| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2693368 = | 148 (0.730) | 33 (0.190) | 13/136 | NT | 20.3% | intergenic (+39/+317) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2693417 = | 134 (0.780) | intergenic (+88/+268) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase | |||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
TAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTATCTAAATGACTTTG > USA300TCH1516_ALE/2693327‑2693507 | tagtagATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGtttttt > 1:3099665/1‑91 (MQ=255)tagtagATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGtttttt > 1:1449811/1‑91 (MQ=255) agATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttattt < 1:60213/91‑1 (MQ=255) gagaAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTttttatttttat < 1:130702/91‑1 (MQ=255) agaAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATc < 1:2113929/91‑1 (MQ=255) gaAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCg > 1:329704/1‑91 (MQ=255) aCTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGc < 1:1434173/91‑1 (MQ=255) aCTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGc > 1:3918984/1‑91 (MQ=255) cTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTACTGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCTTGCt > 2:3468269/1‑91 (MQ=255) cTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCt > 1:2986163/1‑91 (MQ=255) tCATGAGCGTTACCAACAGTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCtt < 1:3758744/91‑1 (MQ=255) aTGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTAt > 1:2595531/1‑91 (MQ=255) gAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCg > 2:3959536/1‑91 (MQ=255) gAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCg > 1:2073082/1‑91 (MQ=255) aGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGc > 2:2434111/1‑91 (MQ=255) gCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCt > 2:482241/1‑91 (MQ=255) cGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTa < 1:949316/91‑1 (MQ=255) cGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTa < 1:2259443/91‑1 (MQ=255) gTTACCATCATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTAt < 1:1963457/91‑1 (MQ=255) gTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTAt < 1:312885/91‑1 (MQ=255) gTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTAt < 1:184268/91‑1 (MQ=255) gTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTAt < 2:2231902/91‑1 (MQ=255) 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ccAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTaaa < 1:1361606/91‑1 (MQ=255) aaCATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAaac < 1:2051536/91‑1 (MQ=255) aaCATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAaac < 2:1203906/91‑1 (MQ=255) aaCATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAaac > 2:666160/1‑91 (MQ=255) cATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAaacaa < 1:691250/91‑1 (MQ=255) aTTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAaacaac > 1:362001/1‑91 (MQ=255) ttCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACt > 1:1158130/1‑91 (MQ=255) tCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTg < 1:701848/91‑1 (MQ=255) ataataAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGAt > 2:186644/1‑91 (MQ=255) taataaAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATa > 2:3948725/1‑91 (MQ=255) taataaAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATa > 2:906484/1‑91 (MQ=255) taataaAAACGATAGTGTACAAGTTAATAAATTCGTATAATACTATCATTTATTATTTTTATCATACTTATCACTATTAAAAAAACAGATa > 2:906713/1‑91 (MQ=255) aataaAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATac > 1:3746107/1‑91 (MQ=255) aataaAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATac > 2:2090880/1‑91 (MQ=255) taaAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATacac < 2:3394363/91‑1 (MQ=255) taaAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATacac < 2:3600969/91‑1 (MQ=255) aaaaaacgatagtagtacacgaattcattaacgtgtacactatcgtttttTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATacac > 2:3351935‑M2/51‑91 (MQ=255) aaaacgatagtagtacacgaattcattaacgtgtacactatcgtttttTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATacacaa > 1:1613600‑M2/49‑91 (MQ=255) AAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATacacaa > 1:2971854‑M1/1‑91 (MQ=255) AAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAATAACTGATacacaac < 2:2748975‑M1/91‑1 (MQ=255) AAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATacacaac > 1:2022880‑M1/1‑91 (MQ=255) aacgatagtagtacacgaattcattaacgtgtacactatcgtttttTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATacacaaca > 1:1840897‑M2/47‑91 (MQ=255) CGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTgatacacaacgca > 2:1070385‑M1/1‑88 (MQ=255) TAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATaa < 2:3541214‑M1/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |