New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2681410 = | 206 (1.010) | 9 (0.050) | 5/130 | NT | 5.6% | intergenic (‑445/+134) | USA300HOU_RS13810/mvaA | hypothetical protein/3‑hydroxy‑3‑methylglutaryl‑coenzyme A reductase |
? | USA300TCH1516_ALE | 2681465 = | 136 (0.820) | intergenic (‑500/+79) | USA300HOU_RS13810/mvaA | hypothetical protein/3‑hydroxy‑3‑methylglutaryl‑coenzyme A reductase |
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
GTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTAAACTTTTCTTTAAAATCGCTATTCGCCATTTACTATTGTTGTC > USA300TCH1516_ALE/2681375‑2681554 | gTTATTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTa < 2:1302051/91‑1 (MQ=255) aTTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTAttt > 2:2583925/1‑91 (MQ=255) aTTTACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTAttt > 2:2033369/1‑91 (MQ=255) tttACTTTTCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTAtttt < 2:2559377/91‑1 (MQ=255) ttttCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTc < 2:2176401/91‑1 (MQ=255) ttttCATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTCGTTc < 1:385391/91‑1 (MQ=255) cATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCatat < 1:2184821/91‑1 (MQ=255) cATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCatat > 1:2404986/1‑91 (MQ=255) cATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCatat < 2:914584/91‑1 (MQ=255) cATTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCatat < 1:1303243/91‑1 (MQ=255) aTTAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTCTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATAtt > 1:3168623/1‑91 (MQ=255) tAGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTaa < 2:1209666/91‑1 (MQ=255) aGACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAAt < 2:3381519/91‑1 (MQ=255) gACTGATTTACTAATCAAAAAACTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAAtt > 1:2591667/1‑91 (MQ=255) 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aaaaaaCTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGa < 1:183995/91‑1 (MQ=255) aaaaaaCTTCTATCACGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGa > 2:2518908/1‑91 (MQ=255) aaaacttctatcacGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATg < 1:3285127‑M2/77‑1 (MQ=255) aaacttctatcacGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATgg > 1:1473656‑M2/14‑91 (MQ=255) acttctatcacGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGgac < 1:2676938‑M2/80‑1 (MQ=255) ttctatcacGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGgactg > 2:1091522‑M2/10‑91 (MQ=255) ttctatcacGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGgactg < 2:547397‑M2/82‑1 (MQ=255) tctatcacacgcatacaggaaattgaagcgttcgtgatagaagtttttATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGgactga > 1:3092132‑M2/49‑91 (MQ=255) tctatcacGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGgactga < 2:1953972‑M2/83‑1 (MQ=255) tctatcacGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGgactga < 1:1053180‑M2/83‑1 (MQ=255) tctatcacGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGgactga > 1:2961689‑M2/9‑91 (MQ=255) ctatcacGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATggactgaa > 2:3925498‑M2/8‑90 (MQ=255) ctatcacGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGgactgac > 1:2100841‑M2/8‑91 (MQ=255) ctatcacGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGgactgac > 1:3843874‑M2/8‑91 (MQ=255) tatcacGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGgactgact > 1:814566‑M2/7‑91 (MQ=255) atcacacgcatacaggaaattgaagcgttcgtgatagaagtttttATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACtt > 1:852237‑M2/46‑91 (MQ=255) atcacGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACtt < 2:3188403‑M2/86‑1 (MQ=255) aTCACGAACGCTACAATATCCTGTATGCGTGCGATAGAAGTTTTTATTACTGTTCATATTAATTTATCTCAGCGCTACGATGGACTGACtt > 2:3086784/1‑91 (MQ=25) tcacacgcatacaggaaattgaagcgttcgtgatagaagtttttATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTa > 1:3207260‑M2/45‑91 (MQ=255) tcacacgcatacaggaaattgaagcgttcgtgatagaagtttttATTCATGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTa > 2:1801392‑M2/45‑91 (MQ=255) tcacGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTa < 2:2751327‑M2/87‑1 (MQ=255) tcacGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTa > 1:2312879‑M2/5‑91 (MQ=255) tcacGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGCGTGATAGAAGTTTTTAATTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTa > 2:3268624‑M2/5‑91 (MQ=255) cacGAACGCTTCAATTTCCTGTATGCGTGTGATAGAAGTTTTTATTTTTGTTCATATTAATTTATCTAAGCGCTACGATGGACTGACTTaa < 1:3394657‑M2/88‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |