New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2693368 = | 148 (0.730) | 33 (0.190) | 13/136 | NT | 20.3% | intergenic (+39/+317) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
? | USA300TCH1516_ALE | 2693417 = | 134 (0.780) | intergenic (+88/+268) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
AGTTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAACGTGTAC‑ACTATCGTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2693469‑2693368 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑actatcgtttttTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTT > USA300TCH1516_ALE/2693417‑2693506 AGTTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAACGTGTAC‑A < 1:1302324/91‑1 GTTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAACGTGTAC‑AC < 1:3792409/91‑1 TTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAACGTGTAC‑ACT < 2:1865199/91‑1 TTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAACGTGTAC‑ACT < 2:3393423/91‑1 TTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAACGTGTAC‑ACT < 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1:1840896/1‑91 AACGATAGTAGTACACGAATTCATTAACGTGTAC‑ACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACA > 1:1840897/1‑91 CGATAGTAGTACACGAATTCATTAACGTGTAC‑ACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACA > 2:2526148/1‑91 GATAGTAGTACACGAATTCATTAACGTGTAC‑ACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACAT > 1:2245456/1‑91 GATAGTAGTACACGAATTCATTAACGTGTAC‑ACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACAT > 1:3093373/1‑91 ATAGTAGTACACGAATTCATTAACGTGTAC‑ACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATA > 1:1228456/1‑91 AGTAGTACACGAATTCATTAACGTGTAC‑ACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTCTCGCTCTTAAAACAACTGCTACACAACCCATcac > 2:1953305/1‑88 AGTAGTACACGAATTCATTAACGTGTAC‑ACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATATACAACACATAAA > 2:1084937/1‑91 AGTAGTACACGAATTCATTAACGTGTAC‑ACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAA > 2:1952734/1‑91 AGTAGTACACGAATTCATTAACGTGTAC‑ACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAA > 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AGTTTATGTGTTGTGTATCAGTTGTTTTAATAGCGATAAGCACGATAAAAATAAAAAACGATAGTAGTACACGAATTCATTAACGTGTAC‑ACTATCGTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2693469‑2693368 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑actatcgtttttTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTT > USA300TCH1516_ALE/2693417‑2693506 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |