| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2636356 = | 210 (1.030) | 9 (0.050) | 7/138 | NT | 5.5% | intergenic (‑409/+60) | fnbA_2/gntT | Fibronectin‑binding protein A/High‑affinity gluconate transporter |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2636404 = | 127 (0.720) | intergenic (‑457/+12) | fnbA_2/gntT | Fibronectin‑binding protein A/High‑affinity gluconate transporter | |||||
GGTATCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2636454‑2636356‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaacacgtttaCTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTA > USA300TCH1516_ALE/2636404‑2636492 GGTATCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAA < 2:455253/91‑1GGTATCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAA > 2:2908250/1‑91 GTATCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAAC < 2:2443796/91‑1 GTATCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAAC > 2:2155495/1‑91 GTATCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAAC > 2:1768012/1‑91 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TCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTT < 2:1992476/91‑1 CTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTA < 1:2728441/91‑1 CTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTA > 1:2005785/1‑91 CTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTA > 1:2005771/1‑91 CTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTA > 2:228778/1‑91 AAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATG > 1:3859728/1‑91 AGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGA > 1:862958/1‑91 TAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAG > 1:1726108/1‑91 CGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGA > 1:1637197/1‑91 TTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACC > 1:1195619/1‑91 TTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACC > 2:2272706/1‑91 TTAGGTAATTGCAATATATTGCCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGA > 1:1213349/1‑91 TTAGGTAATTGCAATATATTGCCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGA > 1:1061602/1‑91 ATATATTGCCTTGAAACACGTTTATTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATC > 1:169535/1‑91 AAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATG > 1:1051987/1‑91 CACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACC < 2:1013330/91‑1 CACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACC < 1:103137/91‑1 ACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCA < 2:3398825/91‑1 CGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAACGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCAT > 1:1642780/1‑91 GTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATG > 2:3096097/1‑91 GTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATG > 1:2440393/1‑91 GTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATG < 2:71478/91‑1 TTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTT > 2:1882732/1‑91 TTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTT < 1:2802695/91‑1 TACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTA < 2:2496432/91‑1 TACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTA > 2:3637011/1‑91 TACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTA < 1:1651671/91‑1 TACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTA > 2:883501/1‑91 GGTATCATCTTCATTTTATTCATTAGCTTATTTGTTTAACTAAATATTAAGTAAACGTGTTTTTAGGTAATTGCAATATATTGCCTTGAAACACGTTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2636454‑2636356‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaacacgtttaCTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTA > USA300TCH1516_ALE/2636404‑2636492 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |