New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2636356 = | 210 (1.030) | 9 (0.050) | 7/138 | NT | 5.5% | intergenic (‑409/+60) | fnbA_2/gntT | Fibronectin‑binding protein A/High‑affinity gluconate transporter |
? | USA300TCH1516_ALE | 2636404 = | 127 (0.720) | intergenic (‑457/+12) | fnbA_2/gntT | Fibronectin‑binding protein A/High‑affinity gluconate transporter |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
CGTTCGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGTTTCTAATAATGACCATGTTAAG > USA300TCH1516_ALE/2636314‑2636494 | gTTCGGATTCCGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAACCGAGTTTCAAGGCAATATAGTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACt > 2:906050/1‑91 (MQ=255) cGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTaa < 1:1194236/91‑1 (MQ=255) cGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTaa > 2:889134/1‑91 (MQ=255) cGGATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTaa < 2:492494/91‑1 (MQ=255) ggATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAat > 1:3586426/1‑91 (MQ=255) ggATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAat < 2:1579421/91‑1 (MQ=255) gATTCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAata < 2:2851520/91‑1 (MQ=255) ttCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATAtt < 2:2051313/91‑1 (MQ=255) ttCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATAtt < 2:1894720/91‑1 (MQ=255) tCTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATAttt < 1:916072/91‑1 (MQ=255) cTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTa < 2:1149480/91‑1 (MQ=255) cTGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTa > 1:3020929/1‑91 (MQ=255) tGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAg > 1:783027/1‑91 (MQ=255) tGAGTATTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAg > 1:2316504/1‑91 (MQ=255) 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aTTTCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTaaa < 1:3722555/91‑1 (MQ=255) ttCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACa > 2:974018/1‑91 (MQ=255) tCAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACaa > 2:3107129/1‑91 (MQ=255) cAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTCAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACaaa > 1:3242582/1‑91 (MQ=255) cAGACGATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACaaa < 2:1422064/91‑1 (MQ=255) aGACAATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTAAAATTACAAAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAAt < 2:73717/91‑1 (MQ=255) gATTTTCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGc > 1:2583952/1‑91 (MQ=255) ttttCTGCATAAAAATAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTa > 2:403196/1‑91 (MQ=255) 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TAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAg > 1:2005771‑M1/1‑91 (MQ=255) TAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAg > 2:228778‑M1/1‑91 (MQ=255) TAAACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAg < 1:2728441‑M1/91‑1 (MQ=255) AACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAgat < 2:225720‑M1/91‑1 (MQ=255) AACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTGTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAgat > 1:3952628‑M1/1‑91 (MQ=255) ACGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAgatg < 2:1965605‑M1/91‑1 (MQ=255) CGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAgatga < 2:3526861‑M1/91‑1 (MQ=255) CGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAgatga < 1:163440‑M1/91‑1 (MQ=255) CGTGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAgatga > 1:3145273‑M1/1‑91 (MQ=255) TGTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATa < 1:3426466‑M1/91‑1 (MQ=255) GTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATAc > 2:1768012‑M1/1‑91 (MQ=255) GTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATAc > 2:2155495‑M1/1‑91 (MQ=255) GTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATAc < 2:2443796‑M1/91‑1 (MQ=255) GTTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATAc > 2:3688439‑M1/1‑91 (MQ=255) TTTCAAGGCAATATATTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATAcc < 2:455253‑M1/91‑1 (MQ=255) ttaggtaattgcaatatattgcctaaaaacacgtttaCTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGa > 1:1213349‑M2/38‑91 (MQ=255) 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tatatTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGaaa < 1:169333/91‑1 (MQ=255) tatatTGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGaaa > 1:1342352/1‑91 (MQ=255) ttGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAaataat < 1:3835944/91‑1 (MQ=255) tGCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATc > 1:3062586/1‑91 (MQ=255) gCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCg > 1:594736/1‑91 (MQ=255) gCAATTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCg < 2:603579/91‑1 (MQ=255) aaTTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGAAATAATCGtt < 1:2972731/91‑1 (MQ=255) aTTACCTAAAAACACGTTTACTTAATATTTAGTTAAACAAATAAGCTAATGAATAAAATGAAGATGATACCTGAAACGGTAATAATCGttt > 1:3579830/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |