| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2731249 = | 175 (0.860) | 27 (0.150) | 8/138 | NT | 16.3% | intergenic (+45/+36) | USA300HOU_RS14055/USA300HOU_RS14060 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2731282 = | 126 (0.720) | intergenic (+78/+3) | USA300HOU_RS14055/USA300HOU_RS14060 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
TCGTTGGATGTTACATGGTCAAGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAA > USA300TCH1516_ALE/2731159‑2731339 | tCGTTGGATGTTACATGGTCAAGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAgca > 1:1326090/1‑91 (MQ=255)aaccgtatagacaaagttgacttaataaggcattttaatacgattgtcaatcaagggccagcaacgataattaaaaatatacaataaaata > 2:2718458‑M1/91‑91 (MQ=255) accgtatagacaaagttgacttaataaggcattttaatacgattgtcaatcaagggccagcaacgataattaaaaatatacaataaaataa < 2:1747232‑M1/2‑1 (MQ=255) accgtatagacaaagttgacttaataaggcattttaatacgattgtcaatcaagggccagcaacgataattaaaaatatacaataaaataa < 2:2514752‑M1/2‑1 (MQ=255) accgtatagacaaagttgacttaataaggcattttaatacgattgtcaatcaagggccagcaacgataattaaaaatatacaataaaataa > 2:3551471‑M1/90‑91 (MQ=255) ttGGATGTTACATGGTCAAGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAgcaagg > 2:2071285/1‑91 (MQ=255) cgtatagacaaagttgacttaataaggcattttaatacgattgtcaatcaagggccagcaacgataattaaaaatatacaataaaatAAgg > 2:1898786‑M1/88‑91 (MQ=255) aggATGTTACATGGGCAAGACTATACTGCGATCCAACAATAATGTTATTGAGAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATGTAgcaaggc < 2:918005/90‑1 (MQ=255) tatagacaaagttgacttaataaggcattttaatacgattgtcaatcaagggccagcaacgataattaaaaatatacaataaaatAAGGCa < 2:2661953‑M1/6‑1 (MQ=255) ggATGTTACATGGTCAAGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAgcaaggca > 2:3491857/1‑91 (MQ=255) gATGTTACATGGTCAAGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAgcaaggcaa < 2:1418980/91‑1 (MQ=255) atagacaaagttgacttaataaggcattttaatacgattgtcaatcaagggccagcaacgataattaaaaatatacaataaaatAAGGCaa < 1:59021‑M1/7‑1 (MQ=255) tGTTACATGGTCAAGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGc < 1:930848/91‑1 (MQ=255) agacaaagttgacttaataaggcattttaatacgattgtcaatcaagggccagcaacgataattaaaaatatacaataaaatAAGGCAAGc < 1:3350587‑M1/9‑1 (MQ=255) gacaaagttgacttaataaggcattttaatacgattgtcaatcaagggccagcaacgataattaaaaatatacaataaaatAAGGCAAGcc < 1:1634160‑M1/10‑1 (MQ=255) gacaaagttgacttaataaggcattttaatacgattgtcaatcaagggccagcaacgataattaaaaatatacaataaaatAAGGCAAGcc < 1:2942405‑M1/10‑1 (MQ=255) gacaaagttgacttaataaggcattttaatacgattgtcaatcaagggccagcaacgataattaaaaatatacaataaaatAAGGCAAGcc > 2:1019200‑M1/82‑91 (MQ=255) gacaaagttgacttaataaggcattttaatacgattggcaatcaagggccagcaacgataattaaaaatatacaataaaatAAGGCAAGcc > 2:3580824‑M1/82‑91 (MQ=255) gacaaagtcgacttcataaggcattttaatccgattgtcaatcaagggccagcaacgataattaaaaatatacaatcaaatAAGGCAAGcc < 2:1568344‑M1/10‑1 (MQ=255) acaaagttgacttaataaggcattttaatacgattgtcaatcaagggccagcaacgataattaaaaatatacaataaaatAAGGCAAGCCa > 2:1686793‑M1/81‑91 (MQ=255) tACATGGTCAAGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCAc < 1:3631827/91‑1 (MQ=255) cATGGTCAAGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCActc > 2:3167310/1‑91 (MQ=255) cATGGTCAAGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCActc < 2:781307/91‑1 (MQ=255) cATGGTCAAGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCActc < 2:166023/91‑1 (MQ=255) cATGCTCAAGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCActc < 1:2038562/91‑1 (MQ=255) ttGGTCAAGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCActct < 2:3754547/90‑1 (MQ=255) aTGGTCAAGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCActct < 1:386508/91‑1 (MQ=255) ggTCAAGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCg < 2:2317616/91‑1 (MQ=255) tCAAGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGAt < 1:3776678/91‑1 (MQ=255) cAAGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGAtt < 2:2859364/91‑1 (MQ=255) cAAGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGAtt > 1:2257190/1‑91 (MQ=255) aaGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTc > 2:2760648/1‑91 (MQ=255) aaGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTc > 2:2760477/1‑91 (MQ=255) aaGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTc < 2:2268674/91‑1 (MQ=255) aaGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTc < 1:3854632/91‑1 (MQ=255) ttagtaaggcattttaatacgattgccaatcaagggccagcaacgataattaaaaagatacaataaaatAAGGCAAGCCACTCTCGATTCa > 2:2616556‑M1/70‑91 (MQ=255) ttaataaggcattttaatacgattgtcaatcaagggccagcaacgataattaaaaatatacaataaaatAAGGCAAGCCACTCTCGATTCa > 2:647951‑M1/70‑91 (MQ=255) ttaataaggcattttaatacgattgtcaatcaagggccagcaacgataattaaaaatatacaataaaatAAGGCAAGCCACTCTCGATTCa > 2:1307103‑M1/70‑91 (MQ=255) ttaataaggcattttaatacgattgtcaatcaagggccagcaacgataattaaaaatatacaataaaatAAGGCAAGCCACTCTCGATTCa > 2:2052639‑M1/70‑91 (MQ=255) ttaataaggcattttaatacgattgtcaatcaagggccagcaacgataattaaaaatatacaataaaatAAGGCAAGCCACTCTCGATTCa > 1:1420659‑M1/70‑91 (MQ=255) ttaataaggcatttgaatacgattgacgaccaagggccagcaacgataattaaaaatatacaataaaatAAGGCAGGCCACTCTCGATTCa > 2:1239258‑M1/70‑91 (MQ=255) aGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCa > 1:1479223/1‑91 (MQ=255) taataaggcattttaatacgattgtcaatcaagggccagcaacgataattaaaaatatacaataaaatAAGGCAAGCCACTCTCGATTCAt > 1:956225‑M1/69‑91 (MQ=255) gACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCAt > 1:2009711/1‑91 (MQ=255) taCTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCtt > 1:1768651/1‑91 (MQ=255) aCTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTg < 2:2435674/91‑1 (MQ=255) aCTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTg < 2:3041388/91‑1 (MQ=255) cTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGc < 1:91437/91‑1 (MQ=255) cTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGc > 2:3801898/1‑91 (MQ=255) cTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGc > 1:3146380/1‑91 (MQ=255) tGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGcc < 1:608510/91‑1 (MQ=255) tGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGcc > 1:1918847/1‑91 (MQ=255) tGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGcc < 2:3157242/91‑1 (MQ=255) gCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCt < 1:1011395/91‑1 (MQ=255) gCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCt < 1:2139385/91‑1 (MQ=255) tCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCttatt < 1:265805/91‑1 (MQ=255) tCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCttatt > 1:1094505/1‑91 (MQ=255) caacaaTAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCttatttt > 2:1709883/1‑91 (MQ=255) tacgattgtcaatcaagggccagcaacgataattaaaaatatacaataaaatAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCttatttta > 1:1236326‑M1/53‑91 (MQ=255) aacaaTAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCttatttta > 1:1753967/1‑91 (MQ=255) acaaTAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCttattttat > 1:1605285/1‑91 (MQ=255) caaTAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCttattttatt > 2:1194245/1‑91 (MQ=255) caaTAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCttattttatt < 2:1907279/91‑1 (MQ=255) caaTAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCttattttatt > 1:2494744/1‑91 (MQ=255) aataatGTTATTGATCAAGATGTCATTTAATAAGCGTATGTTGTTTAGCGAGGCGAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTg < 2:3325851/91‑1 (MQ=255) aataatGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTg > 2:1436053/1‑91 (MQ=255) aatGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGtat > 1:3878278/1‑91 (MQ=255) atGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGtata > 2:1812137/1‑91 (MQ=255) gTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTCTTGTATAtt > 1:72604/1‑91 (MQ=255) gTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATAtt > 2:707914/1‑91 (MQ=255) gTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATAtt > 2:3417504/1‑91 (MQ=255) aTTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATAttttt > 1:2324092/1‑91 (MQ=255) aTTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATAttttt > 2:3260787/1‑91 (MQ=255) ttGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTa < 1:1408155/91‑1 (MQ=255) gATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAAt > 1:1222199/1‑91 (MQ=255) tAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTa > 1:2796589/1‑91 (MQ=255) aaGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATc < 1:2534572/91‑1 (MQ=255) gATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGt > 2:589746/1‑91 (MQ=255) gATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGt > 2:3350587/1‑91 (MQ=255) atatCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGtt < 1:355258/91‑1 (MQ=255) atatCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGtt < 2:1319870/91‑1 (MQ=255) tCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCt < 2:1947063/91‑1 (MQ=255) tCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCt < 2:3923904/91‑1 (MQ=255) tCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCt > 2:3104495/1‑91 (MQ=255) aTTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTgg < 1:1177452/91‑1 (MQ=255) tttAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGc < 1:3118658/91‑1 (MQ=255) taataaGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGccc < 2:1606855/91‑1 (MQ=255) ataaGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCtt > 1:2682185/1‑91 (MQ=255) taaGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttg < 1:3200465/91‑1 (MQ=255) taaGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttg > 1:3892033/1‑91 (MQ=255) aaGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttga < 1:904595/91‑1 (MQ=255) aGCTTATGTTATTTTGCTAGGCAAGCCACTCTCGATACTTGGCTTGCCTTATTTTATTCTATATTTTTATTTATCGTTGCTGGCCCtggat < 2:2132035/91‑1 (MQ=255) gCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttgatt > 2:485720/1‑91 (MQ=255) cTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttgattg < 2:1835642/91‑1 (MQ=255) cTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttgattg < 1:2172101/91‑1 (MQ=255) aTTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGt > 1:1487263/1‑91 (MQ=255) tttAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTa < 2:2020959/91‑1 (MQ=255) ttAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATCGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTTACAATCGTAt > 2:118141/1‑91 (MQ=255) caaggcaagCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTaaa < 1:1524995/91‑1 (MQ=255) AAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTaaaa > 1:150471‑M1/1‑91 (MQ=255) | TCGTTGGATGTTACATGGTCAAGACTATACTGCAATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAA > USA300TCH1516_ALE/2731159‑2731339 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |