| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2744105 = | 172 (0.840) | 10 (0.060) | 7/140 | NT | 6.8% | intergenic (+42/+151) | fda/mqo2 | Fructose‑bisphosphate aldolase class 1/putative malate:quinone oxidoreductase 2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2744143 = | 124 (0.700) | intergenic (+80/+113) | fda/mqo2 | Fructose‑bisphosphate aldolase class 1/putative malate:quinone oxidoreductase 2 | |||||
TCAGCTGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATGAGT‑C‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2744204‑2744105‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtatgagt‑cTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTGTCCGA > USA300TCH1516_ALE/2744143‑2744233 TCAGCTGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACAT > 2:1547165/1‑91TCAGCTGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACAT > 2:821008/1‑91TCAGCTGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACAT > 2:857411/1‑91TCAGCTGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACAT > 1:256815/1‑91TCAGCTGTCCGA‑TTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATG > 1:2514737/1‑91 CAGCTGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTAAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATG < 2:3664492/91‑1 CAGCTGTCCGATCTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACATAAAAAAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATG < 2:3664932/91‑1 AGCTGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGT > 1:791933/1‑91 AGCTGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGT > 2:579389/1‑91 GCTGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTA < 1:3941607/91‑1 GCTGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTA > 2:3358004/1‑91 CTGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATATGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTAT < 1:3356105/91‑1 CTGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTAT < 1:1804620/91‑1 CTGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTAT < 1:1379868/91‑1 CTGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTAT > 2:1621795/1‑91 CTGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTAT > 1:3108296/1‑91 CTGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTAT > 1:183594/1‑91 CTGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTAT > 2:3460903/1‑91 CTGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTAT > 1:183836/1‑91 CTGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTAT > 2:3460793/1‑91 TGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATG < 1:1250214/91‑1 TGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATG < 1:1250070/91‑1 TGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATG < 1:444554/91‑1 TGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATG < 2:1698405/91‑1 TGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATG < 1:3246959/91‑1 TGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATG < 2:1736416/91‑1 TGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATG < 2:1817324/91‑1 TGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACATTAAACAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATG < 2:2642975/91‑1 TGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACAAAAAACAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATG < 2:1873542/91‑1 GTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATGA > 2:2640670/1‑91 TCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATGAG < 2:2435664/91‑1 TCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATGAG < 2:716223/91‑1 CCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATGAGT > 1:3711216/1‑91 CCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATGAGT > 1:3711288/1‑91 CCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATGAGT > 1:2531311/1‑91 CGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATGAGT‑C > 2:1484010/1‑91 AAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATGAGT‑CCTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAA > 1:16461/1‑91 ACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATGAGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGG > 2:3130398/1‑91 ACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATGAGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGG > 2:3821898/1‑91 ACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATGAGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGG > 1:1150479/1‑91 TCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATGAGTCCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGA > 1:1083075/1‑91 CATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATGAGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACA > 2:3413231/1‑91 CATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATGAGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACA > 1:1473005/1‑91 ATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATGAGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAG > 1:3534714/1‑91 ACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATGAGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCT > 1:1849975/1‑91 GCCTTTAAAGCACATGTATGAGT‑CCTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAAT > 2:2306834/1‑91 GTATGAGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTTATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAACTGAGAAATCTTAAAGATTTTTCA < 1:2902286/91‑1 GTATGAGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCA > 1:2238336/1‑91 TATGAGT‑CTTTTTTTTTTTTTTTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAG > 2:3040757/1‑91 TATGAGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAACAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCct > 2:3918709/1‑89 TATGAGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCcg > 1:1477425/1‑89 TATGAGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAACTGAGAAATCTTAAAGATTTTTCAG < 1:3464904/91‑1 TATGAGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAACTAAGAAATCTTAAAGATTTTTCAG < 2:3309655/91‑1 TATGAGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATCTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAACTGAGAAATCTTAAAGATTTTTCAG < 2:1072888/91‑1 ATGAGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGT > 1:1472752/1‑91 ATGAGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGT > 1:3143199/1‑91 ATGAGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGT > 2:1752006/1‑91 ATGAGT‑CTTATTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGT < 1:3787543/91‑1 TGAGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTT > 2:2070421/1‑91 TGAGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTT < 1:123389/91‑1 GAGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAACTGAGAAATCTTAAAGATTTTTCAGCTG < 2:3313652/91‑1 AGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTGT < 2:3146626/91‑1 AGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTGT < 2:97910/91‑1 AGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAACTGAGAAATCTTAAAGGTTTTTCAGCTGT < 1:2772941/91‑1 AGT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAACTGAGAAATCTTAAAGATTTTTCAGCTGT < 1:567654/91‑1 GT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTGTC > 2:2329511/1‑91 GT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTGTC > 1:630792/1‑91 GT‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAACTGAGAAATCTTAAAGATTTTTCAGCTGTC < 1:3614293/91‑1 T‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTGTCC < 1:1134641/91‑1 T‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTGTCC < 2:3349916/91‑1 T‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTGTCC < 2:3349812/91‑1 T‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAACTGAGAAATCTTAAAGATTTTTCAGCTGTCC < 1:326409/91‑1 T‑CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAACTGAGAAATCTTAAAGATTTTTCAGCTGTCC < 1:1769984/91‑1 CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTGTCCG > 2:3751659/1‑91 CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTGTCCG > 1:576465/1‑91 CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTGTCCG > 1:575452/1‑91 CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTGTCCG > 1:514792/1‑91 CTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTA‑TAGATTACGTAAAAAAATCGGACAACTGAGAAATCTTAAAGATTTTTCAGCTGTCCGA < 2:854722/91‑1 CTTTTTTGATTAAAGCTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACATCTGAAAAATCTTTATGATTTCTCAGTTGTCCG > 1:3379510/1‑91 TCAGCTGTCCGATTTTTTTACGTAATCTAATACATACGGCAAAATCAACTTTAATCAAAAAAGACTCATACACAATGCCTTTAAAGCACATGTATGAGT‑C‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2744204‑2744105‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtatgagt‑cTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTGTCCGA > USA300TCH1516_ALE/2744143‑2744233 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |