| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2665481 = | 139 (0.680) | 21 (0.120) | 10/138 | NT | 14.7% | intergenic (‑108/+71) | USA300TCH1516_02535/sdhA | hypothetical protein/L‑serine dehydratase, alpha chain |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2665525 = | 125 (0.710) | intergenic (‑152/+27) | USA300TCH1516_02535/sdhA | hypothetical protein/L‑serine dehydratase, alpha chain | |||||
ACAGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2665581‑2665481‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAG > USA300TCH1516_ALE/2665525‑2665613 ACAGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATA < 1:2279953/91‑1ACAGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATA < 1:2281785/91‑1 CAGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAG < 2:716502/91‑1 AGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGA < 2:1072818/91‑1 AGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGA < 1:3905133/91‑1 AGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGA < 2:1072832/91‑1 AGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGA < 2:2447695/91‑1 AGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGA < 1:2430414/91‑1 GCTGAGGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGAT < 2:3201460/91‑1 GCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGAT > 2:2555463/1‑91 GCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGAT > 2:2756797/1‑91 TGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGC < 1:2081664/91‑1 TGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGC < 2:1951673/91‑1 GAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATGACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCT < 2:1944535/91‑1 AAGATATGGTTACAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGCTGCTT > 1:2767948/1‑91 AAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGCTCATTAGTACCAGATAGATGCTT > 2:3376446/1‑91 AAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTT < 2:1907526/91‑1 AAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTT > 2:1519676/1‑91 AAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCAACTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTT > 1:1386085/1‑91 AGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTC < 1:1852696/91‑1 AGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTC > 2:1005936/1‑91 GATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCT < 1:1171205/91‑1 GATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCT > 2:2184168/1‑91 ATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTT < 2:1029166/91‑1 ATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTT > 1:1541877/1‑91 AAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCA > 1:3771919/1‑91 GAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCT > 1:3926456/1‑91 GCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATCGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCA > 1:3143499/1‑91 GCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCA > 1:3180457/1‑91 CATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAG > 1:1020353/1‑91 CATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAG > 2:3749701/1‑91 CATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAG > 2:2060910/1‑91 CATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAG > 2:2060880/1‑91 CATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAG > 1:755137/1‑91 ATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGC > 2:652384/1‑91 ATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCAGAAATTATTTTGAACCATATCTTCAGC > 2:3420248/1‑91 TCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCT > 2:3272014/1‑91 TCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCCCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCT > 2:3271955/1‑91 GTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTG > 1:3056645/1‑91 TGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCA > 2:3024708/1‑91 TGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCA > 2:2080446/1‑91 TGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCA > 2:1683682/1‑91 TGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTATTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCA > 1:3274084/1‑91 GGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAA > 2:203104/1‑91 GGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAA > 2:791893/1‑91 ATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATTTTTTTTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAG > 2:895429/1‑91 AGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATAGCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTG > 1:3244736/1‑91 GATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGC < 2:312610/91‑1 ATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCT < 1:26749/91‑1 ATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCT < 2:3840148/91‑1 GCTTCTTTTTTATCCATATTTTGTTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGCGCCAACGATTTTACGTTTAATTGCTTC > 2:2168999/1‑91 GCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTC < 1:970930/91‑1 tTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCG < 2:1523560/90‑1 CTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCG > 2:2996911/1‑91 CTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCG > 2:2673517/1‑91 TCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTATGTTTAATTGCTTCGCC < 2:2055376/91‑1 TCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCC < 1:1678321/91‑1 TCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCC < 1:243142/91‑1 TCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCC < 1:243166/91‑1 TTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAG > 2:338801/1‑91 TTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAG < 2:3534891/91‑1 TTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCATCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAG < 2:3243166/91‑1 ACAGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2665581‑2665481‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAG > USA300TCH1516_ALE/2665525‑2665613 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |