New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2626762 | 305 (1.500) | 16 (0.090) | 11/144 | NT | 5.4% | coding (301/357 nt) | sarT | HTH‑type transcriptional regulator SarT |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2626767 | 289 (1.580) | coding (296/357 nt) | sarT | HTH‑type transcriptional regulator SarT |
Only 100 of 388 total aligned reads displayed.
ACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGATAAATCTTTTACGCTTTTAACAA > USA300TCH1516_ALE/2626677‑2626857 | ccAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGa > 2:873760‑M2/1‑90 (MQ=255) agagATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGaaac > 1:1263692‑M2/1‑87 (MQ=255) atatTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGaaacaa < 2:1878006‑M2/91‑7 (MQ=255) atatTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTAGTTTTACAGaaacaa < 2:309119‑M2/91‑7 (MQ=255) atatTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTATCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTCTACAGaaacaa < 2:2176644‑M2/91‑7 (MQ=255) atTAAAATCTCGAACCACACTTTATGTTTCATTCATATTCATTTCCCCCCAAAGATTTTTCATATAATTGTGTTGTTTTACAGAaacaccc > 2:3954364/1‑88 (MQ=255) atTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGaaacaaca < 1:3445825‑M2/91‑9 (MQ=255) ttAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAAcaacaa > 1:372575/1‑91 (MQ=255) aaaaTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGGTTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATg > 1:2250559/1‑91 (MQ=255) aaaaTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATg < 2:3477969/91‑1 (MQ=255) aaaaTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATg < 2:2648326/91‑1 (MQ=255) aaaTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGa > 1:384486/1‑91 (MQ=255) aTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGAtt < 1:1108727/91‑1 (MQ=255) aTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGAtt < 1:1793562/91‑1 (MQ=255) aTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGAtt < 2:2636193/91‑1 (MQ=255) aTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAACATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGAtt < 2:3044279/91‑1 (MQ=255) tctcGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTCTGTAaaacaacacaattat > 2:2976136‑M2/1‑76 (MQ=255) ctcGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTAc < 1:3956587/91‑1 (MQ=255) tcGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAACGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACa > 2:204189/1‑91 (MQ=255) cGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACAt < 2:1169761/91‑1 (MQ=255) cGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACAt > 1:3402793/1‑91 (MQ=255) cGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACAt > 2:2714655/1‑91 (MQ=255) 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aTACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATATTTTTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTctac > 2:222070/1‑91 (MQ=255) tACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTctact < 1:3043314/91‑1 (MQ=255) aCTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTctacta < 2:3863288/91‑1 (MQ=255) tttATGTTTCATTAATATTTAATTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATc > 1:1441580/1‑91 (MQ=255) ttATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCa < 1:1370161/91‑1 (MQ=255) tGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCAtgt < 1:949855/91‑1 (MQ=255) ttCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTggg < 2:1390799/91‑1 (MQ=255) ttCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTggg < 1:1046025/91‑1 (MQ=255) tCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGt < 1:3265956/91‑1 (MQ=255) cATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGtc < 1:2580146/91‑1 (MQ=255) cATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGtc > 2:2595545/1‑91 (MQ=255) aTTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGtct > 2:1344327/1‑91 (MQ=255) ttAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGtctc < 2:1553735/91‑1 (MQ=255) tAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTctct > 2:1528002/1‑91 (MQ=255) tAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTctct < 2:620142/91‑1 (MQ=255) tatttattTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACa > 1:1219647/1‑91 (MQ=255) tatttattTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACa > 1:410203/1‑91 (MQ=255) tatttattTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACa > 1:719986/1‑91 (MQ=255) tatttattTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACa > 2:2006111/1‑91 (MQ=255) tatttattTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACa < 2:643796/91‑1 (MQ=255) tatttattTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACa < 1:3133996/91‑1 (MQ=255) tatttattTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACACTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACa > 1:3667053/1‑91 (MQ=255) atttatttCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACAt > 1:1993946/1‑91 (MQ=255) atttCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTAt < 1:186896/91‑1 (MQ=255) tCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCa > 1:360308/1‑91 (MQ=255) cTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGt < 1:1083967/91‑1 (MQ=255) cTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGt > 2:3737748/1‑91 (MQ=255) tCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTa < 2:1065902/91‑1 (MQ=255) tCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTa > 1:3002392/1‑91 (MQ=255) aaaGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAAcc < 1:2105688/91‑1 (MQ=255) aaaGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGAGTCTCTACATTTATTCAAGTAAcc > 2:3685166/1‑91 (MQ=255) ttttttAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCttt > 2:2801553/2‑91 (MQ=255) tttttATTATTATTTTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCtttt > 2:2514756/1‑91 (MQ=255) ttttAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCttttt < 1:3700906/91‑1 (MQ=255) ttttAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCttttt > 2:3520947/1‑91 (MQ=255) ttttAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCttttt > 1:2861313/1‑91 (MQ=255) ttttAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCttttt > 2:77316/1‑91 (MQ=255) tttAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCtttttt > 1:2338298/1‑91 (MQ=255) ttAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTg < 1:252597/91‑1 (MQ=255) tAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGa < 1:3199527/91‑1 (MQ=255) 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ttttACAGaaacaacacaattatattaaaaatcttttgagtgaaataaatattaatgaaacataaagtatgtttcgagattttaatatctt < 1:602212‑M2/91‑84 (MQ=255) ttttACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGATAAATCTTTTACGCtt > 1:878177/1‑91 (MQ=255) ttACAGaaacaacacaattatattaaaaatcttttgagtgaaataaatattaatgaaacataaagtatgtttcgagattttaatatcttgg < 1:1500909‑M2/91‑86 (MQ=255) ttACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGATAAATCTTTTACGcgtaa < 1:1008121/91‑5 (MQ=255) ttACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGATAAATCTTTTACGCtttt < 2:556461/91‑1 (MQ=255) ttACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGATAAATCTTTTACGCtttt < 2:1975094/91‑1 (MQ=255) tACAGaaacaacacaattatattaaaaatcttttgagtgaaataaatattaatgaaacataaagtatgtttcgagattttaatatcttggt < 1:1575771‑M2/91‑87 (MQ=255) tACAGaaacaacacaattatattaaaaatcttttgagtgaaataaatattaatgaaacataaagtatgtttcgagattttaatatcttggt < 1:239648‑M2/91‑87 (MQ=255) tACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGATAAATCTTTTACGCTTTTa > 2:2947431/1‑91 (MQ=255) aCAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGATAAATCTTTTACGCTTTTaa < 1:2807679/91‑1 (MQ=255) aCAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGATAAATCTTTTACGCTTTTaa > 2:2610884/1‑91 (MQ=255) cAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGATAAATCTTTTACGCTTTTAAc < 1:2292382/91‑1 (MQ=255) cAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGATAAATCTTTTACGCTTTTAAc < 1:2384331/91‑1 (MQ=255) aGaaacaacacaattatattaaaaatcttttgagtgaaataaatattaatgaaacataaagtatgtttcgagattttaatatcttggtgca < 1:2641575‑M2/91‑90 (MQ=255) | ACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGATAAATCTTTTACGCTTTTAACAA > USA300TCH1516_ALE/2626677‑2626857 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |