| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2731249 = | 175 (0.860) | 27 (0.150) | 8/138 | NT | 16.3% | intergenic (+45/+36) | USA300HOU_RS14055/USA300HOU_RS14060 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2731282 = | 126 (0.720) | intergenic (+78/+3) | USA300HOU_RS14055/USA300HOU_RS14060 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
TAATAAGGCATTTTAATACGATTGTCAATCAAGGGCCAGCAACGATAATTAAAAATATACAATAAAATAAGGCAAGCCATGAATCGAGAGTGGCTTGCCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2731349‑2731249‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCTATACGGTT > USA300TCH1516_ALE/2731282‑2731371 TAATAAGGCATTTTAATACGATTGTCAATCAAGGGCCAGCAACGATAATTAAAAATATACAATAAAATAAGGCAAGCCATGAATCGAGAGT > 1:276302/1‑91 AATAAGGCATTTTAATACGATTGTCAATCAAGGGCCAGCAACGATAATTAAAAATATACAATAAAATAAGGCAAGCCATGAGTCGAGAGTG < 1:1980064/91‑1 AATAAGGCATTTTAATACGATTGTCAATCAAGGGCCAGCAACGATAATTAAAAATATACAATAAAATAAGGCAAGCCATGAATCGAGAGTG > 1:1276003/1‑91 AATAAGGCATTTTAATACGATTGTCAATCAAGGGCCAGCAACGATAATTAAAAATATACAATAAAATAAGGCAAGCCATGAATCGAGAGTG < 2:1786701/91‑1 ATAAGGCATTTTAATACGATTGTCAATCAAGGGCCAGCAACGATAATTAAAAATATACAATAAAATAAGGCAAGCCATGAATCGAGAGTGG < 1:2077009/91‑1 ATAAGGCATTTTAATACGATTGTCAATCAAGGGCCAGCAACGATAATTAAAAATATACAATAAAATAAGGCAAGCCATGAATCGAGAGTGG < 1:1571776/91‑1 ATAAGGCATTTTAATACGATTGTCAATCAAGGGCCAGCAACGATAATTAAAAATATACAATAAAATAAGGCAAGCCATGAATCGAGAGTGG < 1:1500447/91‑1 ATAAGGCATTTTAATACGATTGTCAATCAAGGGCCAGCAACGATAATTAAAAATATACAATAAAATAAGGCAAGCCATGAATCGAGAGTGG < 1:3649048/91‑1 TAAGGCATTTTAATACGATTGTCAATCAAGGGCCAGCAACGATAATTAAAAATATACAATAAAATAAGGCAAGCCATGAATCGAGAGTGGC < 2:1065780/91‑1 TAAGGCATTTTAATACGATTGTCAATCAAGGGCCAGCAACGATAATTAAAAATATACAATAAAATAAGGCAAGCCATGAATCGAGAGTGGC < 1:1908946/91‑1 TAAGGCATTTTAATACGATTGTCAATCAAGGGCCAGCAACGATAATTAAAAATATACAATAAAATAAGGCAAGCCATGAATCGAGAGTGGC < 1:2076831/91‑1 AAGGCATTTTAATACGATTGTCAATCAAGGGCCAGCAACGATAATTAAAAATATACAATAAAATAAGGCAAGCCATGAATCGAGAGTGGCT < 2:3247687/91‑1 AGGCATTTTAATACGATTGTCAATCAAGGGCCAGCAACGATAATTAAAAATATACAATAAAATAAGGCAAGCCATGAATCGAGAGTGGCTT > 1:2249725/1‑91 AGGCATTTTAATACGATTGTCAATCAAGGACCAGCAACGATAATTAAAAATATACAATAAAATAAGGCAAGCCATGAATCGAGAGTGGCTT < 1:3173055/91‑1 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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |