| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2740966 = | 122 (0.600) | 33 (0.200) | 16/132 | NT | 23.6% | intergenic (+8/+73) | yhdG_2/USA300HOU_RS14115 | putative amino acid permease YhdG/Isoleucine 2‑epimerase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2741016 = | 113 (0.670) | intergenic (+58/+23) | yhdG_2/USA300HOU_RS14115 | putative amino acid permease YhdG/Isoleucine 2‑epimerase | |||||
AATATGACATATCTGGACAAGGTTGGTAATAGCGATTATCTTAATATAAAATAAAAAATCATTTCCACATCTGGATGTTAATCAGATG‑GGAAATGA‑‑TTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2741067‑2740966‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggaaatga‑‑ttttttATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCTTCCAAAGCAGTCAGTGCATCT > USA300TCH1516_ALE/2741016‑2741105 AATATGACATATCTGGACAAGGTTGGTAATAGCGATTATCTTAATATAAAATAAAAAATCATTTCCACATCTGGATGTTAATCAGATG‑GGA < 2:2796452/91‑1AATATGACATATCTGGACAAGGTTGGTAATAGCGATTATCTTAATATAAAATAAAAAATCATTTCCACATCTGGATGTTAATCAGATG‑GGA < 2:2392490/91‑1AATATGACATATCTGGACAAGGTTGGTAATAGCGATTATCTTAATATAAAATAAAAAATCATTTCCACATCTGGATGTTAATCAGATG‑GGA < 1:2056143/91‑1AATATGACATATCTGGACAAGGTTGGTAATAGCGATTATCTTAATATAAAATAAAAAATCATTTCCACATCTGGATGTTAATCAGATG‑GGA > 1:527216/1‑91AATATGACATATCTGGACAAGGTTGGGAATAGCGATTATGTTAGTATAAGATGAAAAATCATTTCCACATCTGGATGTTAATCAGATG‑GGA < 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2:353081/1‑91 TCCACATCTGGATGTTAATCAGATG‑GGAAATGA‑‑TTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATT > 2:2381868/1‑91 CACATCTGGATGTTAATCAGATG‑GGAAATGA‑‑TTTTTTCTTCTTTATTATGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGt > 2:3251165/1‑90 CACATCTGGATGTTAATCAGATG‑GGAAATGA‑‑TTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATGTGTCATATTGA > 1:3584081/1‑91 CACAGCTGGATGTTAATCAGATG‑GGAAATGA‑‑TTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATACTGA > 1:3119429/1‑91 ACATCTGGATGTTAATCAGATG‑GGAAATGATTTTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATCTGTCATATTG > 2:1112238/1‑91 ACATCTGGATGTTAATCAGATG‑GGAAATGATTTTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTG > 1:3113070/1‑91 ACATCTGGATGTTAATCAGATG‑GGAAATGA‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTAAGATAATCGCTATTACTAACCTTTTCCTGTTATGTCATATTGAT > 2:2640253/1‑91 CATCTGGATGTTAATCAGATG‑GGAAATGA‑‑TTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTTTCCAGATATGTCATATTGATC > 2:3865160/1‑91 TCTGGATGTTAATCAGATG‑GGAAATGAT‑TTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCCGATATGTCATATTGATCT > 2:2402662/1‑91 CTGGATGTTAATCAGATG‑GGAAATGATTTTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCT > 1:3631022/1‑91 CTGGATGTTAATCAGATG‑GGAAATGA‑‑TTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAA > 1:656290/1‑91 CTGGATGTTAATCAGATG‑GGAAATGA‑‑TTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAA > 2:2007922/1‑91 CTGGATGTTAATCAGATG‑GGAAATGA‑‑TTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAA > 1:3472974/1‑91 TGGATGTTAATCAGATG‑GGAAATGA‑‑TTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAG > 1:2697078/1‑91 TGTTAATCAGATGTGGAAATGA‑‑TTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTA > 1:476530/1‑91 GGAAATGA‑‑TTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCATATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCTTCCAAAGC < 1:3333748/91‑1 GGAAATGA‑‑TTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCTTCCAAAGC > 1:3453350/1‑91 GGAAATGA‑‑TTTTTTATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCTTCCAAAGC 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AATATGACATATCTGGACAAGGTTGGTAATAGCGATTATCTTAATATAAAATAAAAAATCATTTCCACATCTGGATGTTAATCAGATG‑GGAAATGA‑‑TTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2741067‑2740966‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggaaatga‑‑ttttttATTTTATATTAAGATAATCGCTATTACCAACCTTGTCCAGATATGTCATATTGATCTAAGTTACCTGCTTCCAAAGCAGTCAGTGCATCT > USA300TCH1516_ALE/2741016‑2741105 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |