| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2681410 = | 206 (1.010) | 9 (0.050) | 5/130 | NT | 5.6% | intergenic (‑445/+134) | USA300HOU_RS13810/mvaA | hypothetical protein/3‑hydroxy‑3‑methylglutaryl‑coenzyme A reductase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2681465 = | 136 (0.820) | intergenic (‑500/+79) | USA300HOU_RS13810/mvaA | hypothetical protein/3‑hydroxy‑3‑methylglutaryl‑coenzyme A reductase | |||||
AAAAACTTCTATCACACGCATACAGGAAATTGAAGCGTTCGTGATAGAAGTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2681464‑2681410‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtgatagaagtttttATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTC > USA300TCH1516_ALE/2681465‑2681554 AAAAACTTCTATCACACGCATACAGGAAATTGAAGCGTTCGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGAT > 1:3856951/1‑91 TCTATCACACGCATACAGGAAATTGAAGCGTTCGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGA > 1:3092146/1‑91 TCTATCACACGCATACAGGAAATTGAAGCGTTCGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGA > 1:3094598/1‑91 TCTATCACACGCATACAGGAAATTGAAGCGTTCGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGA > 1:3092132/1‑91 ATCACACGCATACAGGAAATTGAAGCGTTCGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTT > 1:852237/1‑91 TCACACGCATACAGGAAATTGAAGCGTTCGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTA > 1:3207260/1‑91 TCACACGCATACAGGAAATTGAAGCGTTCGTGATAGAAGTTTTTATTCATGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTA > 2:1801392/1‑91 ACGCATACAGGAAATTGAAGCGTTCGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACT > 1:1274238/1‑91 ACGCATACAGGAAATTGAAGCGTTCGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACT > 1:2105227/1‑91 GTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCAT < 2:3826191/91‑1 TGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATT > 2:1503249/1‑91 GATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTT < 1:110986/91‑1 GATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTT < 2:1508865/91‑1 GATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTT > 1:2450833/1‑91 GATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTT < 1:2849432/91‑1 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USA300TCH1516_ALE/2681465‑2681554 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |