| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2687471 = | 160 (0.790) | 29 (0.170) | 12/138 | NT | 19.4% | intergenic (+25/+44) | clpL/USA300HOU_RS13835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpL/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2687511 = | 104 (0.590) | intergenic (+65/+4) | clpL/USA300HOU_RS13835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpL/hypothetical protein | |||||
AATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2687571‑2687471‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgctcatttttTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTT > USA300TCH1516_ALE/2687511‑2687600 AATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGAT < 1:3752768/91‑1AATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGAT < 1:3532801/91‑1AATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGAT < 1:2165592/91‑1 ATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATG > 2:877063/1‑91 ATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATG > 2:874979/1‑91 ATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATG < 2:1931744/91‑1 ATCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATG > 2:1117861/1‑91 TCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGC > 1:1118849/1‑91 TCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGC < 2:2830668/91‑1 TCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGC > 2:1827378/1‑91 TCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGC > 1:639857/1‑91 TCGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGC < 1:3638442/91‑1 CGTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAACTCAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCT > 2:1293470/1‑91 GTGATTGTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTC > 1:1398313/1‑91 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GTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTT > 1:1402480/1‑91 GTTGTGGAACAGAACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTT > 2:2199737/1‑91 AACAGCACACAGCGAATCATTTTCCAGGGAAATAATTAAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCC > 2:2600791/1‑91 AAAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTAATTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACA > 2:3473279/1‑91 AAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAA > 1:1251885/1‑91 AAAAAATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAA > 1:52190/1‑91 AATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCACTTTTTTAATTCTTTCCATGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAAT > 2:3889046/1‑91 ATGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATC > 1:3885128/1‑91 TGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACCACAATCA > 2:352493/1‑91 TGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCt > 2:3935026/1‑90 TGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCA > 1:2013921/1‑91 TGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCA > 1:1015299/1‑91 TGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCA > 1:2837848/1‑91 TGAGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCA > 1:2837859/1‑91 AGCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACG > 2:2273192/1‑91 GCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGA > 1:2804796/1‑91 GCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGA > 1:2804894/1‑91 GCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGA > 1:257195/1‑91 GCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGA > 1:1176299/1‑91 GCACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTAGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGA > 2:3549124/1‑91 CACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGAT > 1:3692145/1‑91 CACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGAT > 1:1381699/1‑91 CACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGAT > 1:3835412/1‑91 ACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATT > 1:767041/1‑91 ACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATT > 1:1502104/1‑91 ACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATT > 1:2874653/1‑91 ACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATT > 2:1493785/1‑91 ACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATT > 1:2874637/1‑91 ACAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATT > 1:2874500/1‑91 CAGGCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTA > 2:557569/1‑91 GCAAGGGCGACCTGATGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATG > 1:2272081/1‑91 TGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACAT > 1:2202257/1‑91 GCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAATTGATTCGCTTTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAACCACGATTAATGTCACTTGTACCACATT > 2:371504/1‑91 GCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATT > 2:1903660/1‑91 GCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATT < 1:3088985/91‑1 CTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTT < 1:769267/91‑1 CTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTT > 1:1867535/1‑91 CTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTT > 1:2912151/1‑91 CTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTT > 1:2912118/1‑91 TCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTT < 1:2418296/91‑1 CATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTC < 2:3932504/91‑1 CATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTC > 1:3334914/1‑91 CATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTC < 1:2600791/91‑1 ATTTTTTTAATTATTTCCCTGGGAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCC < 2:3189637/91‑1 ATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCC < 2:422798/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |