New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2626762 | 305 (1.500) | 16 (0.090) | 11/144 | NT | 5.4% | coding (301/357 nt) | sarT | HTH‑type transcriptional regulator SarT |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2626767 | 289 (1.580) | coding (296/357 nt) | sarT | HTH‑type transcriptional regulator SarT |
Only 100 of 412 total aligned reads displayed.
ACTGCACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGATAAATCTTTTACGCTTTT > USA300TCH1516_ALE/2626672‑2626852 | cACCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTctgt < 1:2554476‑M1/91‑5 (MQ=255) aCCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTctgta < 1:2026778‑M1/91‑6 (MQ=255) aCCAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTctgta < 1:1575771‑M1/91‑6 (MQ=255) ccAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGa > 2:873760‑M2/1‑90 (MQ=255) cAAGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGaa > 2:1583804‑M2/1‑89 (MQ=255) aaGATATTAAAATCTCGACACATACTCTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAACGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGaaa < 2:3849884‑M2/91‑4 (MQ=255) aaGATATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTctgtaaaa < 1:602212‑M1/91‑9 (MQ=255) agagATTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGaaac > 1:1263692‑M2/1‑87 (MQ=255) atatTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGaaacaa < 2:309070‑M2/91‑7 (MQ=255) atTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGaaacaaca < 1:3116379‑M2/91‑9 (MQ=255) atTAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGaaacaaca < 2:1271747‑M2/91‑9 (MQ=255) ttAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAAcaacaa > 2:635927/1‑91 (MQ=255) ttAAAATCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAAcaacaa > 2:3908768/1‑91 (MQ=255) aaaaTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGGTTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATg > 1:2250559/1‑91 (MQ=255) aaaaTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATg > 1:3753854/1‑91 (MQ=255) aaaTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGa > 1:384551/1‑91 (MQ=255) aTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTctgtaaaacaacacaatta < 1:1809444‑M1/91‑20 (MQ=255) aTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTctgtaaaacaacacaatta < 1:2080460‑M1/91‑20 (MQ=255) aTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGAtt < 2:824046/91‑1 (MQ=255) aTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGAtt > 1:2845557/1‑91 (MQ=255) aTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGAtt < 1:1108727/91‑1 (MQ=255) aTCTCGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGAtt > 1:1378697/1‑91 (MQ=255) cGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACAt > 1:3402793/1‑91 (MQ=255) cGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACAt > 1:2366126/1‑91 (MQ=255) cGAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACAt > 2:602167/1‑91 (MQ=255) gAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACAtt > 1:2402528/1‑91 (MQ=255) gAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACAtt < 1:2753776/91‑1 (MQ=255) gAAACATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCAATCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACAtt < 2:418389/91‑1 (MQ=255) aaCATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTc > 1:990655/1‑91 (MQ=255) aaCATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTc > 1:937502/1‑91 (MQ=255) aaCATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTc > 2:2366740/1‑91 (MQ=255) cATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTcta < 2:1158532/91‑1 (MQ=255) cATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTcta < 2:3018181/91‑1 (MQ=255) cATACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTcta < 2:2117476/91‑1 (MQ=255) cATACATTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTcta < 2:3201524/91‑1 (MQ=255) aagcTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTctac < 1:3135519/88‑1 (MQ=255) aTACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTctac > 2:218220/1‑91 (MQ=255) tACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTctact > 1:1057871/1‑91 (MQ=255) aaagtATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTctacta > 1:1342219/5‑91 (MQ=255) aaagtATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTctacta > 1:1433683/5‑91 (MQ=255) aCTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTctacta > 2:3500007/1‑91 (MQ=255) aCTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTctacta > 1:2597460/1‑91 (MQ=255) cTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTAt > 1:397480/1‑91 (MQ=255) ttATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCa < 1:232171/91‑1 (MQ=255) ttATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCa > 2:3933712/1‑91 (MQ=255) tATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCAt > 2:2639516/1‑91 (MQ=255) tGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCAtgt < 1:2647145/91‑1 (MQ=255) tttCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCAtgtcg > 2:671901/1‑89 (MQ=255) tttCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTgg > 2:3536089/1‑91 (MQ=255) tCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGt < 1:3265956/91‑1 (MQ=255) tCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGt > 2:1778132/1‑91 (MQ=255) cATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGtc > 2:2595545/1‑91 (MQ=255) cATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGtc < 2:2866922/91‑1 (MQ=255) aTTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGtct < 1:436290/91‑1 (MQ=255) ttAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGtctc < 2:1553581/91‑1 (MQ=255) tAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTctct > 2:1528002/1‑91 (MQ=255) aaTATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTa < 1:1940551/91‑1 (MQ=255) tatttattTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACa > 1:1511866/1‑91 (MQ=255) tatttattTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACa < 2:2683845/91‑1 (MQ=255) tatttattTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACa > 2:2006111/1‑91 (MQ=255) tatttattTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACa < 2:1973013/91‑1 (MQ=255) tatttattTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACa > 1:1219647/1‑91 (MQ=255) tatttattTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACa > 2:2946563/1‑91 (MQ=255) tatttattTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACACTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACa > 1:3667053/1‑91 (MQ=255) atttatttCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACAt < 2:136317/91‑1 (MQ=255) tatttCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTa < 2:2622909/91‑1 (MQ=255) atttCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTAt < 1:1462004/91‑1 (MQ=255) tCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCa > 1:360308/1‑91 (MQ=255) aCTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCaaa > 2:338713/1‑90 (MQ=255) aCTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAg < 1:1278005/91‑1 (MQ=255) cTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTATATTTATTCAAGt < 1:3038161/91‑1 (MQ=255) cTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGt > 2:3737748/1‑91 (MQ=255) cTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGt > 1:2870082/1‑91 (MQ=255) aaaGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAAcc < 1:2105688/91‑1 (MQ=255) gATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCtt < 1:1695144/91‑1 (MQ=255) tttttATTATTATTTTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCtttt > 2:2514756/1‑91 (MQ=255) ttttAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCttttt < 1:3700906/91‑1 (MQ=255) tAATATAATTGTGTTGTTTtacagaaacaacacaattatattaaaaatcttttgagtgaaataaatattaatgaaacataaagtatgtttc > 1:1092089‑M1/1‑19 (MQ=255) tataATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGATaa < 2:1450276/91‑1 (MQ=255) ataATTGTGTTGTTTtacagaaacaacacaattatattaaaaatcttttgagtgaaataaatattaatgaaacataaagtatgtttcgaga > 1:3489617‑M1/1‑15 (MQ=255) ataATTGTGTTGTTTtacagaaacaacacaattatattaaaaatcttttgagtgaaataaatattaatgaaacataaagtatgtttcgaga > 2:2976136‑M1/1‑15 (MQ=255) taATTGTGTTGTTTTACAGaaacaacacaattatattaaaaatcttttgagtgaaataaatattaatgaaacataaagtatgtttcgagat < 1:3518217‑M2/91‑73 (MQ=255) aTTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACGTTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGCTAAATCt > 1:1971655/1‑91 (MQ=255) aTTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGATAAATCt < 1:1153971/91‑1 (MQ=255) aTTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGATAAATCt < 1:1870764/91‑1 (MQ=255) aTTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGATAAATCt > 2:1669218/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |