BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	2731249 =	175 (0.860)	27 (0.150)	8/138	NT	16.3%	intergenic (+45/+36)	USA300HOU_RS14055/USA300HOU_RS14060	hypothetical protein/hypothetical protein
*	?	USA300TCH1516_ALE	2731282 =	126 (0.720)	27 (0.150)	8/138	NT	16.3%	intergenic (+78/+3)	USA300HOU_RS14055/USA300HOU_RS14060	hypothetical protein/hypothetical protein

Only 100 of 236 total aligned reads displayed.

ATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCTATACGGTTT  >  USA300TCH1516_ALE/2731193‑2731372

aTCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCttat                                                                                           >  1:2651518/1‑91 (MQ=255)

 tCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCttatt                                                                                          >  1:1094505/1‑91 (MQ=255)

  ccAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCttattt                                                                                         <  2:2176342/91‑1 (MQ=255)

    aacaaTAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCttatttta                                                                                       >  1:1753967/1‑91 (MQ=255)

     acaaTAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCcttatcttat                                                                                      >  1:1187498/1‑91 (MQ=255)

      caaTAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCttattttatt                                                                                     >  2:1194245/1‑91 (MQ=255)

      caaTAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCttattttatt                                                                                     <  2:1907229/91‑1 (MQ=255)

         taatGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGta                                                                                  <  1:1973945/91‑1 (MQ=255)

         taagGTTAATGATAAAGAAATCATATAATAGGCTTATGTTATTTAGGAAGGCAAGCCACTCTAGGTTCATAGGTTGACTTATTTTAATGta                                                                                  <  2:1563771/91‑1 (MQ=255)

          aatGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGtat                                                                                 >  1:3878278/1‑91 (MQ=255)

          aatGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGtat                                                                                 >  2:1597684/1‑91 (MQ=255)

             gTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATAtt                                                                              <  1:3391758/91‑1 (MQ=255)

             gTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATAtt                                                                              >  2:707914/1‑91 (MQ=255)

              ttATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATAttt                                                                             >  2:2385949/1‑91 (MQ=255)

              ttATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATAttt                                                                             <  2:1785982/91‑1 (MQ=255)

                aTTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATAttttt                                                                           >  1:1304176/1‑91 (MQ=255)

                  tGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTaa                                                                         >  2:1634160/1‑91 (MQ=255)

                     tAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTa                                                                      >  1:2796589/1‑91 (MQ=255)

                       aaGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATc                                                                    <  2:3165345/91‑1 (MQ=255)

                       aaGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATc                                                                    >  2:3409091/1‑91 (MQ=255)

                         gATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGt                                                                  >  2:3350587/1‑91 (MQ=255)

                          atatCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGtt                                                                 <  2:1319870/91‑1 (MQ=255)

                          atatCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGtt                                                                 <  1:355258/91‑1 (MQ=255)

                             tCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCt                                                              <  2:3497524/91‑1 (MQ=255)

                             tCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCt                                                              >  2:3104495/1‑91 (MQ=255)

                             tCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATCATCGTTGCt                                                              >  1:3787439/1‑91 (MQ=255)

                               gttgaataaGCTTATGTTATTTAGCAAGGGAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTgg                                                            <  2:1915648/87‑1 (MQ=255)

                               gataattaaaaatatacaataaaatAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTgg                                                            >  2:1115864‑M1/26‑91 (MQ=255)

                               aTTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTgg                                                            <  1:1177414/91‑1 (MQ=255)

                                tttAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGc                                                           <  1:3118658/91‑1 (MQ=255)

                                 ttAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGcc                                                          <  1:1872298/91‑1 (MQ=255)

                                   aataaGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCt                                                        >  2:3314634/1‑91 (MQ=255)

                                    ataaGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCtt                                                       >  1:2682185/1‑91 (MQ=255)

                                     taaGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttg                                                      <  1:202650/91‑1 (MQ=255)

                                     taaGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttg                                                      <  1:1493511/91‑1 (MQ=255)

                                     taaGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttg                                                      >  1:3892033/1‑91 (MQ=255)

                                      aaGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttga                                                     <  1:904595/91‑1 (MQ=255)

                                       aGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttgat                                                    <  1:2515753/91‑1 (MQ=255)

                                       aGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCCTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttgat                                                    <  1:581835/91‑1 (MQ=255)

                                        gCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttgatt                                                   >  2:485720/1‑91 (MQ=255)

                                         cTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCttgattg                                                  <  2:1835642/91‑1 (MQ=255)

                                              gTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAAt                                             >  1:1446625/1‑91 (MQ=255)

                                               ttATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATc                                            <  1:207497/91‑1 (MQ=255)

                                                tATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCg                                           <  2:2127910/91‑1 (MQ=255)

                                                  tttAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTa                                         <  2:2020959/91‑1 (MQ=255)

                                                  tttAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATCCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTa                                         >  1:1856021/1‑91 (MQ=255)

                                                  taaaataaggcaagccatgaatcgagagtggcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTa                                         >  1:1236326‑M2/40‑91 (MQ=255)

                                                    tAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTAtt                                       <  1:1232774/91‑1 (MQ=255)

                                                       caaggcaagCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTaaa                                    <  1:1524995/91‑1 (MQ=255)

                                                       cAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGTTTGACAATCgtatttaa                                    <  2:1425058‑M1/90‑4 (MQ=255)

                                                        AAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTaaaa                                   >  1:150319‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                         AGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAAt                                  >  2:2595497‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                          GGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATg                                 >  2:1698289‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                           gcaagccatgaatcgagagtggcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGc                                >  2:2060283‑M2/31‑91 (MQ=255)

                                                            CAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGcc                               >  2:1372968‑M1/1‑91 (MQ=255)

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                                                                CCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCttat                           <  1:1571776‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                CCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCttat                           <  1:3649048‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                  atgaatcgagagtggcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCttatta                         >  1:956225‑M2/24‑91 (MQ=255)

                                                                  ACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCttatta                         >  1:276302‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                                   tgaatcgagagtggcttgccttATTTTATTGTATCTTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGGCAATCGTATTAAAATGCCTTACTaa                        >  2:2616556‑M2/23‑91 (MQ=255)

                                                                   tgaatcgagagtggcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACCATCGGATTAACATGCCTTATTaa                        >  2:3233119‑M2/23‑91 (MQ=255)

                                                                   tgaatcgagagtggcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTaa                        >  1:1420623‑M2/23‑91 (MQ=255)

                                                                   tgaatcgagagtggcctgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGGTCGTCAATCGTATTCAAATGCCTTATTaa                        >  2:1239258‑M2/23‑91 (MQ=255)

                                                                   ctctCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTACTTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTaa                        >  2:2997610/1‑91 (MQ=255)

                                                                   ctctCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTaa                        <  2:2684235/91‑1 (MQ=255)

                                                                    gaatcgagagtggcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAg                       >  1:664483‑M2/22‑91 (MQ=255)

                                                                     ctcGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGt                      <  1:951682/91‑1 (MQ=255)

                                                                     ctcGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGt                      >  2:584362/1‑91 (MQ=255)

                                                                     ctcGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGt                      <  2:663451/91‑1 (MQ=255)

                                                                     ctcGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGt                      <  2:221950/91‑1 (MQ=255)

                                                                     ctcGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGt                      >  1:3924524/1‑91 (MQ=255)

                                                                      tcGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTc                     <  2:1117725/91‑1 (MQ=255)

                                                                      tcGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTc                     >  2:3810223/1‑91 (MQ=255)

                                                                      tcGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTc                     <  2:2659558/91‑1 (MQ=255)

                                                                      tcGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTc                     <  1:2464524/91‑1 (MQ=255)

                                                                      tcGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTc                     >  1:2674386/1‑91 (MQ=255)

                                                                      tcGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTc                     <  2:2645340/91‑1 (MQ=255)

                                                                         aTTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAAc                  <  1:2920201/91‑1 (MQ=255)

                                                                          ttCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACt                 >  2:2663245/1‑91 (MQ=255)

                                                                              tggcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGt             >  2:1686793‑M2/12‑91 (MQ=255)

                                                                               ggcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTc            <  1:1634160‑M2/81‑1 (MQ=255)

                                                                               ggcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTc            >  1:853384‑M2/11‑91 (MQ=255)

                                                                               ggcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTc            >  2:1725790‑M2/11‑91 (MQ=255)

                                                                                gcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCt           <  1:3350587‑M2/82‑1 (MQ=255)

                                                                                gcttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCt           <  1:90663‑M2/82‑1 (MQ=255)

                                                                                gCTAGCCATATTTTATTTTATAGTTCTAATGATCGTTGCTCGCCTTTGATTGAAAATCGTATTAAAATGCCTTCTAAAGTCAACGTTGTcg           <  2:589128/91‑2 (MQ=255)

                                                                                 cttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCta          <  2:1859257‑M2/83‑1 (MQ=255)

                                                                                  ttgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCtat         <  1:59129‑M2/84‑1 (MQ=255)

                                                                                   tgccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCtata        >  1:2232111‑M2/7‑91 (MQ=255)

                                                                                    gccttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCTATAc       >  1:216497‑M2/6‑91 (MQ=255)

                                                                                       ttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCTATACGGt    <  2:1747232‑M2/89‑1 (MQ=255)

                                                                                       ttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCTATACGGt    <  1:1421719‑M2/89‑1 (MQ=255)

                                                                                       ttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCTATACGGt    >  2:3551471‑M2/3‑91 (MQ=255)

                                                                                       ttATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCTATACGGt    <  1:2250533‑M2/89‑1 (MQ=255)

                                                                                         attttattGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTGAAATGCCTTCTTAAGTCAACTTTGTCTATACGGttt  >  2:2732351/1‑91 (MQ=255)

                                                                                         attttattGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCTATACGGttt  >  2:1289236/1‑91 (MQ=255)

                                                                                         attttattGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCTATACGGttt  >  2:2338024/1‑91 (MQ=255)

ATCCAACAATAATGTTATTGATAAAGATATCATTTAATAAGCTTATGTTATTTAGCAAGGCAAGCCACTCTCGATTCATGGCTTGCCTTATTTTATTGTATATTTTTAATTATCGTTGCTGGCCCTTGATTGACAATCGTATTAAAATGCCTTATTAAGTCAACTTTGTCTATACGGTTT  >  USA300TCH1516_ALE/2731193‑2731372

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.