| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2665481 = | 139 (0.680) | 21 (0.120) | 10/138 | NT | 14.7% | intergenic (‑108/+71) | USA300TCH1516_02535/sdhA | hypothetical protein/L‑serine dehydratase, alpha chain |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2665525 = | 125 (0.710) | intergenic (‑152/+27) | USA300TCH1516_02535/sdhA | hypothetical protein/L‑serine dehydratase, alpha chain | |||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
TTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAGTT > USA300TCH1516_ALE/2665435‑2665615 | ttAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCttt > 1:1747348/1‑91 (MQ=255) tggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCttttt > 1:3771919‑M1/45‑91 (MQ=255) aGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCttttt > 2:3368983/1‑91 (MQ=255) gTATGCATTTTCCATAATTATTACACCTTCTTCAGAGATAATTAAGTAGAATCTATCTCGTACTAATGATCCAGACCGAAGCTTCtttttt > 2:2630198/1‑91 (MQ=255) gTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCtttttt > 1:1436172/1‑91 (MQ=255) tATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTa < 2:678366/91‑1 (MQ=255) tGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTACTGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATc > 2:372687/1‑91 (MQ=255) tGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATc < 1:2567785/91‑1 (MQ=255) gCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTAtta > 2:2892217/1‑89 (MQ=255) cATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCaa < 1:283018/91‑1 (MQ=255) cATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCaa < 1:3938104/91‑1 (MQ=255) cATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTCTATCaa > 2:3377702/1‑91 (MQ=255) ttttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAata > 1:1032841/1‑91 (MQ=255) ttttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAata > 1:1033781/1‑91 (MQ=255) tttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAatat < 2:3325414/91‑1 (MQ=255) tttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAatat < 2:2507767/91‑1 (MQ=255) tCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATAttt < 1:2752970/91‑1 (MQ=255) ccATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCTATAtttt > 2:2315942/1‑91 (MQ=255) ccATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATAtttt < 1:426138/91‑1 (MQ=255) aTAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTAt < 2:3213708/91‑1 (MQ=255) aaTCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGt < 2:1942970/91‑1 (MQ=255) cTTTCAACTTCTGCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTAt < 2:158087/91‑1 (MQ=255) tCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTAtctc > 2:1878047/1‑91 (MQ=255) tCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTAtctc > 1:76109/1‑91 (MQ=255) aaCTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCat > 1:866202/1‑91 (MQ=255) aCTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCatt > 2:2416727/1‑91 (MQ=255) aCTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCatt < 1:1951960/91‑1 (MQ=255) tcttcAGAGATGATGAAGAAGCATCTAGCTGGTACTAATGGTCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaat < 2:1219553/91‑1 (MQ=255) tcttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaat < 1:2104508/91‑1 (MQ=255) cttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatt < 2:1711034/91‑1 (MQ=255) cttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatt < 1:646095/91‑1 (MQ=255) ctgcAGAGATAATTAAGAAGCATCTCTCTGGTACTATTGATCCAGACAGATGCTTCTTCTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCatcaatt > 2:1210288/4‑91 (MQ=255) ttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatta < 2:1676157/91‑1 (MQ=255) cAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAattatt < 2:1907781/91‑1 (MQ=255) tAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAAc > 1:1303674/1‑91 (MQ=255) aaTTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAAcc > 1:1138192/1‑91 (MQ=255) ttAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCat < 1:3853905/91‑1 (MQ=255) tAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCata < 1:1032993/91‑1 (MQ=255) AAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCatat > 1:1541877‑M1/1‑91 (MQ=255) GAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCt > 2:1005936‑M1/1‑91 (MQ=255) GAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCt < 1:1852696‑M1/91‑1 (MQ=255) aagCATCCATCCGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCCATATTTTTTTGTTAGCTCATTCACGTTTCTTAACCATTTCtt > 2:1231633/1‑91 (MQ=255) AAGCATCTATCTGGTACTAATGAGCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCtt > 2:3376446‑M1/1‑91 (MQ=255) gcatctgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCa > 1:3180457‑M2/40‑91 (MQ=255) GCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCa < 2:1951673‑M1/91‑1 (MQ=255) catctgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAg > 2:2060910‑M2/39‑91 (MQ=255) atctgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCAGAAATTATTTTGAACCATATCTTCAGc > 2:3420248‑M2/38‑91 (MQ=255) ATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGc > 2:2756797‑M1/1‑91 (MQ=255) ATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGc > 2:2555463‑M1/1‑91 (MQ=255) TCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCt < 1:3905133‑M1/91‑1 (MQ=255) TCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCt < 2:1072832‑M1/91‑1 (MQ=255) TCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCt < 1:2430414‑M1/91‑1 (MQ=255) CTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCtg < 2:716502‑M1/91‑1 (MQ=255) TATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCtgt < 1:2279953‑M1/91‑1 (MQ=255) atctGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCtgtg > 1:2326939/1‑91 (MQ=255) atctAGTACTAATTATCCATACTGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTTACCATATCTTCAGCtgtg < 2:1537476/91‑1 (MQ=255) tggatcattagtaccagatagatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCa > 2:2080446‑M2/31‑91 (MQ=255) tggatcattagtaccagatagatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCa > 2:1683682‑M2/31‑91 (MQ=255) tggatcattagtaccagatagatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCa > 2:3024708‑M2/31‑91 (MQ=255) tggatcattagtaccagatagatgcttcttTATTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCa > 1:3274084‑M2/31‑91 (MQ=255) tGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCa > 2:1789886/1‑91 (MQ=255) ggatcattagtaccagatagatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCaa > 2:791893‑M2/30‑91 (MQ=255) ggatcattagtaccagatagatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCaa > 2:203104‑M2/30‑91 (MQ=255) ggTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCaa < 2:1597631/91‑1 (MQ=255) ggTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCaa < 1:2839998/91‑1 (MQ=255) ggTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCaa < 1:183767/91‑1 (MQ=255) gTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCaaa > 2:3778967/1‑91 (MQ=255) tACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAg > 1:1012238/1‑91 (MQ=255) atcattagtaccagatagatgcttcttTTTTATTTTTTTTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAg > 2:895429‑M2/28‑91 (MQ=255) aCTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTCATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGa > 2:1038782/1‑91 (MQ=255) cTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGAt > 1:299170/1‑91 (MQ=255) tAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGAtt > 1:3627558/1‑91 (MQ=255) aaTGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGAttt > 2:474312/1‑91 (MQ=255) aTGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCATCTGTGCCAAAGAtttt > 2:2474098/1‑91 (MQ=255) aTGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGAtttt < 1:3546039/91‑1 (MQ=255) aTGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGAtttt > 1:1276648/1‑91 (MQ=255) aTGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGAtttt < 1:3769539/91‑1 (MQ=255) tGATCCAGACAGCTGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATTTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTa > 1:621011/1‑91 (MQ=255) 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tcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGcc < 1:1678321‑M2/87‑1 (MQ=255) tcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGcc < 1:243166‑M2/87‑1 (MQ=255) ttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAg < 2:3534891‑M2/89‑1 (MQ=255) ttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCATCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAg < 2:3243166‑M2/89‑1 (MQ=255) ttttATTATTATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAGtt > 2:2446308/1‑91 (MQ=255) ttttATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAGtt > 1:568851/1‑91 (MQ=255) | TTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAGTT > USA300TCH1516_ALE/2665435‑2665615 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |