| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2772633 = | 174 (0.850) | 32 (0.190) | 10/134 | NT | 20.5% | intergenic (+7/+53) | phoB/USA300TCH1516_02632 | Alkaline phosphatase 3/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2772676 = | 103 (0.610) | intergenic (+50/+10) | phoB/USA300TCH1516_02632 | Alkaline phosphatase 3/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TTAAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2772735‑2772633‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcgggaa‑ttttttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTA > USA300TCH1516_ALE/2772676‑2772765 TTAAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCT < 1:365989/91‑1 TAAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTC < 1:2831346/91‑1 TAAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTC < 2:2864664/91‑1 TAAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTC < 1:3217021/91‑1 TAAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTC > 1:1660455/1‑91 AAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG < 1:443124/91‑1 AAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG < 1:1923736/91‑1 AAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG < 2:1109553/91‑1 AAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG < 1:1463283/91‑1 AAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTGATCGTGCTCG > 2:2915614/1‑91 AAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGG > 1:253758/1‑91 AAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGG < 2:1579368/91‑1 AAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGG < 1:3108485/91‑1 AAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG < 1:509483/91‑1 AAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG < 2:3702312/91‑1 AAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGA < 1:1221215/91‑1 AAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGA < 1:2099855/91‑1 AAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGA > 1:2624177/1‑91 AATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA < 1:387041/91‑1 ATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGGGTACTAAATTAAACCATAAAGAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑T < 2:3384265/91‑1 ATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑T > 1:1655193/1‑91 ATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑T < 1:3303635/91‑1 ATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑T < 1:1761018/91‑1 ATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑T < 1:2897169/91‑1 TACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACCCCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TT < 2:1083346/91‑1 TACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TT > 2:1812030/1‑91 TACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCGCGGGAA‑TT < 2:1870249/91‑1 ACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTT < 1:1122083/91‑1 CCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTT > 1:2588426/1‑91 CCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTT > 1:3226141/1‑91 CAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTT > 1:2474339/1‑91 CAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTT < 2:881707/91‑1 CAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTT < 2:2921796/91‑1 CAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTT > 1:560668/1‑91 CAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTT > 1:1608107/1‑91 CAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTT < 2:2718526/91‑1 CAAGAACGCGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGCACACCTTGTTATACTGCTCGGGAA‑TTTTT > 2:2830369/1‑91 AAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTT > 2:2441140/1‑91 AAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAATTTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTG > 1:1704991/1‑91 AAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAATTTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTG > 1:1704765/1‑91 AAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAATTTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGG > 2:1674920/1‑91 AAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAATTTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGG > 2:1674843/1‑91 AATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAATTTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGT > 2:1212805/1‑91 AATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAATTTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGT > 2:406351/1‑91 TTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAATTTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAT > 1:868777/1‑91 TTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAATTTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAT > 1:1122522/1‑91 TCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTT > 1:1032044/1‑91 TCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTT > 1:284891/1‑91 TCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTT > 1:2954372/1‑91 TCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTT > 1:1032031/1‑91 CCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTT > 1:173342/1‑91 CCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTT > 2:3164705/1‑91 CCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTT > 1:173519/1‑91 CGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTT > 2:1124955/1‑91 CGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTT > 2:1092161/1‑91 GAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTA > 2:2097577/1‑91 GAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTA > 1:123784/1‑91 GAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTA > 2:2097576/1‑91 AACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAA > 1:2482572/1‑91 ACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAATTTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAA > 1:3540741/1‑91 ACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAA > 1:2283691/1‑91 CACCTTGTTATAGTGCTCGGGAATTTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTCCTTGGTTAACACGTTCTCGGTATTTTTTAAA > 2:565859/1‑91 ACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATG > 1:1145378/1‑91 ACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATG > 1:3566912/1‑91 ACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATG > 1:3566933/1‑91 ACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATG > 2:19602/1‑91 CTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCG > 2:759069/1‑91 TTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGA > 2:1686637/1‑91 TCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTTTTTGCTTTGTATAAACCGC > 2:2466492/1‑91 TCGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGC > 2:3148660/1‑91 TCGGGAA‑TTTTTTATGGTTAAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGC > 2:3454376/1‑91 CGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCC > 2:2074934/1‑91 CGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCC > 2:698122/1‑91 CGGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCC > 2:1051612/1‑91 GGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCA > 1:3131211/1‑91 GGGAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGCTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCA > 1:3131467/1‑91 GAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAAC < 2:2352641/91‑1 GAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAAC < 2:1363539/91‑1 GAA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAAC < 2:1750851/91‑1 AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACT > 1:3753969/1‑91 AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACT > 1:965507/1‑91 AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACT > 1:966287/1‑91 A‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTA < 2:61166/91‑1 A‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTA < 2:506193/91‑1 A‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTA > 1:1639453/1‑91 A‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTA < 2:1056851/91‑1 TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAA > 2:2040145/1‑91 TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAA < 1:1990903/91‑1 TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAA > 2:2039996/1‑91 TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAA < 1:1990919/91‑1 TTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGT > 2:1752125/1‑91 TTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGT < 2:3962554/91‑1 TTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGT > 1:2063070/1‑91 TTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGT > 1:1995134/1‑91 TTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTT > 2:3092220/1‑91 TTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTT > 2:3092201/1‑91 TTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTT > 1:1462352/1‑91 TATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTA > 2:660607/1‑91 TATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTA > 2:661273/1‑91 TATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCAAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTA > 1:3675440/1‑91 TTAAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGAA‑TTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2772735‑2772633‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcgggaa‑ttttttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTA > USA300TCH1516_ALE/2772676‑2772765 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |