| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2687471 = | 160 (0.790) | 29 (0.170) | 12/138 | NT | 19.4% | intergenic (+25/+44) | clpL/USA300HOU_RS13835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpL/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2687511 = | 104 (0.590) | intergenic (+65/+4) | clpL/USA300HOU_RS13835 | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpL/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
ACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTT > USA300TCH1516_ALE/2687421‑2687601 | aCGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCAtttttt > 2:1779573/1‑91 (MQ=255) gAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTa < 2:3611078/91‑1 (MQ=255) aTTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAat < 1:1737648/91‑1 (MQ=255) aTTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAat > 2:2726398/1‑91 (MQ=255) ttAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTGatt > 1:3561254/1‑91 (MQ=255) ttAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAatt > 1:2133435/1‑91 (MQ=255) ttAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAatt > 1:548491/1‑91 (MQ=255) tAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTGCACCCTACCGCGCAACAAAACTGAACAGCGGGCCGCCACTGCCTGTGCTCAGGTGTTCAatta < 2:3919459/91‑1 (MQ=255) aGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAattat > 1:835955/1‑91 (MQ=255) gTCGTAAAAGGTAAATAACGACGCTTTAACATATAGCGCATCAAAAATGAGCACCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAattatt > 2:164751/1‑91 (MQ=255) gTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAattatt > 1:1032942/1‑91 (MQ=255) cGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTc > 2:1188543/1‑91 (MQ=255) cGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTc > 1:3860511/1‑91 (MQ=255) aacagcacacagcgaatcattttccagggaaataattaaaaaaatgagcacaggcaagggcgacctgatgctcatttttTTAATTATTTcc > 2:2600791‑M2/80‑91 (MQ=255) aaGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTgg < 1:2666401/91‑1 (MQ=255) gTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGaaa < 2:2341193/91‑1 (MQ=255) gTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGaaa > 1:653497/1‑91 (MQ=255) tAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGaaaa < 1:47307/91‑1 (MQ=255) tAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGaaaa < 1:1099538/91‑1 (MQ=255) aaaTAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAAt < 2:2577971/91‑1 (MQ=255) aaaTAACGACACGTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAAt < 2:3290621/91‑1 (MQ=255) aaTAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATg < 1:1459468/91‑1 (MQ=255) aCGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTc > 2:2126173/1‑91 (MQ=255) gACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGc > 2:84986/1‑91 (MQ=255) acacTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCt > 2:2525834/1‑91 (MQ=255) cacTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtg > 1:3911495/1‑91 (MQ=255) cacTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtg < 2:2038959/91‑1 (MQ=255) acTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtgt < 1:1002019/91‑1 (MQ=255) acTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtgt > 2:1601472/1‑91 (MQ=255) acTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtgt > 1:3478057/1‑91 (MQ=255) acTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtgt < 2:2951632/91‑1 (MQ=255) tttAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtgtgt < 1:1320963/91‑1 (MQ=255) ttAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCtgtgtg > 1:2437361/1‑91 (MQ=255) tAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCTCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGc < 2:3112949/91‑1 (MQ=255) tAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGc < 1:2251326/91‑1 (MQ=255) aaCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGct < 1:2829093/91‑1 (MQ=255) aaCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGct > 1:429671/1‑91 (MQ=255) aaCATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGct < 1:1613738/91‑1 (MQ=255) aaCAAATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGct < 1:2177603/91‑1 (MQ=255) cATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgt > 1:3510361/1‑91 (MQ=255) atatCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgtt < 1:2185290/91‑1 (MQ=255) tatCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttc < 2:893786/91‑1 (MQ=255) atCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttct < 1:1117788/91‑1 (MQ=255) atCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttct < 1:1504281/91‑1 (MQ=255) tCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctg > 2:1850843/1‑91 (MQ=255) cgcgCATCAAAAATGATCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctgt < 2:3038965/91‑1 (MQ=255) gcgcATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGctgttctgtt > 1:3220595/1‑91 (MQ=255) cgcATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCtgttctgttc < 1:3822646/91‑1 (MQ=255) gcATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTcc < 2:467593/91‑1 (MQ=255) aTCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCcac < 1:3293788/91‑1 (MQ=255) aTCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCcac < 1:2278801/91‑1 (MQ=255) aaaaaaatgagcacaggcaagggcgacctgatgctcatttttTTAATTAATTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCcaca > 2:3473279‑M2/43‑91 (MQ=255) cAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCacaa > 1:2162266/1‑91 (MQ=255) cAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCAGTTCCacaa > 1:3786208/1‑91 (MQ=255) aaaaaatgagcacaggcaagggcgacctgatgctcatttttTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCacaa > 1:52190‑M2/42‑91 (MQ=255) AAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCacaac > 2:2199737‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCacaaca > 2:1688488‑M1/1‑91 (MQ=255) AAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCTTGGAAAATGATTAGCTGTGTGCTGTTCTGTtccacaagaa < 2:3811362‑M1/91‑4 (MQ=255) AAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCAcaacaa < 1:2991580‑M1/91‑1 (MQ=255) AATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAAt < 2:609238‑M1/91‑1 (MQ=255) tgagcacaggcaagggcgacctgatgctcatttttTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAAtct > 2:3935026‑M2/36‑90 (MQ=255) tgagcacaggcaagggcgacctgatgctcatttttTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCa > 1:2013921‑M2/36‑91 (MQ=255) 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tttttTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCt > 1:1205045‑M2/6‑91 (MQ=255) tttTTATTTTTTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTg > 2:3546142‑M2/4‑91 (MQ=255) tTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGtt > 1:475850‑M2/2‑91 (MQ=255) ttAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGttt < 2:3461974/91‑1 (MQ=255) ttAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGttt < 2:1380163/91‑1 (MQ=255) ttAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGttt < 1:2361744/91‑1 (MQ=255) | ACGAATTAGTCGTAAAAGGTAAATAACGACACTTTAACATATCGCGCATCAAAAATGAGCATCAGGTCGCCCTTGCCTGTGCTCATTTTTTTAATTATTTCCCTGGAAAATGATTCGCTGTGTGCTGTTCTGTTCCACAACAATCACGATTAATGTCACATGTACCACATTTTCCTTGTTT > USA300TCH1516_ALE/2687421‑2687601 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |