| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2699622 = | 78 (0.380) | 12 (0.070) | 6/140 | NT | 12.4% | intergenic (+29/+61) | copZ/ldhD_2 | Copper chaperone CopZ/D‑lactate dehydrogenase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2699690 = | 101 (0.570) | coding (992/999 nt) | ldhD_2 | D‑lactate dehydrogenase | |||||
GTATTGCAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTTTAATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2699721‑2699622‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttttaatttACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTCAGTAT > USA300TCH1516_ALE/2699690‑2699777 GTATTGCAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATT > 2:3032213/1‑91GTATTGCAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATT < 2:3324880/91‑1GTATTGCAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATT > 1:1948689/1‑91 TATTGCAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTT < 1:3547037/91‑1 TATTGCAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTT < 2:2232555/91‑1 TATTGCAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTT > 2:2594390/1‑91 agTGCAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATGAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTT < 1:1402082/89‑1 ATTGCAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTT > 2:966154/1‑91 ATTGCAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTT < 1:151994/91‑1 TTGCAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTT < 1:1383734/91‑1 TTGCAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTT < 2:1408686/91‑1 TTGCAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTT > 1:343153/1‑91 TTGCAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTT < 1:3528356/91‑1 TTGCAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTT < 1:3528403/91‑1 TTGCAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAAGCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTT < 2:3586760/91‑1 TGCAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGGGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTTT < 1:1260707/91‑1 TGCAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTTT < 2:183023/91‑1 GCAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTTTA < 1:90188/91‑1 GCAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTTTA < 1:3417852/91‑1 GCAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTTTA < 1:90019/91‑1 CAGACTTGTGATACTAGGTTACGAGTAAAGTAAAAGTCGGACTGATTAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTTTAA < 2:3693169/91‑1 CAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTTTAA < 2:3693260/91‑1 CAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTTTAA < 1:1176685/91‑1 AGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTTTAAT < 1:881728/91‑1 AGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTTTAAT < 1:2959598/91‑1 GACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTTTAATT < 2:1213905/91‑1 GACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTTTAATT < 2:1213981/91‑1 ACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTTTAATTT > 2:514603/1‑91 AAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCA > 2:2268729/1‑91 AAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAAT > 2:920426/1‑91 CTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGA‑TTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAAT > 1:494174/1‑91 CTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGA‑TTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAAT > 1:494033/1‑91 GATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGA‑TTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGT > 1:2267845/1‑91 ATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGT > 1:998601/1‑91 ATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGA‑TTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTT > 2:1603662/1‑91 AGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGC > 1:1332687/1‑91 GATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCA > 1:980673/1‑91 GATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGA‑TTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCAT > 2:844159/1‑91 ATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCAT > 1:1207088/1‑91 ATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGA‑TTTTTAACTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATC > 1:3422827/1‑91 TTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTT > 1:2724263/1‑91 TTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTC > 1:575704/1‑91 TTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTC < 1:2687591/91‑1 TTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTCA > 2:401512/1‑91 TTAATGGACTCGTAACCTAGTAGGACCAGTCGGCAATACAGCTAATGTTGCATCTGATGCAGCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTCA < 2:1756268/91‑1 TAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTCAG > 1:2390255/1‑91 TAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTCAG > 1:2159682/1‑91 TAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTCAG > 2:2098251/1‑91 AATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTCAGT < 1:2793135/91‑1 ATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTCAGTA < 1:2398319/91‑1 ATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTCAGTA > 2:1997501/1‑91 TTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTCAGTAT < 1:2948139/91‑1 GTATTGCAGACTGGAGATACTAGGTTACGAGTAAATTAAAAATCGAACTGATGAGATAATTTGGATTGTTGGGATTCTCATCAGTTCGATTTTTTAATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2699721‑2699622‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttttaatttACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTCAGTAT > USA300TCH1516_ALE/2699690‑2699777 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |