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTG < 2:1111086/91‑1 ATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACGTTCTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGT < 2:1255285/91‑1 ATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGT > 2:3689644/1‑91 ATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGT < 2:1012626/91‑1 ATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGT < 2:1012839/91‑1 ATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGT < 2:1012916/91‑1 ATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGT > 2:1472687/1‑91 ATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGT < 2:2639839/91‑1 ATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGT > 2:3622251/1‑91 ATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTAAAAAGATTTTTAATATAATTGTGT > 2:936771/1‑91 TTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTT > 2:3026414/1‑91 TTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTT > 1:3239474/1‑91 TTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTT > 1:2838178/1‑91 TTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTT > 1:2838221/1‑91 TTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTG > 1:1467194/1‑91 TAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTTACTCAAAAGATTTTTCATATAATTGTGTTGT > 2:73664/1‑91 TAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGT > 2:687112/1‑91 TAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGT < 2:1901575/91‑1 AACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCATAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTT < 1:2781869/91‑1 AACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTT < 2:1299776/91‑1 AACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTT < 2:1301483/91‑1 AACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTT > 2:2035603/1‑91 ACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTT < 2:2446199/91‑1 ACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTT < 1:3006701/91‑1 TGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCT < 1:2641575/91‑1 CACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCTGT < 1:682188/91‑1 CACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCTGT < 1:2554476/91‑1 CACCAAGATAGTAAAATCTCGAAACATGCTTTATGTTTCGTTAATACTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTgtca > 2:3566772/1‑87 ACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCTGTA < 1:2756978/91‑1 ACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCTGTA < 1:2026778/91‑1 ACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCTGTA < 1:2027184/91‑1 ACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCTGTA < 2:3171140/91‑1 ACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCTGTA < 1:1575771/91‑1 ACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCTGTA < 2:1803791/91‑1 ACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCTGTA < 1:239648/91‑1 ACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGCGTTGTTTCTGTA < 1:3026453/91‑1 ACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATATTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCTGTA < 1:3236713/91‑1 CCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCTGTA‑A < 1:1500909/91‑1 CAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCTGTA‑AA < 1:1934951/91‑1 AAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCTGTA‑AAA < 1:602212/91‑1 AGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCTGTA‑AAAC < 1:2727814/91‑1 TTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCTGTA‑AAACAACAC < 1:1375596/91‑1 ATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCTGTA‑AAACAACACAATTA < 1:2080703/91‑1 ATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCTGTA‑AAACAACACAATTA < 1:2367941/91‑1 ATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCTGTA‑AAACAACACAATTA < 1:2080460/91‑1 ATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCTGTA‑AAACAACACAATTA < 1:1809444/91‑1 ATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCTGTA‑AAACAACACAATTA < 1:3518217/91‑1 CGAAAAAGACGTTATGGTTCATTAATATTTAGTTCACACAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCTGTA‑AAACATCACAATTATATT < 2:3925193/91‑1 TTTTAATATAATTGTGTTGTTT‑TACAGAAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGT > 2:1535865/1‑91 TAATATAATTGTGTTGTTT‑TACAGAAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTC > 1:1092089/1‑91 ATATAATTGTGTTGTTT‑TACAGAAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGA > 1:1553321/1‑91 ATAATTGTGTTGTTTTACAG‑AAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGA > 2:2976136/1‑91 ATAATTGTGTTGTTT‑TACAGAAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGA > 1:3489617/1‑91 TGTTGTTTCTGTA‑AAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAAT < 2:1271747/91‑1 TGTTGTTTCTGTA‑AAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAAT < 1:2604760/91‑1 TGTTGTTTCTGTA‑AAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAAT < 1:3445825/91‑1 TGTTGTTTCTGTA‑AAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAAT < 1:3116379/91‑1 GTTGTTTCTGTA‑AAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAATA > 2:165735/1‑91 TTGTTTCTGTA‑GAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGATACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAATAT < 2:2176644/91‑1 TTGTTTCTGTA‑AAACTACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAATAT < 2:309119/91‑1 TTGTTTCTGTA‑AAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAATAT < 2:1878144/91‑1 TTGTTTCTGTA‑AAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAATAT < 2:1878006/91‑1 TTGTTTCTGTA‑AAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAATAT < 1:2525151/91‑1 TTGTTTCTGTA‑AAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAATAT < 2:309070/91‑1 TTGTTTCTGTA‑AAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAATAT < 2:2176657/91‑1 TTGTGTCTGTA‑AAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACAGAAAGTATGTTTCGAGATTTTAATAT < 2:3699645/91‑1 TGTTTCTGTA‑AAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAATATC > 1:3803670/1‑91 GTTTCTGTA‑AAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAATCTCT > 1:1263692/1‑91 TTTCTGTA‑AAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAATATCTT < 2:1787349/91‑1 TTTCTGTA‑AAACAACACAATTATATTAAAAATCGTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAGAGTATGTGTCGAGATTTTAATATCTT < 2:3849884/91‑1 TTTCTGTA‑AAACAACACAATTATATTAAAAATCGTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAATATCTT < 1:3234602/91‑1 TTCTGTA‑AAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAATATCTTG > 2:1583804/1‑91 TCTGTA‑AAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAATATCTTGG > 2:841331/1‑91 TCTGTA‑AAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAATATCTTGG > 2:873760/1‑91 ACATTTAACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2626665‑2626762‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgttgtttCTGTA‑AAACAACACAATTATATTAAAAATCTTTTGAGTGAAATAAATATTAATGAAACATAAAGTATGTTTCGAGATTTTAATATCTTGG < USA300TCH1516_ALE/2626767‑2626678 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |